我愛羅和小櫻火速將瀕死鳴人送往湊的所在處，準備靠湊體內的陰九尾挽救鳴人一命，而小櫻不惜隻手替鳴人跳動心臟、加上人工呼吸來保證他能活下去。香燐同樣感知到佐助性命不保，不惜隻身跳出去、靠自身漩渦一族力量突破擋在面前的木遁觀音像，縱使大蛇丸、水月和重吾合作突圍，共同奔往佐助所在處。扉間看著倒地的佐助卻無力起身，突然注意到佐助身旁出現一個不明人影。而湊與卡卡西當時仍跟附在帶土身上的黑絕周旋，我愛羅和小櫻隨後趕到，掩護湊將陰九尾轉移至鳴人體內，但黑絕卻趁父子傳遞時伺機先將陰九尾收入囊中。除此之外，斑靠吸收進整體十尾，進入比帶土更為強大、完全的六道狀態，直接飛到措手不及的眾人面前。

面對已無人能敵的斑，湊、卡卡西和我愛羅三人聯手都無法傷及斑分毫，直到帶土以餘力防止黑絕離開自己的身體，趁近身時一手戳穿斑的心臟。帶土表示自己已找到新的希望，正式變回「以火影為夢想的宇智波帶土」。與斑的接觸不僅使帶土重獲一小部分六道力量，還全力拔出斑體內的一尾與八尾的一小部分查克拉，卡卡西配合帶土而用神威將鳴人和小櫻送入時空間，帶土剛想轉移卻來不及躲開斑的攻擊。為了確保能救鳴人，卡卡西和帶土再次以同伴的身份攜手共戰。景象讓帶土回憶起自己五歲時與卡卡西在一場少年忍術表演中首遇，乃至進入忍者學校中針鋒相對，然而卡卡西緊接著失去父親佐久茂，使曾經顧及同伴的他發生性格巨變。

還未從學校畢業的帶土，開始陸續聽聞卡卡西在任務中與前輩們發生多次衝突，打招呼時也發現卡卡西整個人散發著冰冷的氣息。起初帶土並不在意或理解，勉強畢業後跟卡卡西和凜組成由湊帶領的班，雖然帶土和卡卡西依然保持著競爭意識，但凜總是能以「手拉手」的方式讓他們和好。湊班在一天內順利完成所有D級任務，因此被蒜山批准隔天集體參與本要由湊一人負責的「C級任務」，負責護送一批湯之國護衛忍者遞送重要密函。然而湊在任務途中發現周圍被大量敵人包圍，深感不安下與帶土留下來斷後，命令卡卡西帶領凜與四名護衛前進。其中一名護衛途中不慎負傷後墜橋至河川中，剩下的三人之中甚至有兩名叛徒，聯手重傷最後一名護衛後準備奪取密函。

湊與帶土及時趕回援助被困的卡卡西和凜，而重傷的護衛死前交代自己手中的實為假密函，讓卡卡西意識到真密函在之前墜橋的護衛身上。由於任務級別與內容不符，湊班剛想打道回府，直到帶土硬拉著眾人善始善終。最後湊班聯手殲滅所有的敵人，營救墜橋生還的護衛，確保其手中的密函能平安遞送後回村。但卡卡西和湊最後都意識到，他們只是僱主用來聲東擊西的「佯攻小隊」，目的是為掩護另一批護送真密函的隊伍。時間回到現在，達成相互理解的卡卡西和帶土並肩而行，雙方的萬花筒同時使用神威而加快速度，使帶土順利在斑的攻擊襲來前進入時空間，與小櫻共同拯救鳴人。而卡卡西原本逃不過攻擊，卻幸運得到臨時折返回來支援的凱的營救。

大蛇丸一行人趕至佐助身邊時發現兜正在對其治療，其已在伊邪那美幻術中認清錯誤、找回自我，因此趕來挽救佐助性命以報答對鼬的恩情。另一邊，凱直開第七道門·驚門與六道狀態的斑正面交鋒，然而絕技晝虎對斑而言完全不痛不癢。凱意識到必須捨棄生命才能在此戰中創造一線生機，下定決心開啟第八道門·死門與斑硬拼，同時回想起曾經做過相同決定的亡父對自己的諄諄教導，認為時刻已經來到。凱童年時是一名落榜忍者學校招生的吊車尾，連父親戴都是人過中年、整日把「青春」掛在嘴上的萬年下忍。而凱刻苦修煉唯一擅長的體術且堅持不懈，最終引起蒜山的注意而破格進入學校，即使難以跟上節奏，但仍然將挑戰當時的天才卡卡西為最大目標。

自從進入忍者學校後，凱原本不出眾的體術實力開始突飛猛進，連父親戴都逐漸難以跟上凱的體力；而戴同時教導凱修煉體術的同時必須要有「自我約束」。起初凱沒有在意父親的用意，不但靠每日修煉成功畢業，甚至漸漸能與卡卡西打成平手，與他在長年累月的較量中互有勝負。當凱成為中忍執行重要任務時，逐漸對仍在做D級任務的父親感到丟人，直到一晚被父親傳授其苦練二十年的八門遁甲之陣，最後更是目睹父親為了保護自己，開啟死門正面硬拼先代忍刀七人眾而英勇犧牲。時至今日，凱決定遵守父親「誓死守護重要之物」的理念，毫不猶豫地開啟死門直奔斑而去，全身圍繞著死門獨有的紅色血蒸汽，徹底從「蒼藍猛獸」進化為「紅色猛獸」。

凱霎那間施展出「超越五影數十倍的力量」，所施展的死門絕技「夕象」之衝擊波，將斑直接深深地打入地底。為了施展連續的夕象，凱很快習慣一般人無法奈何的碎骨之痛，以強大的風壓將斑定格在空中動彈不得，而湊隻身替凱擋下斑的求道玉球體後轉移，讓凱無障礙地給予斑重重一擊。斑起身後稱讚凱是繼柱間後首個讓他感到棘手與振奮的對手，迫使凱決定用所剩無幾的力量進行「最後一搏」。與此同時，鳴人在精神世界中清醒，與一名懸浮在空中、具有輪迴眼以及六道力量的老者面對面交談，老者介紹自己名為大筒木羽衣，身為傳說中開創忍宗的「六道仙人」。羽衣同時揭示鳴人自己從未察覺到的特殊血統，作為羽衣的次子阿修羅的轉世。

羽衣同時跟身處不同精神世界中的鳴人和佐助進行面對面交談，揭示佐助身為長子因陀羅的轉世；兩者上一任轉世者是柱間和斑。羽衣表述斑的力量逐漸向自己的母親、曾以力量一統天下的大筒木輝夜靠攏，甚至交代無限月讀實為囚禁人類心靈的幻術。為了阻止忍界化為烏有，羽衣分別從鳴人和佐助兩人的口中得到「最真實的答案」，將自身的陰遁和陽遁查克拉分別給予他們兩人；鳴人同時集齊所有尾獸的查克拉。在外的凱發動最後的死門絕技「夜凱」，血蒸汽具現化作赤龍的形態，直奔一腳踢碎斑的左半身。然而斑仍撐過這拼死一擊，但願將凱稱為「最強的體術忍者」，正準備以求道玉解決即將邁向死亡的凱。但復活的鳴人及時趕到，不但一腳踢開求道玉，甚至靠自身的陽遁挽救凱一命。

木葉丸在鳴人離村修煉的兩年期間幫忙打掃其公寓，在此期間一直偷偷苦練從鳴人身上學會的色誘之術，決定將其發揮最大成效來讓鳴人大吃一驚。但鳴人回村後因為總是「有任務在身」，木葉丸只能獨自修煉，等到鳴人終於有空時，被鳴人傳授影分身和螺旋丸。由於木葉丸是從零開始學習，直接卡在第一階段的水球修行上，但卻幸運地從擅長的色誘術中領略到查克拉旋轉的要素，還因此順利通過第二階段的橡膠球修行。

木葉丸深入修煉螺旋丸時獲知叔叔阿斯瑪死於曉手中，除了悲傷以外還苦惱自己沒有戰勝敵人的實力，在緊迫感直逼之下決定儘快修煉成果。當鳴人後來戰勝角都時，很快回村陪木葉丸完善螺旋丸。當培因攻入村子時，木葉丸幫忙疏散村民以外，首次實用練成的影分身和螺旋丸，將培因地獄道打個措手不及，還救下受傷的惠比壽。木葉丸同時在災難中保留鳴人的舊外套，將其放在堆積村民重要物品的地方。

