2054年、人類は突如地球に飛来した巨大なエイリアンと交戦状態に陥り、地球は深刻なダメージを被った。その後も断続的に飛来するエイリアンに対抗すべく、国連政府は地球防衛のため軍を再編、対エイリアン特殊部隊“フューネラル”を組織しその迎撃に当たらせた。

　2059年、ユニバーサル大学の学生タクトは、ここ数日所在が不明だった恋人・マキから謎のメールを受け取り、発信元を辿るうちに、マキが師事する生物工学の権威、ノグチ博士の研究施設“モルグ”へと導かれる。そこでノグチ博士は、エイリアンのパーツを繋ぎ合せ、“フランク”と名付けた金属生命体を復元する実験を進めていたのだった。タクトはマキと共に実験に参加することになったが、突如フランクは覚醒し暴れだすと、モルグを瓦礫と化し逃走してしまう。この時、マキとノグチ博士は命を落とし、タクトもまた重傷を負ってしまった。

　モルグを後にしたフランクは、森を散策していた少女ハティと出会う。何かの絆で互いに惹かれあい心を通わせていく二人は、フューネラルに収容された。

　軍病院に収容されたタクトに、フランクへの復讐を囁く謎の男Mr.X。タクトはその言葉に従い、“リウ・ソーマ”という新たな名前でフューネラルに入隊し、隙あらば実践配備されたフランクを破壊しようと画策する。しかし、共同作戦を続けていくうちに、リウの中にはフランクに対しほのかな友情が芽生え始める。そして…。