歷代火影的參戰為聯軍注入強心針，所有人在柱間的木遁分身帶領下進入結界，斑決定耐心等待與柱間本體的戰鬥。十尾為了自保而製造出無數隻「分裂體」阻止聯軍，而小櫻目睹鳴人和佐助一如既往地衝在自己的前面，回想起自己的艱辛訓練過程，包括從綱手身上習得的百豪之術，在一瞬間釋放出積攢已久的龐大查克拉，僅僅一拳擊碎地面消滅大量分裂體。此舉激勵其他同期夥伴，使每人發揮出近年來的訓練成效力抗眼前的各個敵人。然而隨著大型分裂體越來越多，加上祭經過空中觀察發現若不清除分裂體則無法靠近十尾本體。為了取得先機以及幫助同伴治療，第七班三人同時施展通靈之術，召喚出各自的通靈獸蝦蟆吉、青蛇與活蝓，正式以「新時代」木葉三忍的形式鼎立。

鳴人和佐助駕馭著各自的通靈獸攻向十尾，而小櫻留下來靠活蝓治療聯軍，使所有人都不由得讚歎能見識到新時代木葉三忍的光輝。而鳴人和佐助還將彼此的「風遁·螺旋手裡劍」以及「炎遁·加具土命」雙者結合，合為「灼遁·光輪疾風漆黒矢零式」擊中十尾的本體。與此同時，大蛇丸帶領水月和香燐趕到治療中的五影身邊援助，水月和香燐以各自的能力使奄奄一息的綱手恢復生機。綱手無法置信自己會被如今「煥然一新」的大蛇丸相救，並回憶起他們三忍於上次大戰受困敵陣時曾經歷過的「三足鼎立」，遺憾大蛇丸沒能在自來也活著的時候改變。隨著大蛇丸先行一步前往戰場支援，綱手迅速靠活蝓治好其他四影，乃至集體返回戰場。

卡卡西與帶土在神威空間中進行忍者互鬥，情景猶如兩人小時候的忍組手切磋，然而這次卻是生死相搏。經過激烈的空手搏擊、忍術較量、以及聲東擊西的伏擊手段，兩人最終分別以雷切和黑棒互相發動致命一擊。帶土的黑棒避開卡卡西要害，而卡卡西的雷切則直接刺穿帶土的心臟。卡卡西受傷倖免的同時，奄奄一息的帶土靠神威轉移回十尾頭頂上。斑察覺到帶土已油盡燈枯後，意圖控制他對自己發動輪迴天生，然而帶土卻拼盡餘力結不同的印。在鳴人和佐助前去阻止前，湊靠死前對戰「面具男」時在其背後留下的飛雷神印記率先將其斬殺，卻也從震驚到無奈地發現敵人竟是曾經的弟子帶土。始料未及的是，帶土所結的印讓他直接吸收進整體十尾，最後化身為「十尾祭品之力」。

在這則原創特別篇中，曉組織闖入大蛇丸的一處因實驗意外而遺棄的研究所中，重啟大蛇丸的科學實驗作品並輸入「搶奪九尾」的指令。該實驗作品闖入木葉村尋找目標，讓眾人發現實為一架機械化的機器鳴人，不但全副武裝、甚至能吸收鳴人的九尾查克拉，迫使鳴人的同伴與上忍們聯合起來，幫忙爭取將鳴人送出村躲避的時間。

由於機器鳴人勢不可擋，即使有砂忍者村的我愛羅前來援助，卻因地達羅出面攪局而失敗。大蛇丸意圖趁火打劫時受到自來也阻攔，為鳴人爭取修改機器鳴人指令的時間。然而大蛇丸的干預造成機器鳴人爆發出自身專屬的「祭品之力的力量」，一隻巨大的機器九喇嘛開始襲擊木葉村，機器鳴人最終自我犧牲，以自爆的形式將機器九喇嘛一併摧毀。全村歡慶鳴人的勝利時，木葉村也因我愛羅追趕地達羅時受波及而被流沙暴流淹沒。