斑沒來得及復原就被獲得六道之力的鳴人打個措手不及，鳴人甚至靠體內的四尾查克拉使用「熔遁·螺旋手裡劍」，將斑連同整棵神樹當場削斷。眼看即將功歸一匱，斑聽從神樹的指示將樹整體吸收進體內，以神樹的力量恢復全盛狀態。佐助獲得陰遁查克拉而重新站起，左眼甚至開啟六勾玉輪迴眼，單獨被扉間的飛雷神轉移至鳴人身邊並肩作戰。斑同時面對兩名實力突飛猛進的對手而感到棘手和困惑，就連輪墓邊獄都能被鳴人感知到、或被佐助用輪迴眼看穿，而佐助還靠瞳術「天手力」將遠處的斑直接轉移至眼前進行夾擊。斑決定速戰速決而用輪墓當替身後飛往別處，當場奪去卡卡西的寫輪眼而進入神威時空間，趕在小櫻摧毀帶土左眼上的輪迴眼之前捷足先登。

帶土用最後的瞳力將小櫻安全送回現實，無力還擊之下落入斑之手。當斑發現帶土心臟上原先由自己種下的控制符咒、已被帶土先前借卡卡西之手而摧毀時，冷笑道帶土和凜都是靠「相同的方式」摧毀心臟上的符咒。帶土聽完後恍然大悟，得知是斑一手策劃凜之死而導致自己淪為他的棋子，絕望又無奈之下被斑奪回左眼。在現實，鳴人、佐助和小櫻在卡卡西面前齊聚，鳴人還靠陽遁幫卡卡西植回左眼而恢復健全。斑此刻伴隨已無生命體征、由黑絕控制的帶土返回現實，利用輪墓邊獄外加多顆地爆天星爭取時間，一人飛往空中對著月亮、遵從宇智波石碑上記載的詳細步驟，在額頭上開啟用來實現無限之夢的「月之眼」。在第七班和眾聯軍阻止不及的情況下，斑結完印正式發動無限月讀。

無限月讀時隔千年再次發動，穿透一切物體的耀眼光芒瞬間普照大地，使戰場上的眾聯軍、包括世間所有人與動物全部難逃劫數。所有中術者瞬間陷入永恆的幻術中，斑緊接著遵從步驟使用神樹界降臨，所有中術者被神樹鬚條如同蛹一般地包裹起來。唯獨逃過一劫的人只有第七班全員，其被佐助靠特殊的完全體須佐保護，另外包括身為穢土轉生之軀的歷代火影。蒜山同時找到失蹤至今的大和，其從操縱木遁觀音像的漩渦白絕內釋放出來，但大和剛被釋放出來沒多久就一同受困於無限月讀幻術中。大和在夢中回想起自己的過往，以及自己加入第七班起的一系列失敗。但在無限月讀的夢境中，大和帶領第七班戰勝一個又一個強敵，乃至被推選為第七班的新領袖而找到歸屬。

天天與凱和小李分開行動，準備將此前意外尋獲的兩件六道忍具琥珀淨瓶與紅葫蘆用來協助聯軍方，然而隨著無限月讀的發動，天天也一同陷入幻術之中。然而夢境世界中的天天仍分得清現實，但無論如何嘗試都無法逃脫幻術，雖身在世間太平的木葉村，但出現在身邊的同伴都擁有跟現實截然相反的性格，連已故第四代火影也變成小櫻的父親春野兆。天天只能盡可能跟其他人保持距離並思考逃脫方法，而言行舉止開始被該夢境中名為「波風筍乾」的「鳴人」察覺。

逃出夢境無果的天天幾近放棄，身邊只留有來自現實中保存六道忍具的卷軸。就在天天苦惱之時，不慎被村裡的一名雨忍間諜誘騙，導致她被視為叛忍而關進監獄。而小李和寧次前來探望，再三表示他們只是想關心她，而筍乾隨後抓獲真間諜、幫天天澄清罪名，最後讓她自行選擇去留。恰好半藏帶領雨忍對木葉發起總攻，給天天一次使用寶具終結危機而撥亂反正的機會。至此，天天在這片夢境世界中找到真正的歸屬感，慢慢放棄逃回現實的念頭。

殺人蜂靠八尾封入魔像之際自斷的一小節觸角所保留的尾獸查克拉而倖免，然而剛一脫身就直接陷入無限月讀的幻術之中。在他的夢境裡，九隻尾獸起初因缺失力量而都以Q版形象跟在各自的祭品之力身邊，而殺人蜂與二位由木人分頭行動，聯手解救被各村當作軍事力量而遭囚禁的祭品之力同袍。我愛羅和鳴人相繼被殺人蜂解救且逃出村子掌控，但一行人仍要合作想辦法擺脫木葉暗部的追兵以及曉組織的捕捉。

瀧忍者村的七尾祭品之力·楓前來協助迫使曉一方先撤退，殺人蜂解釋自己召集祭品之力同胞，是為了保護「落風城」的公主，且防止曉復活十尾進攻城池。眾人找到四尾祭品之力·老紫時巧遇佐助、大蛇丸和兜阻攔，但佐助不願繼續參與，留下大蛇丸和兜被五名祭品之力聯手碾壓。隨著五尾、六尾和三尾相繼找到，九名祭品之力齊聚一堂、攜手共戰對抗曉的大軍，在殺人蜂的號召下集齊力量而全部尾獸化，成功使曉狼狽脫逃，殺人蜂慶祝勝利時卻不知這是一場夢。

香燐在夢境中首先回顧自己陪母親流亡到草忍者村的悲慘童年，母親被當地人視作靈丹妙藥卻慘遭活活咬死，再由年幼的自己來頂替工作。直到大蛇丸相中她的能力而收留她至實驗所，讓她重遇自己在中忍考試時邂逅的戀人佐助。而香燐同時在夢境中實現自己最大的心願，復仇完成的佐助奪下第六代火影之位而對木葉進行改革，但草忍者村趁亂入侵木葉打算將香燐捕回。香燐爆發查克拉消滅所有敵人，奄奄一息時最終盼到佐助再一次對她展露最初見面時的笑容。

陷入無限月讀夢境的綱手回到自己喝酒的亭子，開始閱讀面前擺放的一本自來也在現實中未能面世、如今卻在夢境世界中完成的小說文稿。在這則故事裡，湊夫婦並未在九尾之亂中喪生，而是陪伴鳴人一起成長。隨著湊繼續擔任第四代火影，伴隨蒜山經過多年交涉而成功避免宇智波叛亂的發生，也使無後顧之憂的鼬陪伴佐助一起度過童年。而鳴人和佐助自從被分入第七班後，一如既往地保持著競爭關係，鳴人一次任務時不慎落入峽谷，在生死交關的困境之中喚起體內的九尾查克拉，成功施展自來也傳授的通靈之術召喚出蝦蟆文太而倖免於難；這也是鳴人首次使用九尾的力量。這時，木葉村突然發生上忍集體失蹤事件，迫使卡卡西小隊、阿斯瑪小隊、凱小隊與紅小隊執行聯合任務。

眾下忍跟隨忍蝶的蹤跡來到上忍們失蹤的村莊附近調查，但一名躲在暗處的「面具男」藉助忍蝶鱗粉施展「八卦盤掌」控制住卡卡西、阿斯瑪、凱與紅，使他們四人集體被地下的黑色縫線拖入地底消失。十二名下忍因找不到各自的指導上忍而在森林中暈頭轉向，唯一留下來的則是湊在任務前給予各小隊的飛雷神苦無。當第七班打算與紅小隊會面時，隸屬曉組織的飛段來到他們三人面前，準備進行詛咒儀式。而另一邊的第十班，則遇到與曉無瓜葛的彌彥、長門和小南三人前來攔路。

鳴人靠影分身險險避開飛段的詛咒能力，並用多重影分身打飛段一個措手不及，迫使他與搭檔角都拎著剛俘虜的卡卡西撤退。而第十班與自稱「自來也小隊」的彌彥三人在森林中大打出手，得知他們三人不滿大國肆意挑起戰爭而打算用武力回擊，使第十班撤退至附近荒無人煙的村莊。而村莊中剛好住著一對兄弟倆，鹿丸走進去打算進行詢問情況。然而身在二樓的長門因童年陰影導致輪迴眼力量暴走，不但導致屋子坍塌、還使兄弟倆落入深坑中生死未卜。

