Sean Walker egy nemzeti összeesküvés közepébe csöppen, miután barátnője Leila rejtélyes módon eltűnik egy karibi hajóútról. Mindeközben, Elias Martinez Elnök azt tervezi, hogy bejelenti a Sophia Maguire vezette fogvatartott csoport szabadon bocsátását. A jövőjük egy kiszámíthatatlan esemény köré épül, amely végül megváltoztathatja az emberiség sorsát.

Martinez elnök azonnal munkát ad az alkalmazottainak, hogy reagálni tudjon a hirtelen eltűnt gép ügyéről. Kiderül, hogy a Nemzeti Hírszerzés által fogva tartottak nem földi lények, ezért tartják őket bezárva. Közben egy sötét alak jelenik meg, aki nem más, mint Thomas. Ő mindent tud az összeesküvés-elméletről és azt is tudja, hogy hol vannak az utasok, valamint a gép...

Sean Walker megmenti Collier FBI ügynököt, de cserébe információkat akar megtudni Vicky-ről, arról a lányról, aki elrabolta barátnőjét. A repülőgépen utazók ismeretlen oknál fogva meghaltak, de Sean túlélte a katasztrófát. Martizen közben azt szeretné, ha Sophia segítene neki és elmagyarázná, hogy mi is történik. Azonban váratlan fordulat következik be, az utasok magukhoz térnek...

Miközben a Fehér Ház igyekszik megbírkózni a biológiai fenyegetéssel, rájönnek, hogy egyetlen reményük a probléma megoldására, ha a kihallgatás során megtörik Sophia-t. Collier FBI ügynök Leila keresése közben, felfedi Victor titkos oldalát.

A biológiai veszély fokozódik. A kormány emberei mindent megtesznek, hogy azonosítsák a járványt és kezeljék a fertőzött embereket, mialatt a Fehér Ház és a Nemzeti Hírszerzés egy újabb nehézségbe ütközik a Thomas-szal való tárgyalás során. Mindeközben, Simon arra kéri Sophia-t, hogy Thomas ellen forduljon és Collier különleges ügynöknek sikerül bekerítenie Vicky-t és Carter-t, azonban a látszat néha csal.

Martinez elnök részben eleget tesz Thomas kérésének, és elengedi Sophia-t, akinek sikerül úgy megszöknie, hogy később sem találják. Sean és Leila a szülei házába látogatnak, ahol Leila megrémül a vér láttán, mert nem tudja, hogy az édesapja él-e. Sean-nak és Leila-nak sikerül Madeline segítségével kideríteniük, hogy földönkívüli biológiai életformákkal állnak szemben...

Kiderül, hogy a tégla köztük van, s a különleges egység egyik tagja az informátor. Sophia közben ismét hatalmat szeretne szerezni, és azt akarja, hogy Thomas és a többiek kövessék őt, és együtt vigyenek véghez egy küldetést...

Martinez elnök a biztonsági hibák elkövetése miatt válaszokat vár a Nemzeti Hírszerzés igazgatójától, Blake Sterling-től. Amikor azonban ezt nem kapja meg, Martinez úgy dönt, személyesen hallgatja meg Michael Buchanan-t, hogy miért akarta megölni őt és a repülőgép összes utasát. A beszélgetés során Martinez fontos információk birtokába jut. Sean és Leila pedig egyre közelebb kerülnek a megoldáshoz, de folyamatosan üldözik őket, ami nehezíti a nyomozásukat. Sean eközben súlyos sérülést szerez.

Demsey úgy dönt, hogy Sean és Leila után küldi az embereit. Ezalatt Sophie próbál egyezségre jutni azokkal, akik nem értenek egyet a vezetési módszereivel és a különös felfogásával...

Martinez Elnök szembeszáll az árulóval a hivatalában, és fenyegetések érkeznek az Avias Air 514-es járaton történtek felfedésével kapcsolatban. Miután megbizonyosodott Isabel és Thomas hűségéről, Sophia még mindig gyanakvó néhány emberével szemben, így tényfeltáró misszióra küldi Simon-t. Aggodalma beigazolódik, mikor Thomas előáll egy megdöbbentő, új tervvel. Mindeközben, a Samantha utáni hajsza folytatódik, Sean és Leila megküzdenek Dempsey zsoldosaival.

Martinez Elnök és vezérkari főnöke elrendelik, hogy a hírszerzés szervezeti egységei kódolják le Thomas üzenetét és derítsék ki, hogy ki az üzenet küldője. Mindeközben, Thomas egy váratlan támadásra készül, Catherine Lewis, alaszkai szenátornő Maritinez Elnök-től kér információkat Inostranka-ról, míg Sean és Leila egy friss nyomra bukkannak Samantha hollétéről.

Az újonnan kinevezett alaszkai szenátor, Catherine Lewis azzal fenyegetőzik, hogy információkat ad ki a titkos Inostranka-i fogdával kapcsolatban. Thomas megalakult csapata ezért az Inostranka-i börtönbe megy, hogy kiszabadítsa a fogva tartottakat és, hogy megöljék Blake Sterling-et. Sean és Leila életében közben drámai fordulat következik be...

