Der 16-jährige Kamui kommt nach sechs Jahren wieder nach Tokyo zurück um das heilige Schwert finden. Seine alten Freunde erkennen ihn fast nicht wieder, irgendetwas scheint mit ihm nicht zu stimmen.

Zwischen Kamui und einem Diener Hinotos kommt es zu einem brutalen Kampf. Kamui wird dabei so schwer verletzt, dass er in seiner Wohnung bewusstlos zusammenbricht.

Kamui ist vom letzten Kampf noch schwer angeschlagen. Der Himmelsdrache Sorata versucht ihm verständlich zu machen, dass er über besondere Kräfte verfügt die er im Kampf um das Überleben der Menschheit einsetzen muss

Kamui erfährt, dass sich seine Mutter für ihn geopfert hat damit er in den Besitz des heiligen Schwertes kommen kann. Zusammen mit dem Mönch und einem der sieben Siegel macht sich Kamui auf den Weg zu Prinzessin Hinoto um mehr über seine Mutter zu erfahren.

Kamui wird das Schicksal der Welt offenbart: Er hat die Wahl sich den Himmelsdrachen anzuschließen und somit die Erde zu retten, oder aber er schließt sich den Erddrachen an, was den Untergang der Welt zur Folge hätte.

Fuma und Kotori machen sich Sorgen um ihren schwer verletzten Vater. Fuma übernimmt die Nachtwache und schickt Kotori nach Hause. Während des Basketballspiels am nächsten Tag erfährt Kamui mehr aus Soratas Vergangenheit.

Satsuki, ein Mitglied der Erddrachen, wird von Schatten ihrer Vergangenheit verfolgt. Vor dem Tod ihres Vaters musste sie in einem Labor an zahlreichen Experimenten teilnehmen. Fast zu spät wird sie von Prinzessin Hinoto über ihr Schicksal aufgeklärt.

Kotoris und Fumas Vater liegt im Sterben. Er kann Fuma jedoch noch mitteilen, dass er Kamuis Zwillingsstern ist. Während Fuma versucht zu verstehen was damit gemeint ist, erhält Kamui einen Brief mit wichtigem Inhalt.

Sorata und Arashi bekommen den Auftrag die anderen Himmelsdrachen zu finden. Sie treffen auf den Drachen Subaru, dem Führer des Sumeragi-Clans, der von quälenden Erinnerungen aus seiner Vergangenheit leidet.

Yusuriha trifft erneut auf den mysteriösen Mann der die Fähigkeit hat Yusurihas Geisterhund Inuki zu sehen. Sie erzählt ihm von ihrer einsamen Kindheit, in der sie nie die Möglichkeit hatte Inukis Existenz zu beweisen.

Kamui erzählt Fuma aus seiner Kindheit. Kurz darauf erscheint Kamuis Tante Tokiko, die ihm das zweite heilige Schwert bringen will. Dafür muss sie jedoch auch ihr Leben opfern, wie einst auch Fumas Mutter.

Kamui wird ins Pentagramm gebracht und steht vor der Entscheidung. Will er auf den Seiten der Himmelsdrachen kämpfen, und ist so für den Erhalt der Erde? Oder entscheidet er sich für die Erddrachen und kämpft von nun an für die Vernichtung der Menschheit?

Kamui reagiert nach den vorhergegangenen Ereignissen nicht mehr auf äußere Einflüsse. Subaru versucht in sein Unterbewusstsein einzudringen um diesen Zustand wieder aufzuheben.

Kamui bringt das Heilige Schwert ins Zentrum der Clamp Schule. Da nun alle sieben Boten vollzählig sind, kann der letzte entscheidende Kampf um das Schicksal der Menschheit beginnen.

Der Kampf zwischen dem Kamui der Himmelsdrachen und dem Kamui der Erddrachen beginnt. Saikis größter Wunsch es ist, Prinzessin Hinoto zu beschützen und dafür sogar sein Leben zu geben. Kamui der Erddrachen kann ihm diesen Wunsch erfüllen.

In dem Kampf mit Fuma verliert Subaru sein rechtes Auge. Als es zu einem weiteren Kampf kommt, scheint es Subaru nicht übers Herz bringen zu können Seishiro zu töten. Doch dann bekommt er Unterstützung von unerwarteter Seite.

Rückblick: In dieser Episode wird erzählt, was bisher in der Geschichte geschehen ist.

Yuzuriha, das jüngste Mitglied der Himmelsdrachen, wird einer Prüfung unterzogen. Als sie diese nicht besteht, wird als Strafe ihr Gefährte Inuki getötet. Kurz darauf erscheint Fuma, der ihr den Tod anbietet.

Karen besitzt die magische Fähigkeit Feuer zu beherrschen. Nur mit diesen Kräften muss sie sich ganz alleine dem mit PSI-Kräften ausgestatteten Erddrachen Nataku zum Kampf stellen. Als der Erddrache Yuto hinzukommt, scheint der Kampf für Karen so gut wie verloren.

Prinzessin Hinoto schickt Kamui, Sorata, Arashi und Yuzuriha in den Kampf. Die Gruppe teilt sich auf und Arashi trifft auf Fuma. Als Sorata spürt, dass beide in Gefahr sind eilt sie zur Rettung, wird dabei aber schwer verwundet.

Zwischen Seiichiro und Yuto kommt es zum Kampf. Als es schlecht für Seiichiro aussieht, eilt Karen ihm zu Hilfe. Dieser Kampf endet aber bitter und am Ende gibt es mehr als nur ein Todesopfer zu beklagen.

Fuma schickt Nataku los, um den Himmelsdrachen Yuzuriha zu töten. Kamui versucht zusammen mit Sorata Yuzuriha zu helfen. Doch die dunkle Seite von Hinoto hindert sie daran. Hinoto beschließt sich selbst und somit auch ihre dunkle Seite zu töten.

Arashi ist aus Liebe zu Sorata zu den Erddrachen gewechselt und versucht nun Kamui zu töten. Da dieser nun das Schwert aufgenommen hat, steht der finale und endgültige Kampf bevor. Wie es seine Bestimmung ist, stirbt Sorato für Arashi.