隨著彌彥三人奮不顧身進入深坑中營救孩子們，鹿丸則帶領井野和丁次優先撤退，直到半路上遇到一名當地女村民，得知跑回村子裡的兄弟倆是她的孩子。而彌彥三人雖然找到受困地下水道的兄弟倆，但受到在地下棲息的巨大山椒魚生物「真樹」攻擊，直到鹿丸小隊順著村口的祠堂中的密道一路進入地下，及時援助而為彌彥三人爭取到喘息時間。而鳴人一行人匯聚後在村子裡被一團黑色球體阻擋，發現卡卡西等上忍們囚禁其中，鳴人和寧次冒險奔入球體內與「面具男」接觸。

寧次驚訝地發現面具男竟有白眼，得知他遷怒於木葉村墨守陳規、不顧及他人性命與想法而「一成不變」的現況。面具男緊接著為兩人展示日向事件的全貌，以及寧次的父親日差憑藉自身意志而做出的「自我犧牲」，諷刺他僅是自欺欺人般的淪為村子的替死鬼，因此企圖拉攏寧次聯手藉由外力來改變村子現況。另一邊，鹿丸和彌彥兩方聯手營救成功，讓兄弟倆回到母親的懷抱中，但兩隊最終因意見不合而分道揚鑣，但仍開始對彼此改觀。

面具男向寧次揭示是自己召集彌彥小隊以及曉組織，意圖徹底改變木葉村乃至五大國的格局，同時照彌彥三人所述而對於鹿丸一行人的救人之舉感到相當意外。而鳴人當時全身被面具男封死查克拉穴道，目睹寧次被敵人帶走卻愛莫能助，直到自來也靠空間忍術及時前來援助。佐助和小櫻在森林中等候回應時遭遇赤砂之蠍的攻擊，即使佐助努力地閃避蠍的攻擊，但仍不慎被其帶毒尾巴而擦傷中毒，很快便全身癱瘓而性命不保。

寧次觀摩著面具男進行的「實驗」，任由部下們揭開木葉忍者的「本性」。小櫻靠綱手所傳授的怪力而僥倖使蠍撤退，還靠剛學會的醫療忍術營救佐助一命，然而蠍迅速重振旗鼓而使用百機操演，所幸其他同伴匯聚後集體及時趕到兩人身邊。眾人針對折返繼續營救上忍們、或是突圍回村匯報而陷入進退兩難，佐助為了確保能完成任務而決定一意孤行。自來也為了幫鳴人迅速獲得營救同伴的力量，稍稍打開其八卦封印而釋放九尾查克拉，卻造成鳴人直接暴走進入四尾狀態。

自來也遭到力量暴走的鳴人重創，但仍堅信鳴人是即將為忍界帶來和平的「預言之子」，而內心世界中的鳴人回想起父親的指導，成功控制住力量而恢復。另一邊，佐助帶頭攻向傀儡集而迫使其他其他同伴合作突圍，當面具男認為這些下忍們重蹈覆轍時，寧次卻反駁說自己的同伴並非死守規定、而是憑藉各自的意志戰鬥下去且保護彼此。然而傀儡數量眾多，一行人無法再抵擋下去，直到鳴人在千鈞一髮之際趕到，使用多重影分身術以及熟練的螺旋丸，協助眾人突圍成功並迫使蠍敗逃。鳴人因此受到同伴們的認可、鼓舞與歡呼，眾人因此繼續尋找失蹤的上忍們。寧次以同伴們重視彼此的行為而徹底否認面具男的觀點，同時認出其面具之下的身份是自己的已故父親日差。

日差見目的達到以及身份被兒子認出而決定善後，向角都、飛段和蠍付完僱傭金後散夥，同時希望彌彥小隊協助避難的村民返回村落，並指引鳴人一行人至上忍們的所在位置。卡卡西等上忍們集體獲救，面具男同時現身向眾人致歉並揭下真面目為日差，其被大蛇丸靠穢土轉生術復活。寧次與父親獨處時表述自己受到鳴人指點、學到命運能被改變的深刻道理，日差因此欣慰兒子的成長，同時撫平遺憾而解除控制升天。完成使命的眾人返回木葉期間，彌彥小隊協助當地村民們返家，同時開始考慮跟木葉一方結盟。然而不久，村莊突然發生不明原因的大爆炸，造成臨時進村歸還玩具的彌彥伴隨所有村民集體罹難。長門和小南目睹彌彥喪生，也使長門墮入新的黑暗中。

完成任務的木葉一行人返回村子向湊匯報情況，即使所有人違反過命令、但都因為卓越貢獻而功過相抵。唯獨佐助對任務結果稍有不滿，加上因為目睹鳴人在任務中大顯身手、自己卻完全無用武之地，為了在父親富岳面前證明自己比哥哥鼬還要強，佐助自願向卡卡西學習千鳥。而任務中負傷的自來也同時匯報自己曾找到叛逃的大蛇丸，不僅得知他已靠不屍轉生更換身體、進入長達三年的轉生期，甚至獲知大蛇丸疑似跟此次事件有所關聯。如他所料，整起事件其實是大蛇丸和段藏為了剷除木葉村穩健派上忍而聯手策劃，但隨著計劃失敗便只好作罷，段藏同時提議讓佐助成為大蛇丸三年後的轉生容器。

佐助逐漸認為自己目前的實力遠不及鼬，不甘心自己永遠得不到父親的認可，焦慮的心情縱使他向身邊的鳴人提出公開比試。兩人的交鋒受到湊及時瞬身前來勸架，而鳴人展現的螺旋丸威力甚至遠超千鳥數倍，讓佐助意識到現在的自己比「吊車尾」鳴人更弱。為了改變現狀，佐助離開第七班、調入木葉警務部隊，跟隨宇智波止水等前輩們前往大名府進行為期三年的修煉。鳴人為了趕上佐助而同樣跟隨自來也外出修煉三年，在此期間先到妙木山習得仙術，而小櫻同樣在綱手的教導下，學習更高級別的醫療忍術。踏上各自道路的第七班直到三年後，以更上一階的力量在木葉村中重聚。

修煉結束回村的佐助擔任警務部隊副隊長，率領著一群目中無人的年輕部下，以過度執法的方式維護治安。鳴人回村後察覺到佐助的變化，同時出手阻止警務部隊欺行霸市。而佐助的一眾部下不甘心受公然侮辱，在沒有知會佐助的情況下私闖火影家打算逮捕鳴人挽回面子。如此的執法過當迫使富岳出面調解，對犯事的部下關罰禁閉以外，還憤而撤去佐助的副隊長一職。佐助頓時發現自己三年來毫無長進，同時放棄向父親尋求認可，而段藏適時向佐助拋出橄欖枝，私下提議他去找大蛇丸尋求更強的力量。不知深淺的佐助下定決心投奔黑暗，也準備背負相應的代價。

佐助逃跑出村過程中相繼放倒擔任門衛的出雲和子鐵、包括察覺到他的意圖而前來攔路的卡卡西，正式脫離村子而奔往大蛇丸所在的國境塔。綱手替卡卡西治療時得知事情經過，對話同時被門外的小櫻偷聽到，擔心佐助安危的她召集鳴人等所有同期夥伴會面討論對策。由於佐助不知情大蛇丸視自己為轉生容器的內幕，鳴人下定決心阻止佐助出逃，同時向小櫻承諾自己一定會將佐助帶回。於是，鳴人在鹿丸、小李、寧次和天天伴隨下試圖追上佐助，但段藏為了確保佐助能不受干預地抵達大蛇丸身邊，同樣派出根組織的四大精英紅豆、祭、夕顏與疾風前去阻攔追兵。

面對根組織的四大精英前來阻攔，鳴人一行人不得不以「一對一」的形式相繼留下來抵擋追兵，以此確保能順利追上佐助。當鳴人、鹿丸和寧次找到佐助前進方向時，只剩紅豆和祭窮追不捨。另一方面，沉寂三年的曉組織在蠍的帶領下，開始四處擴充軍力與資源以征服忍界。為了達到目的，他們三年前靠地達羅的爆炸摧毀彌彥所在的村莊，並將罪名嫁禍給木葉村，以此煽動悲憤的長門和小南加入麾下。長門將彌彥的遺體改造為培因，準備對木葉實施復仇。

