Os irmãos Elric participam numa caça ao homem em perseguição do perigoso Isaac, um antigo alquimista do estado, apostado em derrubar o King Bradley.

Edward e Alphonse são atacados por Scar, um misterioso e incrivelmente poderoso assassino procurado por uma vaga de sangrentos e horríveis assassinatos.

Os irmãos Elric conhecem Dr. Marcoh, um alquimista do estado que foge de erros do passado e que tem informação que pode colocar a Pedra Filosofal mais perto deles.

Após descobrir o terrível ingrediente que compõe uma Pedra Filosofal, os irmãos Elric investigam um laboratório secreto à procura de mais factos.

Quando Al se irrita ao pensar que toda a sua existência pode ter sido simplesmente criada pelo seu irmão, apenas Winry pode convencê-lo do quão errado está.

Quando a conspiração que rodeia a Pedra Filosofal envolve as mais altas patentes militares, um dos aliados mais leais de Mustang é assassinado.

Numa disputa com Greed, King Bradley prova ser um adversário brutal. Mas o homem que destrói o Ultimate Shield é mais poderoso até do que o Bradley.

Envy infiltrou-se entre os alquimistas do estado, e outro homúnculo está prestes a infiltrar-se nas suas fileiras.

Até mesmo os mais leais ao alquimista do fogo ficam chocados com a dramática e polémica atitude tomada por ele contra o assassino acusado da morte de Maes Hughes.

A viajem de Ed até uma terra distante oferece detalhes surpreendentes acerca do encontro de Mustang com Ross. Elric descobre um segredo acerca dos pais de Winry.

Ed e Al elaboram uma perigosa estratégia para atrair os homúnculos para fora do seu covil. O primeiro passo é arriscar a morte às mãos do seu mais perigoso inimigo, Scar.

Se os irmãos derem um passo em falso, aqueles de quem mais gostam sofrerão às mãos de Bradley. Mas talvez não seja sequer preciso encontrar a Pedra Filosofal...

Um encontro secreto permite a Mustang espicaçar a ambição de um velho amigo, um aliado com tropas ao seu dispor. Entretanto, Ed e Al conhecem o seu maior fã.

No norte gelado, os soldados da Muralha de Briggs enfrentam um exército de invasores, e Marcoh lidera um ataque contra a monstruosa Envy.

Avisos sussurrados espalham-se pelos quatros cantos do mundo: o Dia Prometido está para breve.

Mustang lidera uma desorganizada força de assalto composta por tropas do norte contra as defesas de Central e dá as boas-vindas a rostos do passado.

O grupo de Ed enfrenta uma horda de manequins devoradores, abominações que escondem almas humanas.

Com uma Pedra Filosofal na sua posse, Alphonse enfrenta Pride e Kimblee.

Edward desvenda o plano de Envy para semear a discórdia dentro do grupo. O rumo da batalha entre os Armstrong e Sloth começa finalmente a mudar.

Quando uma batalha termina, outra começa. Assim que alcançam a vitória, Hohenheim e o Pai lutam pela posse da Pedra Filosofal.

Um confronto mortífero entre Bradley e Fu tem lugar. O grupo de Edward encontra o médico que criou Bradley, e deparam-se com um novo desafio.

Ling chama para si todo o poder de Greed para destruir o inimigo que se aproxima. O grupo de Edward encontra Hohenheim e é apanhado numa armadilha.

Um eclipse traz esperança às almas de Amestris, enquanto Hohenheim revela o seu grande plano. Edward enfrenta Pride pela última vez.

Edward, Armstrong e Izumi encontram uma forma de sabotar os demolidores ataques do Pai. Alphonse faz um sacrifício para ajudar Edward.

Após um confronto final com o Pai, Edward retribui o sacrifício de Alphonse com outro. Hohenheim está finalmente em paz.