Kurz nach seiner halsbrecherischen Rettungsaktion, um Audrey (Emily Rose) aus der zusammenbrechenden Scheune zu befreien, findet sich Duke (Eric Balfour) unvermittelt in Boston wieder und zwar sechs Monate später. Jennifer (Emma Lahana), eine Frau mit einer mysteriösen Verbindung zu Haven, hilft Duke wieder nach Hause zu kommen. Indes versucht ein Fremder (Colin Ferguson) Audrey bei ihrer Identitätsfindung zu helfen.

Leichen werden in der Stadt und rund um Haven gefunden. Duke (Eric Balfour) überzeugt Nathan (Lucas Bryant) seine Suche nach Audrey (Emily Rose) zu unterbrechen, um den Serienmörder zu stellen. Audreys Schicksal liegt ganz in Jennifers Händen.

Nachdem einige ausgeblutete Leichen in Haven gefunden werden, will Nathan (Lucas Bryant) der Sache auf den Grund gehen. Duke (Eric Balfour) hat derweil ganz andere Probleme: Um das Crocker-Familiengeheimnis zu beschützen, will er, dass sein Halbbruder Wade (Christian Carmago) Haven verlässt. Unterdessen versucht William (Colin Ferguson) weiterhin Audrey (Emily Rose) zu helfen, sich an ihr altes Leben zu erinnern.

Kinder verschwinden nachts aus ihrem Zuhause. Nathan (Lucas Bryant) findet heraus, dass sie auf mysteriöse Weise in den Wald gelockt werden. Jennifer (Emma Lahana) und Duke (Eric Balfour) entdecken, dass die Stimmen in Jennifers Kopf von Audrey (Emily Rose) stammen

Nathan (Lucas Bryant), Duke (Eric Balfour) und Lexie – die „Neue“ – sind auf der Suche nach dem Fluch, der dafür verantwortlich ist, dass Menschen zu Stein erstarren. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Bewohner von Haven beginnen mysteriöse Countdowns vor ihren Augen zu sehen. Wenn dieser abgelaufen ist, geht die betroffene Person in Flammen auf. Währenddessen versucht Duke (Eric Balfour) vergebens Audrey (Emily Rose) zu überzeugen Nathan (Lucas Bryant) die Wahrheit zu sagen. Als Nathan den nächsten Countdown sieht und in Flammen aufzugehen droht, ändert sie schließlich ihre Meinung

Ein neuer Fluch lässt Havens Einwohner im Schlaf sterben. Während Nathan und Lexie sich auf die Suche nach dem Ursprung dieser Albträume machen, muss Duke sich mit seinem Bruder herumschlagen, der sich selber zu einem wandelnden Albtraum entwickelt hat.

Audrey und Nathan entdecken, dass ihr Schläger nach Haven gefolgt sind. Zudem haben diese William gezwungen mit ihnen mit zu kommen. Während Nathan und Audrey herauszufinden versuchen, was die Gangster im Schilde führen, plagt ein neuer Fluch, der Anfälle von Paranoia verursacht, die Bewohner der Kleinstadt

Audrey wacht in einer Parallelwelt auf: Ein Haven ohne Flüche. Sie ist unentschlossen, ob sie in das „normale“ Haven zurückkehren will. In der Parallelwelt könnte sie alle ihre geliebten Menschen beschützen, jedoch hieße es gleichzeitig diesen für immer Lebewohl zu sagen

Duke und Nathan untersuchen eine Reihe von Morden, bei denen den Opfern das Herz herausgerissen wurde. Als Geisterjäger in Haven auftauchen und ein Monster aus einer alten Legende suchen, drohen diese das Geheimnis der Kleinstadt preiszugeben. Jedoch ziehen bald alle an einem Strang, als sich herausstellt, dass das Ungeheuer Jagd auf Menschen macht, die am 12. Juni 1981 geboren sind. Dies ist nämlich auch Jennifers Geburtstag.

William entfesselt einen neuen Fluch, als er versucht Audrey von ihrer beunruhigenden Herkunft zu überzeugen. Anscheinend kann nur Duke diesen Fluch brechen.

Williams plant Audrey in ihr ursprüngliches Ich zurück zu verwandeln. Audrey, Duke und Nathan verfolgen unterdessen einen anderen Plan. Das Trio will William nämlich dahin schicken, wo er einst herkam.