佐助進入國境塔會面大蛇丸，被他植入咒印之下強化力量。而隨著鹿丸和寧次也被迫相繼留下來抵擋追兵，只剩鳴人一人奔往塔頂，但隸屬根組織的木遁使·大和現身攔路，鳴人為了營救同伴而硬是突破木遁重圍跑到塔頂。然而，鳴人滿心期待見到的佐助卻已判若兩人，還因為咒印增幅力量之下變得暴戾，在勸服不管用之下只能以戰鬥方式決定去留。經過一場魚死網破的衝突，鼬突然隻身擋下兩人的致命攻擊而消失不見。鳴人在攻擊中陷入昏迷時，覺醒萬花筒的佐助跟隨大蛇丸離開。

當鳴人一行人還未從行動中歸來時，木葉村受到培因六道的入侵，而靠查克拉遠程操縱培因六道的長門，控制著天道施展「真·地爆天星」而村子整體封入一顆巨大的小星球內。湊緊急動員村內的所有忍者守住村子，發現無法突破封印後只能與九品、綱手與蒜山施展四紫陽陣爭取時間，並將希望寄託在外面的鳴人等同伴身上。無功而返的鳴人一行人目睹這驚天一幕，鳴人迅速進入仙人模式而將培因六道逐個擊破，最後只剩最強的天道。由於鳴人即將不敵對方，碰巧出村執行完任務回村的雛田試圖救鳴人、卻遭到培因重傷。目睹此景的鳴人瞬間情緒失控而九尾化暴走，天道感到棘手之下被迫再次施展規模較小的地爆天星，將鳴人封入一顆小星球內。

受困的鳴人為了衝破封印而求助於九尾的力量，但得知自己還無法完美駕馭其力量。村內的九品因體內的陰九尾躁動而察覺到鳴人身處困境中，靠查克拉對接進入鳴人的內心世界中用心安撫，還意圖為兒子獻出自己的全部查克拉而自我犧牲。直到九尾被他們的母子情打動而僅借用一半力量，讓鳴人順利進入九尾模式衝破地爆天星，打敗天道後找到長門和小南的所在處。鳴人在對峙中向他們澄清三年前的誤會，而長門受鳴人的話影響而回想起彌彥的誓言，乃至醒悟而解放木葉村、繼續去實踐他們小隊曾經的理想。危機告終後，木葉和宇智波的衝突逐步化解，富岳也對自己將佐助逼上黑暗表示自省。與此同時，獲得力量的佐助反殺大蛇丸，乃至被曉吸收而加入行列。

正當佐助猶豫是否要與曉狼狽為奸、毀滅木葉時，本已喪生的鼬療完傷後回到佐助面前進行勸導，希望佐助能做出正確的選擇。另一邊，木葉一方獲知佐助殺死大蛇丸且加入曉的消息，決定先下手為強而殲滅曉且奪回佐助。在砂忍者村風影我愛羅一行人前來協助下，眾人攻入曉所在的山嶽墳場對敵，佐助做出決定後前來支援、暫時協助木葉對抗共同的敵人。蠍被迫靠本體進行戰鬥，並搬出自己所暗殺的現任土影、雷影和水影之人傀儡作戰。自來也同時帶領棄暗投明的長門和小南正式入伍、與鳴人並肩作戰。在眾忍者的聯手作戰下，蠍伴隨著曉全軍覆沒，最後只剩下鳴人和佐助為決定忍界未來走向的最後戰鬥。

鳴人和佐助回到國境塔頂一決高下，兩人在戰鬥中回憶起他們成為勁敵的起因。由於木葉和宇智波產生的信任危機，使佐助默默將趕超身為火影之子的鳴人視為最大目標，然而目睹鳴人一次又一次地克服難關，只讓自己感到羞愧與不甘。佐助決定全力以赴改變自己趨於人下的現狀，危急時刻使鳴人與體內的九喇嘛一同作戰。雙方最後都精疲力竭、同時倒地，但佐助最終接受鳴人的答案，再次歸隊並與「朋友」攜手並進，鳴人經此一役也順理成章成為「預言之子」、乃至實現夢想成為火影。故事至此結束，閱讀完的綱手「夢醒」後見到當上火影的斷，在她身邊的人除了老同伴自來也和大蛇丸以外，還包括弟弟繩樹。享受天倫之樂的綱手並不知道，現實中的自己仍受困在無限月讀夢境中。

斑發動無限月讀的同時，唯獨逃過一劫的第七班集體藏身在佐助用須佐形成的保護罩中，無能為力之下僅能等待無限月讀停止，而佐助趁躲藏期間仔細鑽研哥哥鼬為自己留下的記憶、以及所傳達的理念。鼬兒時正值第三次忍界大戰末期，年僅四歲的他上戰場擔任支援，近距離目睹慘烈的戰爭以及同伴的生死，使鼬深切認識到和平的重要性。戰爭結束後，鼬短暫與立下戰功的大蛇丸探討過生與死的意義，其中生命的誕生與逝去引發鼬更多的思考，以至於讓他跟其他同齡人格格不入。後來，鼬的母親美琴生下弟弟佐助，使鼬一同迎接新的生命且當起兄長，直到短暫的安詳突然被突如其來的九尾之亂打斷。

九尾之亂發生時，鼬抱著幼小的佐助跟著村民逃往避難所，過程中營救同為宇智波一族的小泉。災後，木葉高層懷疑宇智波是災難主導者，因此在重新規劃各家族據地時，刻意將宇智波一族據地安排至村子外圍以便監視。族長富岳與大部分族人雖然都察覺到村子的意圖，卻也不得不接受遷居安排。而鼬隨後進入忍者學校就讀，迅速變成門門滿分、受同學歡迎的「異才」，就連父親首次傳授的豪火球之術也是看一眼就學會。鼬同時靠自己習得的影分身之術作掩護，偷跑出學校找上自己最尊敬的前輩止水修煉，直到班導師有一次偶然發現鼬使用影分身，由此向高層提議讓年僅7歲卻實力超群的鼬，提前畢業成為一名下忍。

第一名畢業的鼬與下忍天馬和新香組成一班，接受貓婆婆委託而去空城內部尋找一隻忍貓。出生於有名世家的天馬不情願與低齡的鼬共同行動時，在任務中卻被鼬相救一命。完成任務目標後，鼬還幫忙隱瞞天馬趁機摘走忍貓的鬍鬚作藥材，而傲嬌的天馬聲稱自己一定會還人情，也讓鼬領會到同伴的重要性。但後來他們執行一場護衛任務時，路途上受到一名「面具男」襲擊，天馬為了保護鼬而不幸戰死。目睹同伴身亡使鼬開啟寫輪眼，也首次認識到失去的痛苦。

以失去同伴為契機而開啟寫輪眼的鼬受到父親讚揚，即使鼬心裡不滿父親完全不顧自己的心情，但還是故作一副謙虛的樣子。鼬隨後與身為上忍的止水搭檔，在死亡森林中進行回收卷軸、追蹤「逃亡者」的演習，期間驚歎於止水更勝一籌的實力與追蹤術，並從止水身上學到要從不同角度看待事物的深刻道理。而當夜間宿營時，鼬和止水碰巧牽扯進一名火影直屬暗部與三名根成員的情報爭奪戰，止水控訴根不擇手段的方式，強調「憑藉暴力維持的秩序不算真正的和平」。鼬決定與止水並肩作戰，兩人都靠實力和智取擊敗三名對手，並對上級隱瞞戰鬥的經過。經此一役，鼬決定追隨止水的腳步，很快以11歲的年齡加入暗部，成為一名「在黑暗中支撐和平的無名者」。

止水之死使鼬失去唯一能平等交流的知己，同時以此為契機而開啟萬花筒寫輪眼。而宇智波對木葉的積怨已達到頂點，富岳私下向鼬展露自己在戰爭中獲得的萬花筒，並希望鼬與之聯手、從而發動「無血革命」。然而鼬深知這麼做村子將萬劫不復，即使將消息如實匯報給木葉高層，卻仍面臨協助家族或村子之兩難選擇。當鼬看到在學校中快樂玩耍的佐助後，下定決心守護村子的和平，答應段藏的條件並與曉的「面具男」鳶聯手誅滅一族；而小泉也不幸成為犧牲者。原本打算出面阻止的富岳得知鼬的想法後釋然，認同應把家族未來託付給佐助，最後與妻子自願死於鼬之手。一切結束後，鼬最後去跟高層交涉、解決所有追兵，跟隨鳶來到曉的據點正式入伍，徹底告別木葉忍者的身份。

