Gracie Novin, Samuel Wyatt en Thomas "Mac" McAllister, herenigd voor wat zij denken dat een routinematige "schoonmaak" -oefening in Maleisië is, vernemen dat een Britse agent met informatie over een neergestort Russisch vliegtuig in Kuala Lumpur is omgekomen.

Sectie 20 sluit een ongemakkelijke alliantie met Zarkova in de hoop een gestolen kernkop in Kuala Lumpur op te sporen; de groep raakt gefrustreerd wanneer politie-inspecteur Amy Leong hen na een vals alarm van het werk haalt.

De zoektocht van sectie 20 naar de vermiste kernkop leidt hen naar Goa, India, waar drie wetenschappers zijn ontvoerd. Sectie 20 infiltreert een verdachte fondsenwerving terwijl Coltrane en de nieuwe S20-computerfanaat omgaan met een inbreuk op de beveiliging.

Het team wordt gedwongen om op Zarkova te leunen om geavanceerde Russische technologie te veroveren, de coderingscode te kraken en een laatste uitstapje te maken naar een geheime schuilplaats, waar Vartak, Gopan en de nucleaire pakketten wachten.

Sectie 20 reist naar de provincie Punchan en verbindt met een DEA-agent met inside-informatie over Zaza en Dagon. Coltrane geeft Novin de opdracht zich voor te doen als de nucleaire koper om de locatie van het massavernietigingswapen te bepalen.

Nadat Novin en Zarkova het gekaapte watervliegtuig hebben gedumpt, zijn ze overgeleverd aan de corrupte politie, terwijl Mac en Wyatt tijdelijk hun toevlucht zoeken in een plaatselijk dorp. Coltrane vind eindelijk de locatie van de kofferbommen, maar de openbaring heeft een hoge prijs. Ten slotte spoort Sectie 20 Zaza en de kernbommen op - evenals een onverwachte indringer - op een afgelegen terrein, en breekt de hel los. Wyatt verwacht het ergste en belt terug naar huis, terwijl Pavel Zarkova dwingt in het reine te komen met wat er met Alpha Group is gebeurd.

Terwijl Wyatt herstelt, beginnen Coltrane, Mac en Novin aan een heimelijke 24-uurs missie in Rusland om een FSB-analist met potentieel vitale informatie te extraheren. Zarkova trekt Pavel's ware identiteit in twijfel, maar kiest ervoor om bij haar commandant te blijven. Sectie 20 volgt Hassan naar een buitenpost in de Indonesische jungle en eindigt tegenover Pavel en Zarkova, terwijl Chetri op de nucleaire koffer in een winkelcentrum in Jakarta neert.

Coltrane verdedigt zijn beslissing om met S20 op de proef te worden gesteld. Na Hassan en de nucleaire koffer naar een verlaten winkelcentrum in Jakarta te hebben geleid, worden Wyatt en Novin geconfronteerd met bedreigingen van Komodo-soldaten en later kolonel Aldo en zijn opstandelingen. Terwijl Katrina haar trouw weegt, stelt Pavel de parameters van de Russische plannen om de Indonesische regering omver te werpen, opnieuw in.

Op jacht naar Pavel botst Sectie 20 met twee andere Russische afvalligen, Natasha Petrenko en Artem Orlov, terwijl ze proberen geavanceerde software aan te schaffen die is ontworpen om een spooksatelliet met kostbare lading te kortsluiten. Na een korte onderbreking met zijn vrouw, Madison, neemt Wyatt een tijdelijke beveiligingsbaan aan bij Caleb Montgomery, een onaangename militaire techmagnaat, maar al snel wordt hij teruggeduwd in de gevarenzone.

Sectie 20 staat voor een ultiem dilemma terwijl het vecht tegen Pavel en zijn team van Russische turncoats om sleutels voor raketten uit het Sovjettijdperk die vermoedelijk jaren eerder waren vernietigd. Het conflict brengt de S20 van een afgelegen dorp in de Filipijnen naar Saloglu, Azerbeidzjan, waar drie langeafstandsraketten klaar zijn om te worden afgevuurd op grote steden in het Westen. Kan het team Pavel stoppen en de wereld redden van Armageddon?