帶土以十尾祭品之力的全新形態現身，實力接近六道仙人的神話級別，甚至集中十尾的力量連續打破明神門及四紫陽陣，如此逆天強的力量連柱間都深感棘手。歷代火影僅能靠各自的不死之軀正面迎敵，全力分析帶土的能力以讓其他人規劃戰術。但帶土緊接著陷入極不穩定的狀態，甚至忘記自己是誰，源於他還無法完全控制住十尾的龐大力量。就在帶土的意志險些被吞噬時，為了重新見到凜而憑藉自身意志頑強地戰勝十尾，進入比之前更完全的「六道狀態」。帶土得以操縱包含陰陽遁在內的全七屬性查克拉，合為「求道玉」球體與錫杖進行戰鬥，能將眼前的任何忍術化為虛無。衝上前的湊因此被打個措手不及，右臂被打斷而無法復原。

眼看帶土即將在湊、鳴人和佐助面前引爆一顆求道玉，所幸扉間及時用飛雷神之術將攻擊轉移。鳴人和佐助再次合力使用灼遁合體技，伴隨湊和扉間聯合施展的「飛雷神互瞬迴旋之術」，即使趕在帶土用求道玉防禦前擊中，卻仍無法傷害其分毫。帶土揚言現在的自己無人能敵，開始居高臨下地嘲諷自己的老師湊的種種失敗。湊因此懊悔自己未來得及救帶土、凜和妻子九品，逐漸認為忍界經此浩劫都是自己一手導致時，一旁的鳴人責罵與火影背道而馳的帶土沒資格貶低火影，同時觀察到帶土沒能化解蝦蟆吉解除通靈前吐出的蝦蟆鐵炮，由此發現仙術能奏效。鳴人以此作為突破口而與扉間的飛雷神打出完美配合，靠仙術螺旋丸給予帶土背後重重一擊。

背後遭重創的帶土發現六道狀態下的自己無法使用神威虛化，決定不再給對方進攻的時機，釋出十尾的一部分「花樹」本體，即將釋放四顆十尾等級的尾獸玉掃清戰場。帶土同時以「六赤陽陣」包圍戰場，自己則躲入求道玉內部靜待爆炸結束。眾聯軍無計可施又無路可逃，直到鳴人靈機一動而伴隨父親實行自己的解救之計。靠父子倆的對拳以讓他們各自體內的陰陽九尾之查克拉「融為一體」，湊的一發飛雷神及時將身上同樣附有九尾查克拉外衣的眾聯軍轉移至結界外而倖免於難。在帶土先前的嘲諷中，鳴人得知隔天既是自己父母的忌日、也是自己的生日，向身邊的父親表示自己已見過母親九品的查克拉。看著兒子鳴人如今的蛻變與成長，湊不由得流下感動的眼淚。

鳴人與九喇嘛合作將仙人模式與九尾模式合為一體，與身邊的父親湊共同施展灌輸仙術的父子螺旋丸，開始慢慢將帶土逼入絕境。然而帶土決定先下手為強，召喚出十尾本體決定盡快發動無限月讀。而進化成最終形態的十尾化為「神樹」迅速生根成長，龐大的根鬚開始在戰場上蔓延開來，所有不慎被纏住的忍者都被瞬間吸乾查克拉致死。在另一邊與柱間單挑的斑，根據宇智波石碑內容揭示神樹實為查克拉的源頭，源自忍界初生時從天而降、與世無爭，直到千年一次結出的查克拉果實被一名嚮往和平的「公主」吃下，使她獲得終結戰爭的力量，卻也因此開啟永無止境的「因果循環」。斑以此領悟若想斬斷世間因果，只能遵從石碑上記載的無限月讀來重塑世界。

神樹的出現與遍地的死屍使聯軍產生前所未有的絕望感，鹿丸更是不慎接觸到神樹而性命不保，柱間靠井野的心轉身之術為所有人揭曉神樹的來源。但聯軍幾乎都寧願坐以待斃，連鳴人都即將喪失鬥志，唯獨佐助開啟須佐獨自上陣，同時靠身邊的重吾灌輸同為仙術的咒印力量進行強化。鳴人因此重新振作跑去與佐助並肩作戰，由於精神仍對接而使戰場上的所有人一覽鳴人的內心、經歷、遺憾、以及「不想讓付出的犧牲白費」的覺悟，乃至紛紛重新燃起鬥志。景象使柱間回憶起由自己發起的首次五影會談，自己曾兩度磕頭懇求當時話不投機的在座四影，共同簽下一份僅以平分尾獸力量為前提的和平協議。而如今，五大忍者村終於不計前嫌、攜手同行，讓柱間看到夢想的曙光。

