曉剛封印完六尾，佐助將捕獲的八尾交給鳶而完成任務，表示自己陪隊伍療傷結束後會進攻木葉。但雲忍者村的第四代雷影獲知弟弟殺人蜂被曉擄走後勃然大怒，由哨兵所見得知首當其衝的是木葉的宇智波一族。回到木葉的鳴人思索著鼬生前與他在幻術世界中的對話，而自己曾對鼬堅定地表示，即使是生死交關都不會放棄挽救佐助，這句回答讓鼬嘴裡露出笑容，臨走前將一股未知的「力量」分給鳴人以備無患。回憶過後，鳴人突然被傳喚至火影辦公室，由蝦蟆仙人深作傳達師父自來也戰死於曉首領培因的噩耗，得知自來也用性命換回關於培因真實身份的一系列重要情報。鳴人第一時間無法接受師父之死，斥責綱手派他去執行自殺式任務，最後選擇一人離開辦公室靜一靜。

深作為綱手一行人留下自來也遺留的暗號情報，其他包括被其俘虜的雨忍以及成功殺死的培因遺體，全數由綱手轉交給暗號班以及審訊班在第一時間進行解讀。鳴人一人走遍村子各處，回憶起自己與自來也朝夕相處三年多的美好時光，開始陷入深深的消沉與悲痛之中。即使有伊魯卡上前給予鳴人關懷與鼓舞，鳴人仍難以走出傷痛。直到同樣有過喪師經歷的鹿丸出面，帶他去醫院探望有孕在身的師母紅，表示自己曾向已故阿斯瑪發誓過會照顧好他的孩子，並在未來成為這個孩子的老師。鹿丸用自己的經歷與繼承之物激勵鳴人，這讓鳴人決定不再消沉、開始振作起來，準備繼承師父的遺志。

由於暗號班無法解讀自來也暗號的含義，鹿丸只能帶鳴人一同前來破譯，而眼尖的鳴人一下看出排在首位的暗號看似是數字「9」、但實際上是片假名「タ」，其靠長期閱讀自來也小說文稿而辨認出他的書寫習慣。暗號班由此認定這是自來也留給鳴人的暗號，片假名則是暗示自來也的最新著作《親熱攻略》。而其他數字則是暗示頁數，靠相關頁數的第一個字結合為一句音似「本體並不存在」的訊息。深作想起自來也曾提及過，六名培因之中沒有一人長得像前弟子長門，木葉一方決定深入解析。而深作同時獲得綱手准許帶鳴人去妙木山修煉仙術，為了得到足以跟培因抗衡的底牌，鳴人答應追隨師父的腳步，被逆向通靈至妙木山開始一番艱辛的仙術修煉。

鳴人被深作告知學會仙術必須是要在完全靜止狀態下，吸收一定量的自然能量才能使用，但若吸收過多則會淪為青蛙而石化。為了使鳴人能迅速掌握，深作將妙木山的蝦蟆油塗在鳴人身上，加上鳴人靠影分身以縮短修煉時間。鳴人起初修煉坎坷，但很快就找到訣竅而順流而上，深作佩服鳴人比自來也學習得更快。深作同時將自來也的首作《堅毅忍傳》交給鳴人，而鳴人閱讀後獲知自己名從這本小說的主人公，並理解自來也的用心良苦。另一邊，培因六道與小南準備進攻木葉捕捉九尾，而先前被自來也殺死的培因則以新的女性身體行動。鳶傳喚鬼鮫和絕開始封印被佐助捕獲的八尾，但三人封印到一半才發現該八尾只是一截觸角分身，意識到佐助並未成功捕獲本體。

鳴人開始吃力地以不用蝦蟆油的情況下學會吸收自然能量，但因難以保持靜止狀態而被迫進行山頂靜坐修煉，以一不留神則會墜下山的環境讓鳴人慢慢學會保持平靜。深作再次佩服鳴人的仙術學習能力，決定馬上教他進行體術蛙組手。獲得仙人模式底牌的鳴人，以此完善之前不能使用的螺旋手裡劍，背著深作趁深夜偷偷在外進行多次演練。與此同時，鷹小隊在藏身處療傷期間殺死一名跟監的雲忍傑，迫使雷影首先派出麾下的寒小隊，向木葉一方尋求剷除佐助、獲取其情報的許可以外，還向各村傳令舉行五影會談商議應對曉。

