Alison DiLaurentis, Aria Montgomery, Emily Fields, Hanna Marin et Spencer Hastings sont cinq amies très soudées. Lors d'une petite soirée entre amies, la leader de la bande, Alison, disparaît. Dès lors, le groupe se dissout.

Un an plus tard, les quatre filles essaient toujours de refaire leur vie chacune de leur côté, mais commenceront à recevoir des messages douteux d'une certaine "A" qui menace de révéler leurs secrets - y compris ceux qu'elles n'ont partagé qu'avec une seule personne : Alison.

Qui est Jenna ? Pourquoi les filles ont si peur d'elle ? Y a-t-il un lien entre elle et la disparition d'Alison ? Beaucoup de questions pour lesquelles les filles ont promis de garder le secret, mais pour combien de temps, car l'inspecteur Wilden veille au grain. Ce secret, ce n'est pas le seul qu'elles cachent et elles s'enlisent petit à petit dans leurs secrets respectifs.

Sur conseil de la mère d'Emily, les quatre filles essayent de rendre hommage à leur amie disparue, mais sont confrontées chacune de leur côté à des problèmes beaucoup plus préoccupants. Alors qu'Aria fait la connaissance de l'ancienne maîtresse de son père, Emily a du mal à gérer son couple et doit faire face à un Toby Cavanaugh de plus en plus présent dans sa vie. De leur côté, Hanna a également des difficultés à concilier problèmes de couple et persécutions de l'inspecteur, et rien ne va plus entre Spencer et sa sœur.

C'en est trop pour nos quatre jeunes filles qui ne supportent plus ces incessants messages de "A". Elles décident donc de bloquer tous les messages dont le destinataire est inconnu. Les filles pourront-elles enfin reprendre le cours de leur vie déjà assez compliquées ?

Les filles pensaient être débarrassées de "A" en bloquant ses messages ? Et bien, non, et "A" a bien l'intention de leur faire payer cet affront. Entre Toby et Emilie, une nouvelle amitié naît. Mais cette dernière n'assume pas devant ses amies. Hanna reçoit un mail de A qui lui envoie la photo où on voit Emilie et Maya s'embrasser. Elle qui travaille au cabinet de dentiste de la mère de Sean, aperçoit Jenna, avec le même rouge à lèvres qu'Alison, aller à un rendez-vous avec un psychiatre. Spencer gagne le concours de littérature avec la dissertation volée. Au club de tennis, elle rencontre Alex et l'invite à sortir. Du côté d'Aria, tout allait bien jusqu'à ce qu'elle reçoive un message de A annonçant la liaison avec son professeur. Ezra le lit malheureusement et se dispute avec Aria.

Lors du bal de rentrée, beaucoup de problèmes arriveront à nos quatre amies de Rosewood, Aria aura du mal à faire le deuil de sa relation avec Ezra Fitz, Spencer fait face aux mauvaises farces de sa sœur qui a bien envie de se venger, et Emily qui a accepté l'invitation de Toby, doit bien faire face aux conséquences de son acte. Une vraie course !

L’après bal du lycée est désastreux, les filles essaient de s’en remettre. Hanna avoue à Emilie un secret dont elle est au courant. Spencer et Hanna se disputent. Les filles cherchent à effacer les traces d'une grosse information sur Toby. La tension monte petit à petit dans la maison familiale de Aria. Alors que « A » envoie un message à propos de Toby.

Après beaucoup de préparatifs, le jour du mémorial d’Alison arrive et les filles sont prêtes à dire au revoir. Mais quand le frère d’Alison, Jason, arrive en ville, Aria, Spencer, Emily et Hanna apprennent très vite que faire ses adieux est la dernière chose de prévue. Alors que Jason se met aux commandes, et que le détective Wilden revient, les filles pourront-elles faire se dérouler le mémorial d’Alison dans le calme et de façon positive comme elles l’espéraient ? Pendant ce temps, Hanna est forcée de faire face à une situation de famille qui pourrait anéantir sa réputation de « It girl » au lycée.

Un jour d'examens est suspendu alors qu’une violente tempête frappe Rosewood. Mais, au lieu de profiter de l’ajournement des tests, les filles sont coincées à l’école et doivent faire face aux problèmes qui les suivent partout. Chaque fille se retrouve au milieu d’une situation intense que ça soit entre amis, un potentiel intérêt amoureux, un petit ami et un parent, ou entre le passé et le présent. Les filles finiront la journée pensant qu’une journée de test aurait été beaucoup mieux que cette journée de tempête.

Pendant ce temps, Byron se tourne vers Ashley pour quelques conseils vis-à-vis de ses enfants tandis que sa relation avec Ella empire.

Quand la découverte d’une nouvelle pièce à conviction sur la disparition d’Alison entraîne l’arrivée du FBI en ville, la dernière chose que les filles veulent est d’aller « glamper » (camping glamour) pour la fête d’anniversaire de Mona. Mais lorsqu’elles reçoivent un texto qui insinue que -A sera de la partie, Spencer pense que c’est leur chance de mettre un terme à toutes ses menaces. Une fois à Camp Mona, ni la manucure ni la pédicure n'arrivent à changer les idées aux filles quand la soirée prend une tournure dangereuse.