Martinez elnök még mindig nem heverte ki a támadást, s a hadsereg vezetőjét hibáztatja, amiért az Inostranka-i foglyokat kiszabadították. Leila apja segítségével közben Sophia a fiát keresi. Sophia pedig megtudja a részleteket, hogy Thomas hogyan is akarja átvenni az uralmat. Martinez, hogy megakadályozza a nukleáris katasztrófát úgy dönt, hogy el kell szállítani az erőműből az urán-rudakat.

Sean megfenyegeti Vicky-t, hogyha nem segít neki, akkor nyilvánosságra hozza a családjának búvóhelyét. Sean számára ekkor nyilvánvalóvá válik, hogy az alelnök, Ray Jarvis és a nagy hatalommal rendelkező Dempsey tervelte ki és irányította a gép elrablását. Thomas emberei ezalatt találkozót szerveznek, ami a kormány tudomására jut, Martinez elnök pedig úgy látja, hogy ez jó alkalom arra, hogy elkapja őket.

Sean és Vicky folytatják a küldetésüket, amikor is megtudják, hogy Dempsey Franciaországban tartózkodik. Sean közben csak addig akarja maga mellett tudni Vicky-t, amíg meg nem találják a vezetőt. Martinez elnök és Blake Sterling dönt, így megtámadják az idegeneket. Sophia emberei később tüzet nyitnak Martinez embereire, s el akarják hagyni a Földet, de a megszerzett uránrudak betöltése még több órába telik. Thomas ezalatt üzenetet kap a bolygójukról, hogy oda már nem tudnak visszatérni...

Most, hogy Martinez megtudta, hogy Simon is az idegenek közül való, azonnal a nyomába ered. Martinez elnök közben egy feladattal bízza meg Catherine Lewis szenátort, s arra kéri, hogy mindenkit vizsgáljanak át a Fehér Házban, hogy nem-e az idegenek közül való. Blake Sterling persze aggódik, hogy kiderül róla az igazság. Sophia gyászolja megölt fiát, majd újra átveszi az irányítást a csapat felett és képes végigvinni Thomas tervét, azaz elfoglalni a Földet és a kétmilliárd főt számláló civilizációjukat áttelepíteni a Földre...

Sophia arra készül, hogy az emberiség egy részét megöleti, mert így akar helyet teremteni a saját populációjának. Sophia úgy gondolja, hogy a legjobb módja a káosz okozásának az, ha egyenesen Martinez elnököt támadja meg és fejezi le, majd Jarvis alelnöknek ajánlatot tesz, ha együttműködik vele, ő lehet az új elnök. Thomas-t közben az idegenek fogva tartják, amiért el akarta árulni őket. Catherine szenátor azt gyanítja, hogy Martinez elnök felesége is az idegenek közül való. Vicky és Sean megtalálják Dempsey-t, aki arra kéri Sean-t, hogy állítsa meg Sophia-t, mielőtt kiírtja az emberiséget...

A Fehér Házat hirtelen tragédia rázza meg, Martinez elnök ugyanis kórházba kerül, mert Jarvis megmérgezte őt a Sophia-tól kapott méreggel. Blake Sterling és Peel vizsgálják ki az ügyet. Sophia csapata közben Szibériába megy, hogy megtalálják a titkos fegyvert, Sean és Vicky azonban a nyomukban vannak...

Martinez állapota válságos, az életéért küzdenek a kórházban, mert kómába esett, de eközben a Fehér Házban Jarvis az elnöki esküjét teszi le. Simon, amikor megtudja, hogy Martinez elnök haldoklik, rögtön tudja, hogy Sophia keze van a dologban. Sterling közben tovább folytatja a vizsgálatot, mert biztos benne, hogy Jarvis keze van az elnök elleni merényletben. Sean és Vicky azonosítani próbálják azt a futárt, aki Sophia-nak szállítja le a halálos kórt, amivel az emberiséget akarják elpusztítani. Leila és Michael ezalatt megpróbálják megmenteni Simon-t, de ezzel hatalmas kockázatot vállalnak...

Simon ellenszert visz Sterling-nek, hogy megmentse Martinez elnököt. Sophia közben bábként mozgatja Jarvis-t a Fehér Házban. Sean és Vicky megpróbálja megállítani a vírust, amellyel egy plázában szeretnének több száz embert megfertőzni. Az új elnök, Jarvis megtudja Martinez feleségétől, hogy Sterling és Simon hol tartózkodnak, majd azonnal légi csapást mér az épületre. Martinez felesége kicselezve az új elnököt bejut a férjéhez, akinek sikerül beadnia az ellenszert, melyet Simon szerzett...

Martinez elnök állapota jobbra fordul, így a felesége elmondja neki, hogy Jarvis mérgezte meg. Martinez persze azonnal a Fehér Házba szeretne indulni, hogy Jarvis-t elintézze, Sterling-et pedig arra kéri, hogy találja meg Sophia-t. Sophia csapatának közben sikerült kifejlesztenie a spanyol nátha egyik mutációját, amivel az egész földi népet akarják elpusztítani. Sean megmutatja azt a dokumentumot Simon-nak, amit attól a szervezettől kapott, amely azért alakult, hogy megvédjék az emberiséget. Mire Sean-ék megtalálják Leila-t, addigra őt már vírussal fertőzték meg, így nem érintkezhetnek egymással...