就在鳴人還未學成仙術歸來，以及木葉還未能解讀出自來也的情報時，培因六道與小南對木葉忍者村發動總攻。培因將七人隊伍分為誘敵及搜索兩組，首先將會通靈術的畜生道投擲進村內裡應外合，迅速將五道集體從外召喚至村內大肆破壞，藉以混淆木葉的入侵者感知人數。畜生道、修羅道及餓鬼道分別以不同形式製造混亂，小南伴隨擁有讀心能力的人間道和地獄道，趁亂搜索鳴人的下落；而力量最強的天道則邊搜索、邊等待捕捉九尾。全村緊急疏散過程中，小櫻趕往醫院救治成群的傷者，其他同伴及忍者則迅速趕往各自的戰鬥位置。綱手警覺如此嚴重的攻擊是曉所為，為了及時掌握戰鬥主權，向深作留下的一隻聯絡青蛙下令召回鳴人。

大多數忍者和村民死在培因襲擊之中，綱手下令召回鳴人並肩作戰。但意圖藉此襲擊而密謀篡位的段藏因此被打亂算盤，暗中委託兩名顧問門炎和小春前去勸說綱手，把鳴人繼續留在妙木山以防落入曉之手。綱手被門炎和小春不負責任的話所激怒，大聲呵斥兩名元老都嚴重缺乏「相信他人的力量」。隨著兩名元老作罷而前去避難，靜音從死去培因遺體上嵌入的多根能接收查克拉的黑棒得出新結論。綱手下令暗部護送靜音至情報部進行查實，自己則召喚活蝓進行全村治療。然而眾人前腳剛走，段藏伺機下手殺死聯絡青蛙以不讓鳴人參與戰鬥。而培因的強襲已勢不可擋，協助村民避難的伊魯卡險些被培因天道殺死，直到卡卡西及時現身攔下他。

卡卡西發現任何攻擊在培因天道面前都無所遁形，察覺到他身邊不但被某種斥力保護，還能以自身為引力奇點發動「萬象天引」，將周圍的人或物體吸附過去。而修羅道同時現身形成一對二局面，險險避開一擊的卡卡西伴隨丁次父子共同作戰。天道僅憑一發「神羅天征」當場彈飛周圍的援軍與攻擊，卡卡西觀察到天道發動術需有五秒的緩衝間隔，三人瞄準此空檔發動奇襲，但即將消滅天道時卻不幸被修羅道擋下。偷襲失敗的卡卡西雖然用萬花筒空間瞳術躲過培因的致命一擊，但被迫耗盡枯竭的查克拉、最後一次使用空間瞳術掩護丁次逃跑，也因此順利為綱手傳達天道的情報。使命完成的卡卡西力竭而死，在來世中看到湊、帶土及凜的身影，直到最後與亡父佐久茂重聚。

正當綱手全力靠百毫之印查克拉供給村民，聯合所有忍者捍衛村子時，段藏卻率領全體根成員躲入地下，袖手旁觀的同時還抱著趁火打劫的念頭。情報部中的山中亥一深度挖掘出雨忍俘虜的一段關於培因情報的回憶，內容顯示他曾與搭檔共同將一具女性遺體搬到雨忍者村的最高塔，亦是培因的總部。然而還沒看完，畜生道召喚多隻通靈獸攻入情報部，而亥一一眼認出畜生道的樣貌跟回憶中的女性遺體一致。為了結合現有的情報，亥一、井野與趕到的靜音先行一步，留下伊比喜率領暗部爭取時間。伊比喜將畜生道關入通靈拷問屋，但接觸後發現畜生道冰冷的身體猶如一具被操縱的屍體。而畜生道迅速掙脫束縛，繼續召喚大量通靈獸肆意破壞，短時間內使木葉滿目瘡痍。