忍者聯軍再次萬眾一心追逐希望，在重回戰場的現任五影帶領下發起總攻，決定把握神樹開花的剩餘時間內集合全力將樹砍倒。原本奄奄一息的鹿丸受鳴人激勵而重新站起來，並決定等鳴人當上火影後為他擔任輔佐出謀劃策。綱手和小櫻共同發動百豪之印、召喚活蝓本體來為聯軍提供治療，扉間和湊共同用飛雷神及查克拉對接進行遠程支援。鳴人和佐助持續在空中與帶土周旋，逐漸不耐煩的帶土疑惑道，鳴人為何一而再再而三地做出無意義的奮鬥。鳴人僅是重述自己「永不言棄」的忍道，並開始將自身及佐助的力量結為一體，準備發動最後一擊。

佐助效仿斑而將須佐附在九尾化的鳴人身上以「攻守兼備」，帶土將求道玉化為六道仙人創世時的神劍「天沼矛」及盾牌，並以自己的強大內心意志固化。鳴人因此召集自己的同伴，協助他們分別使用大玉螺旋丸打破帶土的盾牌，最後由自己與佐助合力斬向帶土。基於被鳴人永不放棄的言行所影響，帶土的內心陷入「矛盾」，導致手中的武器瞬間不堪一擊，身體被斬開之下漏出體內的尾獸力量。鳴人靠先前得到的部分尾獸查克拉進行連接後開始拔河，我愛羅和殺人蜂分別協助拔除一尾與八尾的查克拉，鹿丸則呼叫眾聯軍集體一湧而上加入行列。攜手並肩的景象使帶土徹底動搖，鳴人隨著查克拉接觸而進入帶土的內心世界中，看穿他的動搖後決定一舉摧毀他的瘋狂執念。

帶土一路以來堅信著「世界無希望可言」，卻在戰鬥中目睹與自己相似的鳴人一次又一次地重新振作起來，開始懷疑自己是否選錯道路以外，腦中甚至浮現出自己當初若是選擇接受現實，回到木葉村以及同伴身邊，慢慢走出失去凜的傷痛，最後實現夢想成為火影的幻想。鳴人看出帶土開始「後悔」，奮力斥責同樣以火影為夢想的他卻漸行漸遠。帶土只承認自己確實想透過鳴人來重現自己曾經歷的絕望，證明自己做出明智之選，還聲言自己只是以另一種輕鬆的方式完成火影的壯舉。然而鳴人直言無論是成為火影或實現和平都必須腳踏實地、而不是弄虛作假，更不能損人利己、不擇手段地完成。與鳴人的對話讓帶土回憶起自己的兒時經歷，以及與卡卡西、凜和湊結為一班的種種回憶。

帶土接著回想起自己曾在凜的幫助下勉強撐過中忍考試，努力修煉與身為天才的卡卡西競爭，慢慢變強追上他以獲得凜的青睞，並深知凜無論如何都會「好好看著他當上火影」。而如今，帶土逐漸開始表現出懊悔的樣子，鳴人繼續指出帶土之前靠意志戰勝十尾源於不想割捨掉湊班的回憶，以此作為突破口讓帶土重新回想起曾經的身份與夢想，並以凜說過話來勸服帶土「無需用逞強來掩飾自己」。鳴人最後對帶土伸出援手，奉勸他回頭是岸。

鳴人奮力一拳將帶土從自我懷疑中打醒，帶土隨即將眼前的鳴人看成少年時的自己，而少年帶土表示凜對現在的他只會嗤之以鼻，真正想守護的人是以火影為夢想的帶土。在現實中，經過眾聯軍努力下，帶土體內的尾獸被全部拔除，一尾到七尾也集體恢復自由，落敗的帶土恢復成常人狀態墜落至地面。療傷結束的卡卡西靠神威返回現實，準備親手將倒地不起的帶土就地正法，直到湊因同樣窺探到帶土的內心悔悟而出手制止，並表示出自己沒保護好他們三人的愧疚。帶土坦白自己的世界觀伴隨凜之死而改變，並以近幾年的所見所聞更加確信現實的殘酷，但卡卡西以自己受同伴關懷而走出陰影的經歷，堅信鳴人能成為希望的曙光，引領眾人向著成功道路邁進。

柱間與斑在戰鬥中拼個魚死網破，當斑被柱間的「木龍之術」束縛並抑制住查克拉時，鳴人位於神樹頂端所丟出的大玉螺旋手裡劍給予斑重重一擊，同時以此讓聯軍知道正確方位，共同趕去迅速將斑封印。我愛羅目睹曾經改變過自己的鳴人，如今無需下令便能引領眾人攜手同行，仔細回想自己的黑暗童年乃至遇見鳴人後學會重視同伴以及愛的真正意義，決定以鳴人為榜樣而引領剛獲得自由的眾尾獸，共同加入封印斑的行列。