鼬在曉組織中的首任搭檔是原忍刀七人眾的枇杷十藏，待人雖高傲但卻對鼬照顧有加，兩人開始達成默契來為組織執行各種任務。直到一次水之國的暗殺任務中，兩人撤離時不巧遇上身為三尾祭品之力的第四代水影·枸橘櫓，十藏捨身為鼬擋下致命一擊而刀毀人亡，鼬初次使用天照燒傷櫓而死裡逃生。本與蠍搭檔的大蛇丸自願與鼬組隊，卻在期間企圖奪取鼬的寫輪眼，卻出師不利而被迫自斷手臂、在兜的掩護下狼狽脫逃，由鳶親自帶入組織的鬼鮫至此成為鼬的新搭檔。

地達羅作為曉的新成員而與蠍組成搭檔，兩人找到躲藏在風之國的大蛇丸而準備將其剷除。然而大蛇丸使用剛開發出的穢土轉生，復活第三代風影本尊且加以操縱，一度使蠍和地達羅都無從下手。直到因為術式缺陷而使風影自行擺脫控制升天，迫使大蛇丸再次敗逃。鼬、小南和角都組隊前去湯之國，負責剷除禍害當地的不死殺人魔飛段，而對飛段的能力毫無防備的角都在戰鬥中損失一顆心臟。小南看中飛段的實力而說服他入伍，以此填補角都的搭檔空缺。幾年過去，鼬獲知大蛇丸企圖毀滅木葉失敗後自願陪鬼鮫踏入木葉村，調查九尾祭品之力以外還暗中查看佐助的安危，並與當時的佐助進行短暫重逢、交鋒，進而發展為三年後的衝突、對峙、理解、與最後的分別。

回憶結束後，佐助理解鼬的用意而做出自己的「決定」，第七班等到無限月讀結束後獨自面對斑與黑絕。斑認為自己已斬斷世間因果，完成柱間未能實現的理想及宏願，正要以救世主的身份給予第七班最後一擊。突然間，黑絕借附身的帶土之手從背後捅穿斑的胸口，表示自己從始至終都是「輝夜的意志」。無法置信又無法動彈的斑，不但全身開始跟黑絕融為一體，而世間的無限月讀中術者之總體查克拉順著神樹全部灌注入斑體內。突如其來的狀況使第七班無力阻止，黑絕揭露所有中術者會經過長時間演化成「白絕」，亦是白絕的真正由來；甚至揭露指引斑與大部分宇智波族人的石碑內容，早在千年前就被自己稍加「修改」。恍然大悟卻追悔莫及的斑無助地被吞噬，身體淪為轉生容器而復活大筒木輝夜。

忍界始祖大筒木輝夜時隔千年重新降世，使第七班全員難以置信她的現身、同時感到疑惑。輝夜環顧四周、看著一望無際的斷壁殘垣，發誓會讓這片忍界恢復她理想中的樣貌。為了解決擋在她面前的第七班，輝夜靠額頭上的輪迴寫輪眼施展「天之御中」，霎那間將眾人所在地直接轉移至一座滿是熾熱岩漿的異空間。佐助通靈出老鷹營救鳴人，卡卡西營救小櫻的同時將帶土的軀體用苦無釘在岩壁上。面對這種所向披靡的神話級力量，佐助向鳴人道出他們倆無論如何都要活下去，確保能靠彼此手中的陰陽遁重新封印輝夜，否則忍界會就此滅亡。但輝夜幾乎毫無破綻，甚至悄聲無息地空間移動到鳴人和佐助身後擒獲，而輝夜感受到他們的查克拉，將他們兩人看成自己的兩個兒子羽衣和羽村。

輝夜開始吸取鳴人和佐助身上的查克拉，而黑絕同時現身講解自己的來歷與所有起因。時間回到千年前，一顆隕石降落在這片無忍界或查克拉的土地而生長為「神樹」；身為神樹守護者且來歷不明的輝夜隨之降落在一片竹林中，美若天仙的她被祖之國的年輕領主天子收留至府中等待成親。但天真爛漫、不諳世事的輝夜並不知道，實為負心漢的天子為了逃避與鄰國彼之國的領地鬥爭，不惜背叛且率領軍隊追殺她來換取和平；天子尚不知道自己被趁亂入侵的彼之國愚弄，甚至不知道輝夜已懷上他的孩子。由於親眼見識到種種人性醜惡，輝夜毫不猶豫地吃下神樹上的果實而力量暴增、發動第一次無限月讀，使天子連同世間所有人全部難逃劫數，輝夜決定以一人之力支配世界、守護自己的孩子。

輝夜靠自身的力量一統天下，釋放一部分人類且清除相關記憶，乃至生下自己的兩個孩子羽衣和羽村，並讓他們繼承自己的力量。多年過去，長大成人的羽衣和羽村逐漸對於母親的絕對統治產生不解，來自妙木山的蝦蟆丸趁機接近他們兄弟倆，指引他們前去正在汲取星球自然能量的神樹下方找到大批犧牲的「供奉者」，羽衣甚至在犧牲者中找到自己所心儀的女子，受失去之情緒影響而開啟寫輪眼。兄弟倆被蝦蟆丸帶至妙木山得知關於母親的來歷、起因與真相，而蝦蟆丸不願看到世界受「外來人」統治，使兄弟倆最後一致決定站在人類一方、阻止母親的暴行。羽衣留在妙木山修煉仙術，獲得足夠實力對付母親時，先回村子的羽村卻不巧被輝夜發現意圖。

輝夜不滿兒子羽衣違逆自己，狂怒之下決定奪回屬於自己的力量，用瞳術控制羽村而讓他們兄弟相爭。但羽衣靈機一動而對羽村造成致命傷使其清醒，再用蝦蟆丸賜予的一張仙術符使羽村復原傷勢、一同獲得仙術力量；羽衣還靠此覺醒輪迴眼。兄弟倆聯手大戰輝夜持至數月，神樹同時受輝夜呼喚而暴走變成十尾大肆破壞，漫長的戰鬥直到羽衣和羽村看準時機，聯手施展「六道·地爆天星」將輝夜封印、形成月球。羽衣戰後將十尾查克拉分成九隻尾獸，而羽村決定前去月球守護封印。但兄弟倆卻未注意到輝夜封印之際製造出黑絕，其生來便賦予復活母親輝夜的使命而躲在暗處行動、篡改六道仙人石碑、假扮成斑的意志並促使其復活等等，進而「操縱」忍界千年歷史。

聽完真相的鳴人和佐助相繼掙脫出束縛，斥責輝夜不應干涉孩子們做出的明智之選，更斥責黑絕沒有權利操弄歷史。為了確保能接觸到輝夜進行封印，鳴人使用自己苦練多年的拿手絕活「色誘之術·逆後宮之術」，當場打輝夜一個措手不及。意外性的成功使鳴人和佐助幾近勝利在望，但輝夜卻再次靠天之御中轉移至冰雪異空間，導致他們錯失良機。輝夜聽從黑絕的建議，迅速將佐助困入另一座沙漠異空間，以此將兩人分開而逐個擊破。另一邊的帶土被鳴人事先注入陽遁而恢復清醒，伴隨卡卡西、小櫻被鳴人的分身透漏所有經過，帶土表示自己能靠神威進入輝夜的異空間尋回佐助，並帶上小櫻作為查克拉補助。與此同時，歷代火影在斑遺留的下半身前匯聚，共同目睹羽衣的靈魂具現化…

為了解答歷代火影心中的疑惑，羽衣開始從頭講述由自己建立的「忍宗」起源。自從與羽村分別後，羽衣開始遠走他鄉、踏上贖罪之旅，先是盡自己所能地幫忙修復大戰中遭受破壞而滿目瘡痍的大地，同時為九隻尾獸挑選好合適的居所。而羽衣在旅程中見過形形色色的人，當中一部分人開始被羽衣的善舉、理念及力量所影響，乃至紛紛前來投靠並加入他的旅程。這批人成為羽衣的首批弟子、亦是忍宗的先驅，集體從羽衣身上繼承這股以人與人之間的「羈絆」所形成的「查克拉」力量。旅程即將到頭之際，羽衣的大部分弟子各散東西，替羽衣完成使命以外、並繼續將忍宗發揚光大。而羽衣最後回到作為忍宗總本山的家鄉村子娶妻生子，在妻子早逝後獨自撫養兩個兒子因陀羅和阿修羅。