En attendant, la situation financière des Marin pousse Ashley, la mère d'Hanna, au fond du gouffre.

Après l'accident d'Hanna, les menteuses sont obligées de tout se raconter. Aria confesse donc sa relation avec Ezra et redoute que Noël ne les dénonce. De son côté, Emily, qui vient de retrouver son père, fait son coming-out auprès de ses parents. Spencer, elle, doit faire face aux nouvelles que sa sœur et Ian lui annoncent, alors qu'elle vient de découvrir des choses lui faisant croire qu'il pourrait être -A...

Hanna peut sortir de l'hôpital mais doit rester en fauteuil roulant. Les filles tentent de la distraire, celle-ci étant hantée par "A". Emily espère que l'arrivée de Maya au cours du repas familial dissipera les appréhensions de ses parents. De son côté, Spencer est encore sous le choc de la nouvelle concernant Melissa, jusqu'à ce qu'un évènement inattendu intervienne dans sa relation avec Alex.

Alors que le lycée de Rosewood se prépare à une fête mémorable, rien ne s'arrange pour le quatuor de menteuses, qui essaie de récolter des fonds pour leur voyage scolaire à Washington. Emily se tourne vers Caleb, un nouvel étudiant à Rosewood, pour l'aider à parler à Maya, désespérée de ne pouvoir lui parler. Spencer a de plus en plus de mal à cohabiter avec son beau-frère, Ian. Aria est confrontée au retour de son ancienne baby-sitter, Simone, qui va jeter son dévolu sur le beau professeur. Et Hanna peine à trouver du travail pour aider sa mère en pleine crise financière. Mais Hanna se verra proposer un travail par "A", qu'elle ne pourra sûrement pas refuser… Ezra avoue ses sentiments à Aria.

Les filles essaient de retrouver le chemin de la normalité mais même les tâches les plus simples comme les rendez-vous et les activités extra-scolaires deviennent compliquées. Emily doit faire face à une coéquipière jalouse qui est menacée par le retour à la piscine d'Emily. Aria et Ezra préparent leur premier rendez-vous en public. Hanna est toujours coincée à jouer le petit jeu de "A" mais le prochain obstacle pourrait bien avoir des complications pour une autre petite menteuse. Avec « A » tirant les ficelles et aggravant les choses, est-ce que les filles vont pouvoir traverser la tempête et trouver leur chemin pour en sortir ou vont-elles devoir faire face à des vérités terribles ? Parallèlement, Spencer se tourne vers le frère d'Alison, Jason, pour obtenir des informations sur la nuit où elle pense qu'Alison est morte. Mais elle devra faire face à une partie de son passé désagréable avec Alison.

Après son rendez-vous en public avec Ezra, Aria est paranoïaque et pense que sa mère a pu la voir. Spencer tente de se renseigner sur ce que sait Toby, pendant qu'Emily a des problèmes avec une des filles de son équipe de natation.

Les menteuses et Toby unissent leurs forces pour en savoir plus sur "A", et c'est l'occasion pour Spencer et lui de se rapprocher. De son côté, la mère d'Hanna reçoit une visite pour le moins inattendue à la banque. Le père d'Aria rencontre Ezra, et c'est l'occasion pour eux de discuter. Caleb cohabite en secret avec Hanna, et Emily doit faire face au comportement très étrange de Paige...

M. Fitz organise une pièce de théâtre, et c'est l'occasion pour les quatre filles de se détendre un peu en y participant. Hanna, de son côté, a de plus en plus de mal à cacher Caleb, et officialise sa relation avec lui. Spencer, elle, a toujours du mal à accepter la situation de Ian et Mélissa, et continue de se rapprocher de Toby. Cependant, les tentatives des menteuses pour prouver la culpabilité de Ian restent infructueuses.

Après avoir faussement accusé Ian, les menteuses sont interrogées par la police. Hanna continue de voir Caleb, et passe à un niveau supérieur avec lui. Spencer et Toby s'embrassent pour la premiere fois. Emily n'aime pas la tournure que sa relation avec Paige prend ; Aria, de son côté, hésite à tout révéler à Ezra pour l'accident de Jenna. Spencer, elle, apprend la raison pour laquelle Ian était à Hilton Head, et devient suspecte du meurtre d'Alison...

Pendant qu'Hanna découvre que Caleb n'est pas celui qu'elle croyait, Emily encourage Paige à s'accepter comme elle est. Aria, elle, provoque sans le vouloir une nouvelle séparation entre ses parents, tandis que l'étau se resserre pour Spencer...

Alors que la fête foraine se prépare, tout le monde a un secret à cacher. Ezra, lui, n'a pas dit à Aria qu'il avait failli épouser une femme du nom de Jackie ; Emily, pour sa part, est le secret de Paige et cela la fatigue. Spencer ne peut s'empêcher d'être de plus en plus suspicieuse envers Ian et son séjour à Hilton Head, tandis que Caleb part pour l'Arizona, au grand désespoir de Hanna. De plus, les menteuses découvrent un nouvel indice, que Alison avait confié à Emily, et qui leur apprend bien des choses...

Après avoir trouvé l'indice que Alison leur avait laissé, les menteuses jouent le tout pour le tout pour prouver la culpabilité de Ian, mais cela ne se passera pas comme elles le veulent, avec A dans les parages...