比雛田小五歲的日向花火生於日向宗家，從小便崇拜著溫柔又強大的姐姐，即使雛田當時已忙於修煉以繼承宗家掌門身份。起初單純貪玩的花火直到一日偷看姐姐和寧次修煉，寧次因經不起憤怒而被日足以額頭的「籠中鳥」咒印束縛，使花火首次見識到家族的黑暗面。花火從此開始努力學習柔拳和武藝，飛速的進步讓日足和長老考慮廢長立幼，讓雛田和花火姐妹倆以決定繼承人進行公開比試，最後雛田因心軟而輸給花火，使花火接過繼承人的重任。

隨著花火開始為繼承家族重任而努力，並相信這就是自己無法改變的命運時，不情願地陪父親去觀看當時的中忍考試賽事，卻目睹曾經多次打傷過姐姐、被日足譽為「日向一族天才」的寧次，輸在被稱為「妖狐」的鳴人手中。驚艷全場也讓花火逐漸相信命運能被改變，並在接下來的幾年期間不斷地聽聞鳴人的英勇事跡，乃至在培因襲擊中得知姐姐不顧生命危險救他，間接促使鳴人戰勝培因而拯救全村，才使花火改變曾經的想法，下定決心走出屬於自己的道路。

帶土被剝除體內的全部尾獸而奄奄一息，僅能靠留在體內的外道魔像勉強續命，悔不當初的他在湊和卡卡西面前準備發動輪迴天生之術，決定犧牲自己一命復活此戰中的所有犧牲者。帶土表示自己做出長門生前相同的贖罪之舉，坦然道自己輸給鳴人、湊和長門共同師承的自來也。然而，久未露面的黑絕聽從斑的指示從地底鑽出、一手控制住帶土對斑一人發動輪迴天生，讓斑成功以生者的形式復活。斑開始獨自將計劃回歸正軌，即使失去穢土轉生的輪迴眼，但依然輕鬆靠感知陸續擊退擋在面前的鳴人、祭和佐助。斑一手擒住被多根黑棒封死查克拉穴道而無法動彈的柱間，將他體內的仙術查克拉據為己有，最後將目標轉向正要趕來的眾聯軍與眾尾獸們。

眾聯軍無人知道斑已完全復活，而眾尾獸合力施展的強大封印卻被斑輕易靠須佐脫身。斑同時靠忠誠於自己的白絕分身帶回自己的另一隻輪迴眼，其被帶土事先藏好；因此只需湊齊帶土左眼上的輪迴眼便萬事俱備。斑從帶土體內召喚回外道魔像，並以施展輪迴眼瞳術「輪墓·邊獄」，以「不存在的物理攻擊」當場打散所有尾獸，迅速為牠們套回魔像之鎖準備統統拉回魔像中封印。隨著鳴人即將被抽離九尾，而無力阻止的守鶴近距離目睹曾經被自己折磨一整個童年的我愛羅，如今卻不計前嫌想保護自己，開始回想起自己曾在最初的祭品之力·分福身上學到的關於「接受別人心意」的忠言，如今切身體會到「愛」的意義，開始與我愛羅有難同當。

即使在眾人努力之下，眾尾獸仍然一個接一個被拖入外道魔像中，殺人蜂雖然靠八尾自斷一小節觸角來保留查克拉而倖免，但鳴人卻是體內的尾獸被完全抽離而幾近瀕死。我愛羅聽從九喇嘛被封印前的「指示」而迅速將鳴人帶離，由於當時忠於斑的漩渦白絕造出一座無人能敵的木遁觀音像擋在眾聯軍面前，我愛羅帶上唯一保留查克拉的小櫻治療鳴人而趕往別處。扉間意圖偷襲斑卻被反制，全身同樣被黑棒貫穿，即使扉間為佐助製造發動空中偷襲的機會，然而斑不但以輪墓擋下攻擊，甚至效仿柱間當初「不被感情左右，並以大局為重」之理念而一劍刺穿佐助的心臟。隨著完勝的斑慢慢走遠，佐助強忍傷痛卻最終無力起身，與另一邊的鳴人共同落入瀕死的局面。