因陀羅從小熱愛看書、學識淵博、能屈能伸，在沒有父親指導的情況下，成功運用查克拉開發出結印的「忍術」，大幅改變居民的生活及忍宗的走向。而阿修羅則跟他相反，從小學術不精、三心二意，大部分時間都在跟摯友太藏一起在外玩耍。在羽衣不知情的情況下，黑絕將魔掌伸向文武雙全的因陀羅，開始躲在暗處挑撥他跟家人的關係，過程中安排一場意外縱使因陀羅開啟寫輪眼。獲得全新力量的因陀羅至此成為公認的忍宗繼承人，然而隨著年齡增長而越變越孤高，訓練之嚴格程度逐漸不近人情。而黑絕長期以來持續躲在暗處煽風點火，進一步惡化因陀羅和家人的關係，同時說服他能夠靠身體裡的潛能改變忍宗未來，甚至有朝一日能匹敵父親羽衣。

隨著因陀羅和阿修羅長大成人，羽衣觀察到專注於修煉的因陀羅拒人千里時，無憂無慮的阿修羅總是幫助他人解決各種問題。由於母親輝夜的先例而使羽衣不著重個人的力量，為了選出真正能帶領忍宗引向正途的「繼承人」，而為兄弟倆分別準備一項考驗之旅。兄弟倆分別被派去協助兩座地點不同、但都位於荒漠中央、且都有神樹殘根滋生的村莊，羽衣指示他們必須「解決當地的問題」。阿修羅陪太藏抵達指定村子後，發現當地人依賴著因受神樹力量影響而變得富饒的土地過活，由此意識到強行摧毀神樹只會讓村民挨餓。而因陀羅去的村子則面臨相同的問題，在村民們急需幫助之下，使他決定獨自挑起大梁。天各一方的兄弟倆最後都一致認為，唯一的方法是挖井帶來水源。

因陀羅靠自己的力量，沒費數日便為村民帶來水源、摧毀神樹，先行一步回到家鄉靜待父親的答案。阿修羅因自身力量不夠，只能花時間慢慢鑿穿地下岩層，而村民們逐漸被阿修羅堅持不懈的決心所激勵，集體前來協助挖井工作。阿修羅同時將忍宗與查克拉力量傳授給他們，所建立的羈絆使他們一行人持續同甘共苦、彼此提攜，最後花費一年的時間而成功鑿出地下水。完成使命後，阿修羅與村民們共同燒毀神樹，而一部分村民也追隨阿修羅返回家鄉，包括阿修羅的未來妻子柑奈。羽衣對阿修羅的成長與蛻變感到欣慰，同時獲知因陀羅負責的村莊已因村民互爭水權而瀕臨滅亡，由此證明歷經艱辛獲得的幸福會比唾手可得的幸福更持久，羽衣因此宣佈阿修羅為忍宗繼承人。

羽衣原希望阿修羅和因陀羅能互助彼此，但不服氣的因陀羅執著地認為同樣能靠「自己的力量」建立完美秩序，受黑絕誘惑而就此走上極端，忍痛殺死兩名忠誠弟子而開啟萬花筒寫輪眼。因陀羅以完全體須佐能乎襲擊家鄉，意圖摧毀父親建立的一切。然而阿修羅靠一年的修行以及從父親身上繼承的六道之力，並在村民的互助下施展木遁·真樹千手一舉摧毀須佐。敗在「羈絆的力量」手中的因陀羅從此離開忍宗、自立門戶，數十年後回到即將壽終的羽衣面前揚言，自己的無數轉世者們會戰鬥到忍宗毀滅為止。為了與其抗衡，阿修羅向臨終的父親發誓自己也會一同轉世下去。而兄弟倆的轉世者們無止境的宿命對決，如今來到鳴人和佐助這一代，但羽衣堅信他們能結束這漫長的因緣。

下忍時期的第七班決定一睹卡卡西面具下的真面目，過程中受到一名自由記者斯凱亞指點，開始尋找任何有可能偷拍到其面貌的照片。由於任何嘗試都是徒勞無功，第七班不惜集合同期下忍們一同執行這場特別任務。但眾人即使使盡招數，最終卻集體空手而歸。但他們所不知道的是，一直以來出現在他們身邊的斯凱亞其實是卡卡西本人所偽裝，其藉助影分身的掩護而暗地觀察第七班的團隊合作，甚至早就在眾人面前展露自己不為人知的真面目。

鳴人和輝夜的異空間戰鬥進入白熱化，當缺乏作戰經驗的輝夜一昧的靠橫衝直撞以及黑絕的指導作戰時，鳴人卻能完美地運用體內的眾尾獸查克拉逆轉局勢。帶土帶著身邊的小櫻與分身鳴人，看準時機使用神威闖入輝夜連接各個異空間的「始球空間」，並藉助鳴人分身的掩護而隱去行蹤。趁輝夜返回冰雪異空間與鳴人周旋時，帶土藉助小櫻的百毫之印查克拉，奮力靠神威連接各個異空間尋找佐助下落。當連續找尋三座異空間無果後，帶土開始難以維持體力，但仍願意進行最後一搏，最終連接上佐助所在的沙漠異空間。佐助全速奔往出口、眼看就要趕不及，但所幸在空間大門關閉之際，依靠瞳術天手力而與小櫻丟在身旁的外套互換位置，及時回到小櫻身旁。

神志不清的帶土慢慢地將眼前的小櫻看成凜，同時回想起自己與凜的承諾而重新爬起，決定把握生命最後的時間完成使命。在冰雪異空間，鳴人藉助尾獸力量與眾多影分身的掩護，盡全力和輝夜拖延時間，並機智地轉移求道玉而誘使輝夜錯殺目標。而帶土、小櫻和佐助及時歸來，深感不妙的黑絕說服輝夜必須將他們一舉消滅，輝夜便靠天之御中轉移至超重力異空間，強大的吸附力使鳴人和佐助都難以動彈。輝夜對兩人發射避無可避的共殺灰骨，身處兩邊的帶土和卡卡西都奮不顧身地跑去替他們擋下攻擊。眼看即將趕不及，直到凜的意志突然出現、再次將帶土和卡卡西牽到一起。而帶土用最後的神威轉移掉襲向卡卡西的灰骨，自己則承受致命一擊，得以與凜共度二人世界。

帶土即將隨著身體瓦解而赴死，鳴人試圖用陽遁挽救他卻於事無補，輝夜為了躲避佐助的攻擊，伴隨著眾人轉移回始球空間進行最終決戰。帶土表示卡卡西必須留下來支撐新世代，而自己已是風中殘燭，唯一能做的則是確保他們能活下去拯救忍界，以此彌補自己一直以來的錯誤行徑。臨死之際，帶土感謝鳴人重新喚起少年時的自己與曾經的夢想，督促著鳴人「一定要成為火影」後全身散架。目睹此景的黑絕大呼痛快，開始嘲諷這名接連干預自己計劃的禍根死有餘辜。鳴人因此被激怒，瞬間斬斷輝夜附著黑絕的左臂，並用陰陽遁黑棒將黑絕釘在原地。而帶土以少年姿態在來世中與凜重逢，獲知凜一直以來都在看著自己，並欣慰帶土迷途知返；使帶土終於達成心願。

帶土決定趁最後再助卡卡西一臂之力，以查克拉聯繫的形式給予他最後一次寫輪眼的力量。鳴人集合眾尾獸力量使出「仙法·超尾獸螺旋手裡劍」給予輝夜沉重一擊，使輝夜開始陷入極不穩定的尾獸暴走狀態，即將受波及的小櫻被雙眼開萬花筒、直開完全體須佐、甚至將神威攻擊實體化的卡卡西及時營救。但輝夜為了挽回局勢，不惜藉助持續膨脹的求道玉吞噬整片空間，迫使第七班全員把握時間聯手作戰。卡卡西靠「神威·雷切」斬傷輝夜的右臂，再由鳴人和佐助進行「分身對換式」左右夾攻，見不妙的輝夜試圖往上方逃跑，卻緊接著遭小櫻奮力一拳痛擊。鳴人和佐助同時觸碰到輝夜的身體，聯手施展六道·地爆天星，看著鳴人、佐助和小櫻的同心協力，卡卡西不得不引以為傲。