身在受災中心的木葉丸、萌黃與烏冬分頭疏散村民，而木葉丸偷看到培因地獄道正在搜索鳴人下落，目睹兩名中忍無力招架而被地獄道靠「冥府之王」拔舌殺害。當木葉丸不慎暴露行蹤時，惠比壽出面幫木葉丸爭取時間逃跑，但眼看惠比壽不敵對方，使木葉丸想起鳴人長期對自己的諄諄教導而下定決心。靠自己秘密從鳴人身上學會的影分身以及螺旋丸，木葉丸成功打地獄道一個措手不及，擊敗敵人的同時還成功營救惠比壽。在妙木山，鳴人的仙術修煉不巧在最後階段中陷入瓶頸，源於鳴人體內的九尾不讓他與深作融合，迫使鳴人努力想出邊戰鬥、邊汲取自然能量的新方法。當深作表示猶如一個人「無法同時看左右兩邊」而行不通時，讓鳴人終於想出屬於他自己的妙計。

隨著油女一族與犬冢一族等援軍相繼趕回，使木葉得到喘息時間，而培因天道來到火影府質問知情鳴人下落的綱手。當綱手怒斥培因與曉是為私益而濫殺無辜的「恐怖分子」時，培因的神情開始露出殺氣騰騰的憤怒。這時，人間道抓獲靜音後從其腦中獲知鳴人身在妙木山，抽走靜音的靈魂後集體靠畜生道的通靈術撤退，唯一留下的天道決定對掀起歷次忍界大戰、卻仍張口自詡「維繫和平」的木葉給予神的制裁。天道緩緩升上半空、喃喃自語地說著：「不體會痛楚的人，不會理解真正的和平！」，不惜消耗壽命集中力量發動最大範圍的神羅天征，使木葉村霎那間夷為平地。絕望之際，學成仙術的鳴人和深作及時獲知木葉存亡危機，藉由剛到木葉的志麻發動通靈術，伴隨眾蝦蟆軍團歸來。

大部分村民在村子毀滅時受到活蝓保護，加上靠綱手發動「創造再生」而倖免於難。然而代價是綱手靠陰封印積攢的查克拉瞬間耗盡，但還是衝在最前方給予歸來的鳴人一臂之力。正當不久前被地獄道復甦的修羅道衝向綱手時，早已進入完美仙人模式的鳴人憤怒一拳打爛修羅道。鳴人不希望有人干預這場戰鬥，綱手將記錄培因所有情報的小活蝓塞給鳴人，最後被蝦蟆吉接上去後進入衰老及昏迷狀態。而實力已超越先輩的鳴人毫無保留地攻向培因六道，靠活蝓的情報迅速找出各個培因的應對方法。正在等力量恢復的天道訴說自己也身為自來也的弟子、亦是鳴人的師兄，對此不解的鳴人憤怒地準備自己偷偷煉成的螺旋手裡劍，一心只想殺死他為死去師父與同伴報仇。

鳴人成功將螺旋手裡劍投擲至前方，擴增攻擊範圍殺死人間道，然而仙人模式持續的五分鐘即將到頭，鳴人趕在力量消退之際藉由蝦蟆軍團的掩護殺死畜生道。為了重回仙人模式，鳴人靠卷軸召喚自己留在妙木山吸收自然能量的兩個影分身其一，以「搬救兵」形式為仙人模式充能。鳴人再次用螺旋手裡劍攻向培因，但剛被鳴人打倒的餓鬼道再次被地獄道復甦後重回戰場，當場吸收掉螺旋手裡劍。鳴人決定就此斷對方的後路，用出其不意的戰術繞到後方殺死地獄道。但就在鳴人勝利在望時，天道正好恢復力量，不但防住鳴人的最後一發螺旋手裡劍，還一發神羅天征當場震飛蝦蟆軍團。隨著戰局瞬間逆轉，力量不多的鳴人再度處於一對二的劣勢。

