Os irmãos Elric participam numa caça ao homem em perseguição do perigoso Isaac, um antigo alquimista do estado, apostado em derrubar o King Bradley.

Um vislumbre do passado revela a dor e o desespero que levaram os irmãos Elric a infringir a maior proibição da alquimia: a transmutação humana.

A ciência e a fé entram em rota de colisão quando os irmãos Elric confrontam o padre Cornello, que pode estar a abusar da Pedra Filosofal para manipular o seu rebanho.

Os irmãos Elric conhecem Shou Tucker, que tem muito para ensinar a Ed e Al sobre a alquimia, incluindo a terrível crueldade que por vezes a acompanha.

Edward e Alphonse são atacados por Scar, um misterioso e incrivelmente poderoso assassino procurado por uma vaga de sangrentos e horríveis assassinatos.

Os irmãos Elric conhecem Dr. Marcoh, um alquimista do estado que foge de erros do passado e que tem informação que pode colocar a Pedra Filosofal mais perto deles.

Após descobrir o terrível ingrediente que compõe uma Pedra Filosofal, os irmãos Elric investigam um laboratório secreto à procura de mais factos.

Ed e Al enfrentam os psicóticos guardas do Quinto Laboratório. No caos da batalha, a verdade por detrás da Pedra Filosofal fica enterrada nos escombros.

Quando Al se irrita ao pensar que toda a sua existência pode ter sido simplesmente criada pelo seu irmão, apenas Winry pode convencê-lo do quão errado está.

Quando a conspiração que rodeia a Pedra Filosofal envolve as mais altas patentes militares, um dos aliados mais leais de Mustang é assassinado.

Os irmãos Elric, percebendo que a alquimia ainda está longe de revelar os mistérios da origem da vida, sentem-se impotentes quando uma amiga entra em trabalho de parto.

Ao visitar Izumi, a sua professora de infância, os irmãos Elric relembram as dificuldades que encontraram ao assimilar o conceito da "troca equivalente".

Quando Al é raptado por quimeras e a tentativa de resgate de Ed falha, Izumi prova uma vez mais o quão preocupada está com o bem-estar dos dois irmãos.

Numa disputa com Greed, King Bradley prova ser um adversário brutal. Mas o homem que destrói o Ultimate Shield é mais poderoso até do que o Bradley.

Os irmãos Elric enfrentam Ling Yao e os seus assistentes, Lan Fan and Fu, visitantes de Xing e também eles à procura da Pedra Filosofal.

Envy infiltrou-se entre os alquimistas do estado, e outro homúnculo está prestes a infiltrar-se nas suas fileiras.

Até mesmo os mais leais ao alquimista do fogo ficam chocados com a dramática e polémica atitude tomada por ele contra o assassino acusado da morte de Maes Hughes.

A viajem de Ed até uma terra distante oferece detalhes surpreendentes acerca do encontro de Mustang com Ross. Elric descobre um segredo acerca dos pais de Winry.

Mustang, Alphonse, Havoc e Hawkeye dividem-se para investigar um laboratório militar. Se Lust levar a dela avante, nenhum deles sobrevirá.

A visita de Hohenheim termina com um sério aviso a Pinako, mas entre as ruínas da sua infância Ed renova a esperança de que Al possa reencontrar o seu corpo.

Ed e Al elaboram uma perigosa estratégia para atrair os homúnculos para fora do seu covil. O primeiro passo é arriscar a morte às mãos do seu mais perigoso inimigo, Scar.

Ao descobrir o papel que Scar teve na morte dos seus pais, Winry sente-se possuída pela mesma sede de sangue que se apoderou de Scar.

A colaboração entre os grupos de Mustang e de Ling Yao leva à captura de um homúnculo, mas também chama a atenção de um espião homúnculo infiltrado.

Os distorcidos poderes de Gluttony levam a melhor sobre os irmãos Elric. Entretanto, Mustang decide agir com base nas suas suspeitas sobre Bradley e fica em perigo.

Ed e Ling têm de enfrentar a terrível e grotesca expansão da barriga de Gluttony. Na Central, Mustang apenas pode observar enquanto Bradley divide os seus soldados.

Verdades alarmantes são reveladas quando Al encontra aquele a quem chamam de Pai, e Ed quebra novamente a regra mais importante da alquimia.

Visões do passado multiplicam-se enquanto Hohenheim reflete sobre os erros dos homens: a dor que advém da família, as verdades da alquimia e a origem da guerra.

Os irmãos Elric enfrentam o Pai. Ed e Al assistem, impotentes, enquanto o Pai cria um novo homúnculo com a alquimia, algo que deveria ser impossível de fazer.

Enquanto Edward ouve a história de Hawkeye sobre um tempo antigo em que jovens soldados cometeram genocídio, os horrores do campo de batalha de Ishval são revelados.

Mesmo com os seus subordinados espalhados, Mustang descobre que ainda tem aliados. Infelizmente, os seus inimigos também. Os homúnculos revelam um novo assassino.