輝夜無奈地被地爆天星再次封印起來，其體內的眾尾獸包括斑集體自由，鳴人順勢將功虧一簣的黑絕一併扔入地爆天星中封印，以確保他永不會另起爐灶。羽衣見陰陽遁力量回歸後獲知第七班完成使命，聯合四名火影、加上從淨土中召喚的先代眾影們，聯手施展通靈術將鳴人一行人帶回戰場。寫輪眼消失的卡卡西感謝帶土的幫助，以朋友的身份與他道別。柱間來到奄奄一息的斑面前進行最後的交流，表示他們無法完成的宏願能託付給後輩們實現，似有所悟的斑最後承認「戰友」的答案後慢慢閉上雙眼。歷代火影的穢土轉生隨之解除，鳴人與靈魂即將回歸淨土的父親湊含淚至別，表示自己一定會成為火影、實現父母的種種交代與祈許，湊離去時表示自己一定會跟九品告知一切。

柱間、扉間與蒜山相繼解除穢土轉生，將使命託付給鳴人一行人後回歸淨土。恢復自由的眾尾獸們也決定回歸居所，唯獨牛鬼與九喇嘛決定返回殺人蜂和鳴人體內。正當戰爭即將隨著鳴人和佐助配合解除無限月讀而結束時，佐助卻仍堅持自己原先的答案，為了改變忍界現狀而掀起「革命」，不但準備處決現任五影藉此推陳出新，還迅速將眾尾獸集體靠九顆地爆天星囚禁，揚言即刻起由自己一人獨掌大局。早有預感的羽衣在彌留之際，決定將希望寄託在鳴人身上，而不顧勸阻的佐助決定全力排除擋在自己面前的鳴人，走前施幻術擊昏小櫻以避免她干預接下來的戰鬥。鳴人發誓自己會兌現將佐助帶回的承諾，與佐助共同回到三年前戰鬥過的終末之谷，準備以這場勝負決定忍界的未來。

佐助坦白自己打算繼承鼬生前的意志而在黑暗中支撐和平，因此有必要剷除五影、尾獸等所有紛爭根源，最後讓自己背負所有的黑暗、成為忍界下一個「公眾之敵」來延續和平、時至永遠，堅定地表示如今身為「忍界最強」的自己有能力實現宏願。但鳴人無法接受佐助如此曲解鼬的意志，不甘願佐助永遠深陷於黑暗之中，決定用戰鬥來徹底改變他的想法。戰鬥一開始，招招致命的佐助率先取得上風，絲毫不給鳴人任何反擊的時間。雙方毫不保留地運用體內殘存的六道之力，以完全體須佐與九尾化形態進行碰撞。兩人戰鬥的同時在內心世界中閃過彼此的童年，即使早已能相互理解、心意卻仍無法傳遞給對方，何況鳴人無法對佐助痛下殺手，而佐助卻是下定決心要殺死鳴人。

鳴人目睹佐助汲取地爆天星中的眾尾獸查克拉、以須佐為容器而化為「因陀羅」形態降世。為了與之抗衡，鳴人藉助影分身汲取自然能量，再與兩個影分身融合為「阿修羅」三頭六臂形態。雙方以各自最強攻擊「因陀羅之矢」與「六道·超大玉螺旋手裡劍」正面碰撞，巨大衝擊使整座山谷面目全非。耗盡六道力量的兩人隨之開始魚死網破的肉搏戰，頭破血流的戰鬥直至黃昏，佐助一度靠輪迴眼吸走鳴人最後的查克拉，卻在使用千鳥時因瞳力減弱而遭鳴人反將一軍。惱羞成怒的佐助決定用灌入炎遁的千鳥分出勝負，而鳴人得到體內陰九尾供給的殘存查克拉，同時在自己一路以來結識的親朋好友的力量支撐下，施展最後的螺旋丸衝向佐助。兩人在彼此的最後一擊中生死未卜，使終末之谷毀於一旦。

戰鬥結束的鳴人和佐助本以為他們同歸於盡，探視彼此的孤獨童年，承認他們確實在許多方面心心相印。而現實中的兩人痛醒後發現他們各斷一隻手，佐助平躺著質問鳴人極力阻止自己的用意何在，但也漸漸意識到自己其實一直都羨慕鳴人的不屈不撓。這時，鳴人的回憶湧入佐助的的腦海，使佐助一睹自己從未見證過的鳴人的種種成功而受鼓舞，並領會鼬的真正意志。原本猶豫不決的佐助逐漸承認比起孤身一人、如今更想在鳴人身邊見證忍界相互理解的美好未來，最後正式向身邊的鳴人服輸，且認同朋友的力量，如釋重負之下感動落淚。兩人一覺睡到天亮目視黎明升起，所躺的位置正好處於兩座石像殘存的結印之手正上方，其當時已形成一個「和解之印」，正式為漫長的因緣畫下句點。

卡卡西和小櫻趕至山谷，經過救治而穩定鳴人和佐助的傷勢，而佐助正式向小櫻道歉，使曾經的第七班恢復如初。鳴人和佐助共同解除無限月讀釋放世間所有人，而佐助也釋放所有尾獸，忍界大戰至此告終。各村紀念犧牲者後，鳴人成為拯救忍界的大英雄，各地民眾與各影們紛紛前來探望、表示感謝。鳴人靜待綱手靠培育柱間細胞為基礎的義肢期間，當上第六代火影的卡卡西、以及成為火影輔佐的鹿丸，要求鳴人惡補缺失的必備知識，來為接任下一任火影做準備，但沒心思學習的鳴人只想陪伊魯卡共享一樂拉麵。功過相抵的佐助拒絕安裝義肢後，獨自離開木葉踏上贖罪之旅，走前感謝小櫻並答應再會。鳴人出現在佐助離村的路上歸還其護額，佐助默默地承諾有朝一日會與鳴人分出「真正的勝負」。

少年時期的鳴人無依無靠，生活拮据到連一碗拉麵都吃不起，因此只能在野外採蘑菇以及釣魚為食。在篝火旁，蒜山在未透漏身份的情況下與鳴人接觸、共享美食，給予鳴人關懷的同時還指導他要放眼世界，使鳴人產生當火影的理想。而雛田則生活在要求嚴格的日向一族，時常喘不過氣加上受表哥寧次之父日差逝世的影響，一度打算離家出走的她在夜路上遇見鳴人，受到鳴人安慰並送回家門前，從此被鳴人的樂觀所激勵而學會勇敢面對家族。

少年時期的佐助擁有一個美滿家庭，為了盡快追上哥哥鼬而多次提出跟他修煉，繁忙的鼬在父母一次外出探親時與佐助修煉手裡劍，並自做一頓大餐與佐助共享兄弟時光，而鼬心裡希望佐助有朝一日能超越自己。而小櫻由於父母是平凡人，加上因為「寬額頭」而產生一股自卑感，直到認識井野才變得自信開朗。而小櫻在校時喜歡上作為全校第一名的佐助，一度鼓起勇氣向佐助表白卻被忽視，使小櫻從此專心學習武藝來讓佐助正視自己。

少年時期的我愛羅誕生的同時失去母親，後來還有尾獸寄宿在體內，即使是風影之子，卻也遭到村裡的人們嫌惡與排擠。日常生活都由夜叉丸照顧，而夜叉丸對我愛羅來說，就像是母親一樣的存在。而鹿丸不管做什麼或發生什麼事，都第一時間覺得麻煩又無趣。無心上課的鹿丸，故意惡搞正在打瞌睡的丁次，甚至還因此連累鳴人也一起被老師處罰到走廊上罰站。

少年時期的自來也從小就是個好色之徒，好色成性的他不是到澡堂偷窺，不然就是拜託大蛇丸配合他執行吸引綱手注意的作戰策略，是直到成年後才確立未來的夢想。而卡卡西自從父親死後，就過著自己獨居的生活。卡卡西擁有相當傑出的忍者實力，讓帶土與小凜都對他感到相當有興趣，某天帶土偷偷跟蹤卡卡西，撞見他在家中烹飪，於是與凜一同加入他的飯桌。