培因意圖靠餓鬼道吸走鳴人的仙術查克拉，而鳴人靈機一動誘使餓鬼道吸收過多自然能量而淪為青蛙且石化。但天道卻將正要配合施展蝦蟆臨唱幻術的深作吸附過去刺死，沒來得及救他的鳴人被天道用黑棒釘死雙手、動彈不得。面對鳴人的怒罵，培因訴說自己的「暴行」源於家鄉雨忍者村歷年來淪為火、風、土三國的戰場而千瘡百孔，造成自己與同村難民受盡凌虐、家破人亡，總結戰爭只會給受害者帶來永無止境、聯繫雙方的「憎恨」。隨著鳴人不知如何看待憎恨而啞口無言，培因表示唯一的方法是靠自己即將完成的尾獸兵器，藉以靠恐懼來抑制戰爭形成永久和平。而同時，身為培因本體的長門藏身在小南的紙樹中，身處大型機關上遠程發送信號操縱培因完成使命。

鳴人因雛田「之死」而失去理智，直接九尾化進入四尾狀態暴走，培因看到鳴人瘋狂地想毀滅一切而不由得振奮起來，全力以赴與鳴人周旋。然而隨著鳴人又多出兩條尾巴、長出骨骼、甚至親手捏碎身上的封印術式項鏈，便開始以壓倒性的力量重創天道。由於神羅天征無法抗衡，長門操縱天道遠離木葉靠近本體後，施展傳說中的六道仙人曾用來製造月亮的輪迴眼封印術「地爆天星」，拋出一顆引力奇點吸附崩壞的大地形成一顆小星球困住鳴人。內心世界中的鳴人頭腦一片空白，開始被九尾誘惑而幾近撕下封印解放牠；當時在外陪祭與紅豆執行任務的大和意識到不妙而火速趕回，然而最終獲知鳴人已達到第九條尾巴。在這至暗時刻，已故第四代火影突然現身阻止鳴人。

第四代火影·波風湊對兒子鳴人解釋自己封印九尾時，曾將自己一小部分查克拉輸入鳴人體內以防封印破解。首次見到父親而歡喜的鳴人，卻也斥責湊將九尾封印在自己身上而導致痛苦的一生，更是導致敵人因抓他而毀滅村子。湊表示造就培因的根源是這座混亂無序的忍者世界，同時希望鳴人有朝一日能控制住九尾力量去對付十六年前引發九尾之亂的「幕後黑手」；亦是曉的「面具男」。湊相信兒子鳴人一定能找到和平的答案，消失前最後一次幫他修復封印。回到現實的鳴人停止九尾化且脫離地爆天星，趕在自己最後的仙人模式耗盡之際，用影分身合力扛下天道的神羅天征後，瞄準五秒間隙全力以螺旋丸將天道徹底擊敗，最後拔下天道身上的查克拉信號黑棒，精確找到本體的所在位置。

趕回村子的凱班及時營救重傷卻倖存的雛田，讓她在小櫻的全力救治下平安清醒，而眾人同時被活蝓傳達鳴人勝利以及即將去找培因本體的消息。而鳴人前去路上遇到同樣破解培因身份謎團而全力尋找的鹿角和亥一，表示自己要去找培因進行面對面交談，即使受到亥一的反對、但鹿角決定像兒子鹿丸一樣相信鳴人。而鳴人最終找到本體藏身的紙樹，會見自己的師兄姐長門和小南。見到殺死師父、老師及大量同伴的仇人使鳴人一度控制不住憤怒，抵抗長門的查克拉控制後一拳衝上去，但最終回憶起師父自來也以及父親湊說過的忠言而克制住憎恨，決定問出與自己同身為自來也弟子的他們淪為如此的起因。長門被鳴人的舉動所折服，決定跟他分享自己的故事。

早在中忍考試期間，因首次成功施展通靈之術而住院的鳴人，出院後偶然加入其它同期下忍的尋寶之旅，寶藏被稱為第四代火影之遺產，即使旅程一路上充滿艱辛，加上鳴人衝動行事導致眾人遭遇各種危險。