Um encontro secreto permite a Mustang espicaçar a ambição de um velho amigo, um aliado com tropas ao seu dispor. Entretanto, Ed e Al conhecem o seu maior fã.

Os territórios do norte tornam-se um campo de batalha quando Kimblee se aproxima de Scar. Ed e Al enfrentam os elementos enquanto tentam alcançar a Muralha de Briggs.

Os soldados em Fort Briggs permanecem vigilantes contra a ameaça dos espiões. O complexo parece impenetrável... mas um violento intruso prova o oposto.

Ed desvenda uma conspiração de proporções inimagináveis: um plano que já ceifou inúmeras vidas. As pistas sugerem que a carnificina também chegará a Fort Briggs.

Enquanto Raven tenta corromper Armstrong, Ed e Al aguardam na sua cela, como o seu pai, que também enfrentou o cativeiro e, para escapar à dor, se despediu para sempre.

Hawkeye fica chocada quando o primeiro homúnculo se revela. Kimblee faz uma oferta a Edward, mas com uma condição: este tem de tornar-se um assassino em massa.

Quando Scar é encurralado por quimeras, os irmãos Elric tornam-se seus aliados improváveis. Mais tarde, Winry tenta confrontar Scar, mas o combate termina em tragédia.

O rapto de Winry por Scar é revelado, mas ainda não há um plano de resgate. Uma tempestade brutal aproxima-se e apenas Alphonse Elric conseguirá sobreviver a ela.

Há muito tempo, o sangue de um simples escravo foi usado numa experiência que criou um estranho ser disforme.

Unidos por mais do que apenas o sangue, os irmãos Elric partilharam a alegria e a dor. Agora, o elo místico que une as suas almas ameaça tornar-se fatal.

Os esforços de May e Marcoh para descodificar a investigação do irmão de Scar dão resultados, mas pode ser tarde demais para impedir a catástrofe.

No norte gelado, os soldados da Muralha de Briggs enfrentam um exército de invasores, e Marcoh lidera um ataque contra a monstruosa Envy.

Hohenheim e Alphonse têm uma rara oportunidade de passar algum tempo juntos. O seu elo é restaurado com facilidade, e o pai partilha os seus segredos com os filhos.

Avisos sussurrados espalham-se pelos quatros cantos do mundo: o Dia Prometido está para breve.

O plano dos conspiradores para assumir o controlo de uma nação é revelado. O caos instala-se após um assassino pôr termo à vida de um importante líder.

Uma voz sinistra ecoa a partir do interior da armadura de Al, e Ed e Greed são subitamente atacados.

Após investigar as distorcidas raízes da árvore genealógica da família Bradley, Mustang reúne as suas tropas mais leais.

Com a ajuda do seu pai, Al adota medidas incríveis para conter o monstruoso Pride.

Mustang lidera uma desorganizada força de assalto composta por tropas do norte contra as defesas de Central e dá as boas-vindas a rostos do passado.

O grupo de Ed enfrenta uma horda de manequins devoradores, abominações que escondem almas humanas.

Com uma Pedra Filosofal na sua posse, Alphonse enfrenta Pride e Kimblee.

Um rumor acerca de um alegado golpe de estado ajuda os rebeldes, enquanto May alicia Envy para uma armadilha que leva a um confronto com Mustang.

Edward desvenda o plano de Envy para semear a discórdia dentro do grupo. O rumo da batalha entre os Armstrong e Sloth começa finalmente a mudar.

Quando uma batalha termina, outra começa. Assim que alcançam a vitória, Hohenheim e o Pai lutam pela posse da Pedra Filosofal.

O Pai elabora um plano de fuga enquanto Bradley enfrenta poderosos adversários no seu ataque ao Quartel General do Comando Central.

Um confronto mortífero entre Bradley e Fu tem lugar. O grupo de Edward encontra o médico que criou Bradley, e deparam-se com um novo desafio.

Ling chama para si todo o poder de Greed para destruir o inimigo que se aproxima. O grupo de Edward encontra Hohenheim e é apanhado numa armadilha.

A situação fica cada vez pior quando Edward, Alphonse, Hohenheim, Izumi e Mustang aguardam o seu destino final no covil do Pai.

O Pai executa o seu plano, absorvendo todas as almas em Amestris, permitindo-lhe assim abrir os portões do céu e o Olho de Deus.

Um eclipse traz esperança às almas de Amestris, enquanto Hohenheim revela o seu grande plano. Edward enfrenta Pride pela última vez.

Edward, Armstrong e Izumi encontram uma forma de sabotar os demolidores ataques do Pai. Alphonse faz um sacrifício para ajudar Edward.

Após um confronto final com o Pai, Edward retribui o sacrifício de Alphonse com outro. Hohenheim está finalmente em paz.

Os irmãos Elric regressam a Resembool para enfrentar um novo futuro. Edward e Winry finalmente exprimem o que realmente sentem um pelo outro.