忍界大戰兩年後，木葉村突然發生「起爆人類」攻擊事件，受害者全都是一些近期失蹤的村內忍者，鳴人一行人制止危機後發現受害者們都被一種源自血繼限界的「特殊瞳術」所操縱，卡卡西不得不聯繫旅程途中的佐助參與調查。在外的佐助收到聯繫後，經過一座發生相同襲擊的竹之村，目睹村長以及其女兒命喪火場，卻也從村長死前口中聽見，罪魁禍首是一位名叫「風心」的人。

兩名剛到竹之村的流浪忍者茅野和野分堅持跟隨佐助，來到大蛇丸的研究所詢問有關風心身份的線索，得知風心原是由血繼限界忍者組成的義賊「雷光團」首領，而曾經受僱於不法商人御屋城炎。佐助跟隨大蛇丸來到御屋城炎在孤島上開辦的競技場，同時不得不自己參與進決鬥、得以見到御屋城炎。然而比賽途中，會場的多名客人突然淪為起爆人類展開攻擊…

佐助救下茅野等一部分中術者，雖然沒能抓到後台出沒的施術者，但因為拯救會場而見到御屋城炎。佐助獲知控制起爆人類的幻術源自雷之國的血之池一族，若干年前被宇智波一族擊敗且流放到湯之國的地獄谷。對此震驚的佐助決定前去地獄谷調查，但在到達湯之國不久就受到襲擊競技場的施術者半路伏擊，但最後發現他只是一名替身，而真正的風心其實是躲在自己身邊的野分。

佐助戰勝風心後試圖窺探其記憶，卻發現他被茅野的特殊血繼限界「血龍眼」之瞳術所保護，因此步入血之池一族禁錮的地獄谷一探究竟。茅野揭示自己是血之池一族的倖存者，向佐助揭示自己與一族苟且偷生、被御屋城炎抓去訓練做角鬥士、認識風心成立雷光團、卻又因為血繼限界而遭受霧忍者村驅離的痛苦經歷，最終目的是為了除掉佐助這名宇智波一族的倖存者。

佐助靠強大的幻術與決心打敗茅野，同時決定以鳴人為榜樣而饒其一命，最終使茅野和風心感化而自願向木葉投降，乃至被水影照美冥收納回霧忍者村並將功贖罪。為了圓茅野的心願，佐助伴隨雷影擊垮競技場，讓雲忍者村庇護所有角鬥士。唯獨逃跑的御屋城炎去向大蛇丸庇護，並揭示自己同是血之池一族的倖存者，並是茅野的父親。而完成這次使命的佐助，決定抽空回一次木葉。

鹿丸自從兩年前戰爭結束後擔任起第六代火影卡卡西的輔佐，每日除了繁忙的文職工作以外，還需要應對聯軍於戰後成立的「忍者聯盟」會議發言。除此之外，鹿丸秘密與卡卡西想辦法處理法外國度「默之國」，當時已盤踞大量戰爭失蹤者和各國叛忍，先行一步前去調查的祭只查出默之國的統治者為源吾。鹿丸決定深入虎穴援助祭，在卡卡西的推薦下招收兩名暗部高手朧和鏃組成三人小隊。

默之國當時被源吾的邪教團「革命者」掌控，鹿丸小隊想辦法溜進都城「帳之村」前，三人卻難以達成意見一致，只好先在關口的一間旅店打探情報。一名打雜小弟子守自願協助他們三人，但鹿丸迅速看出他實為敵人的間諜，暗中指使能靠自由操縱查克拉並混淆敵人的朧進行證實後，再暗中指使較為獨斷專行的鏃前去接觸對方，三人上演一場苦肉計而順利混入城內。

鹿丸突然頻發過去的惡夢，但還是集中精神尋找祭的下落與源吾的情報，同時發現當地人幾乎都被源吾洗腦。三人得知深居簡出的源吾居於城中央的「浮囚城」，決定假扮革命者混入晚間舉行的集會。當源吾現身在舞台中央致辭時，準備處死被俘虜的祭，迫使鹿丸不顧一切地去救同伴。然而鹿丸突然發現自己身心不聽使喚，甚至注意到朧和鏃自願落網，而被鹿丸奮力救出的祭甚至協助源吾將鹿丸抓獲…

祭、朧和鏃都因為各自的「黑暗過去」，都被源吾輕易用言語「蠱惑」而受洗腦控制。陷入孤身一人窘境的鹿丸不肯屈服於對方，過程中發現源吾是用一種默之國獨有的致幻藍花作為媒介，想辦法逃離監牢躲在暗處，並整理出自身所剩無幾的忍具，規劃並實用反敗為勝的完美戰術。但由於無法衝破祭的超獸偽畫，鹿丸眼看將不敵多人，所幸丁次、井野和手鞠及時趕來支援，使鹿丸鬆了一口氣。

丁次和手鞠分別打敗朧和鏃，而井野靠心轉身之術進入祭的內心，找到攻破源吾洗腦的方向而將祭、朧和鏃喚醒。鹿丸追趕源吾至堆滿屍骸的黑暗監牢，獲知所有死者都是源吾出賣過的同伴，憤怒的鹿丸以鳴人為榜樣，沒有被源吾誘惑而將他一舉擊敗。鏃切斷源吾舌頭的查克拉，以確保他不會再蠱惑他人。木葉暗部抵達默之國善後，源吾等追隨者都被收押。鹿丸感謝手鞠相助，並正式和她提出約會。

鳴人和雛田即將在木葉村舉行盛大婚禮，所有人為了籌劃工作而四處奔走，忍者學校更是因為新學生闖禍而鬧的不可開交。但卡卡西預感一旦所有人集體出席婚禮，村子必定無人看守。為了確保會有人在婚禮時值班，卡卡西按照綱手以前制定的規矩而為所有人準備一個「機密任務」，會根據他們所準備的結婚賀禮的好壞來決定他們是否能參加婚禮；該任務不僅對所有人隱瞞內幕，同時瞞著鳴人和雛田進行。

鳴人的同期夥伴們在不知機密任務的情況下，各自開始準備最完美的賀禮。而這一題立刻難住小李，直到他夜裡受已故寧次托夢給他的建議，最後決定與凱共同贈送一對修煉用的啞鈴。另一邊，伊魯卡同樣在思考給予鳴人最適合的賀詞。

鹿丸考慮給鳴人和雛田安排一個溫泉蜜月旅行，但在街上偶遇手鞠後，便與她尷尬地走訪村外的溫泉旅館。而手鞠誤以為是鹿丸即將為他和自己準備的「蜜月」，後來得知掃興的真相後扇出一陣龍捲風「招呼」鹿丸。井野和小櫻共同看上一個鏡框，互不謙讓之下以做軍糧丸的廚藝比賽來決勝負，但最後造成當裁判的丁次血糖過高而昏倒，使她們二人全部放棄而另找更合適的鏡框。

我愛羅、勘九郎和手鞠拜訪木葉，也與各影們討論該送什麼禮物。考量到自己的風影身份，我愛羅無法選出合適的賀禮，但經過與殺人蜂的一番討論後，開始猶豫自己是否要在鳴人的婚禮上跳舞作為賀禮。在小李和天天的帶領下，我愛羅走進一樂拉麵店，與伊魯卡共享拉麵時受到指點，決定以「朋友」的身份送上最完美的祝福。鹿丸和手鞠再次碰見彼此，但這次雙雙同意一起吃晚餐作為約會。

志乃和牙同時也在對送什麼禮物而發愁，兩人找到他們的第八班老師、如今從忍者職務退休且撫養女兒未來的紅提供建議，最後決定去找千手一族喜慶時用過的罕見蜂蜜酒。兩人為了來到「空區」尋找釀造此酒的蜂農，過程中受到貓婆婆的孫女小環指引而走入密林。志乃靠強大的意志力與決心降服蜂農，得到酒且走出密林，滿載而歸的兩人完成第八班的「最後任務」，經此一役的志乃同時決定以當老師為目標。

隨著婚禮日子逼近，卡卡西和靜音審核過程中難以選出婚禮當天值班的人，但其他人靠木葉丸在火影辦公室門口的偷聽而得知任務的真相。為了讓卡卡西不再苦惱，所有人一致決定出席婚禮的同時分擔值班的責任，回村的綱手更是澄清賀禮規矩是為了應對戰爭時期的人手不足才立下。當雛田同樣發現任務真相而陷入內疚時，連續受到卡卡西和伊魯卡安慰和鼓舞，同時讓卡卡西想到借用別村的人手協助而兩全其美。