而當眾下忍最終找到寶物所在時，卻遭到十五名雨忍考生意圖捷足先登，所幸正在修煉千鳥的佐助前來援助。然而寶物卷軸上僅僅只寫上「成為忍者沒有捷徑可言」，而整場尋寶之旅甚至是凱一手安排，以測試鳴人一行下忍的實力，而最後只有鳴人領會卷軸的意義。

年幼的長門陪父母生活在戰亂的雨忍者村中，恰逢第二次忍界大戰爆發，父母在他面前被幾名闖入家中的木葉忍者錯認成敵人所殺，導致自己首次展現輪迴眼力量殺死對方。一夜之間成為孤兒的長門埋葬父母後獨自流浪，食物耗盡又乞討不到的情況下幾近餓死在路上，直到同為戰爭孤兒的彌彥和小南給他食物救下他。長門就此跟他們相依為命，陪伴他們四處偷食物謀生，有夢想與志氣的彌彥一心想靠「武力」改變這座戰火連天的國家，然而卻沒有改變現狀的力量。直到三人共同目睹木葉三忍與山椒魚半藏的一戰，彌彥認為跟木葉三忍學習忍術便足以得到力量，三人達成共識、經歷千辛萬苦來到三忍面前求學，乃至陪伴自來也朝夕相處三年。

長門三人從自來也身上學成本事，長大後一改曾經的想法，意圖靠和平的方式互相理解而停止戰爭。憑藉可靠的實力與美好的願景，三人相繼招募其他擁有相同想法的追隨者，正式成立最初的曉組織。然而隨著曉名聲四起而迅速引起半藏的警覺，生性多疑的半藏擔心曉的壯大會威脅自身，不惜與率領木葉暗部的段藏共謀設下陷阱，使彌彥一行人輕易上鉤。面對小南被半藏挾持，彌彥決定犧牲自己換小南一命，乃至奔向手持苦無、不知所措的長門而自盡。再次目睹「家人」之死使長門在悲憤之下爆發輪迴眼力量，召喚出外道魔像並供給自己的查克拉，救出小南、殺出重圍並迫使半藏瞬身敗逃。長門在戰鬥中被燒傷雙腿，並因供給查克拉而骨瘦如柴，從此踏上遠離理想的不歸路。

鳴人聽完長門的悲慘起因後有所理解，表示自己還不知道如何成就和平，隨後重複著自來也《堅毅忍傳》小說中的原台詞：「只要和平真的存在，我就會緊緊抓住，並且決不放棄！」長門一下認出這句話是曾經的自己對自來也做出的回答，後被自來也寫進這本小說作為主人公「鳴人」的重要台詞。即使長門最後仍對和平抱有質疑，直到發現鳴人經歷完與自己一樣的痛楚卻屹立不倒。鳴人的答案讓長門重新看到曙光，同時懊悔自己與理想漸行漸遠，就此決定相信鳴人的同時，決定對自己的錯誤行徑贖罪，最後毫不猶豫地耗盡餘力發動「外道·輪迴天生之術」。在妙木山，大蝦蟆仙人靠水晶球觀察兩名「預言之子」鳴人和長門的交匯，驚歎道自來也寫的小說變成拯救世界的關鍵。

隨著長門發動輪迴天生之術，木葉村中戰死的忍者們開始一個接一個復活，其中包括在來世與亡父達成理解、撫平遺憾的卡卡西，伴隨著深作、靜音等其他死難者一併清醒。此舉使長門耗盡生命，臨終之際將使命交託給師弟鳴人。小南將長門與改造成天道的彌彥的遺體帶回雨忍者村安葬，走前表示自己會脫離曉、並為鳴人造出一束紙花以支持鳴人的理想。鳴人在森林中為師父自來也造一座墓，並留下紙花與忍傳以示紀念，折返回村期間幾近累到的他被卡卡西背回村子。鳴人剛一回去就受到全體村民的熱烈迎接，以及同伴們的擁抱與鼓舞，經此一役正式成為「木葉的英雄」。群眾中的伊魯卡欣慰現在的鳴人實現第四代火影的遺願，最後伴隨村民集體高舉鳴人歡呼。