自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。 　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

《異度傳說》是SQUARE於PS上所推出的RPG《異度裝甲（xenogears）》系列作之一，遊戲中以龐大的宇宙史觀設定與細緻的劇情演出，而受到許多玩家的注目與喜愛。卡通動畫版，是以《異度傳說首部曲：權力意志（XenosagaEpisodeIDerWillezurMacht）》的設定為主，包括女主角紫苑以及KOS-MOS等，都是以首部曲的造型現身於卡通動畫中。

Er zijn 4000 jaar verstreken sinds de mensheid de aarde verliet. Gedwongen om te vechten tegen een buitenaardse levensvorm, Gnosis, ontwikkelde de mensheid KOS-MOS - een gevechts-android met verbazingwekkende mogelijkheden. Wanneer een schip met Android wordt aangevallen, wordt KOS-MOS geactiveerd en wordt de maker ervan, Shion Uzuki, gered. Maar KOS-MOS wil haar orders niet op een rij zetten en voert een onbekend plan uit. Nadat hun schip is vernietigd, komen Shion en haar metgezellen midden in een gevecht terecht met Gnosis, de U-TIC Organization en hun eigen superieuren. Strijd zonder duidelijke kanten.

4000 years have passed since humanity abandoned Earth. Forced to fight an alien form of life, Gnosis, mankind developed KOS-MOS - a battle android with amazing capabilities. When a ship carrying android is being attacked, KOS-MOS gets activated and save its creator, Shion Uzuki. But KOS-MOS doesn't want to listed her orders and executes some unknown plan. After their ship destroyed Shion and her companions find themselves thrust into the middle of a battle with Gnosis, U-TIC Organization and their own superiors. Battle with no clear sides.

Dans l'univers, un étrange objet lumineux en forme de croix et portant un X rouge en son centre est transporté dans un vaisseau d'une division de la Marine, le Vector. Dans une des sections du Vector, Shion, une femme savante, effectue des tests virtuels sur une machine de combat destructrice, KOS-MOS. Après cette simulation, Shion décide de rendre son rapport au capitaine du Vector. En chemin elle rencontre la mystérieuse croix, nommée Zohar, d'où surgit la vision d'une fillette. Elle rencontre aussi une Realian, un être artificiel doué de raison pour qui elle manifeste de l'attention, contrairement au lieutenant Virgil, pilotes des A.G.W.S, des robots géants piloté par des humains. C'est alors que des êtres puissants attaquent par surprise la flotte spatiale du Vector. Pendant que la bataille fait rage, intervient alors un mystérieux personnage que Margelius, un commandant suprême, a envoyé en renfort. Shion sauvé d'un effondrement par la Realian, se retrouve face à un ennemi, ce qui déclenche la mise en alerte de KOS-MOS, l'arme anti-Gnosis qui se révèlent être une femme androïde. 

Der Anime zu einem der erfolgreichsten PS2-RPGs überhaupt. Die Serie nimmt sich die Story des ersten Teils der Xenosaga-Trilogie vor und bringt sie in Anime-Form zurück auf den Bildschirm. Erlebt die Abenteuer von Shion Uzuki, KOS-MOS und den anderen in einer mystischen Zukunft. Was hat es mit den außerirdischen "Gnosis" zu tun? Hat der Android "KOS-MOS" ein Geheimnis? Was genau ist der "Zohar"? Seht selbst!

ある理由によって地球を放棄せざるを得なくなり、宇宙に進出した人類は、「枢機院」と呼ばれる管理機構の統治下で、約50万の惑星国家からなる「星団連邦」を形成し、生活を送っていた。そんな中、突如現れた生物兵器「グノーシス」に生存の危機にさらされた人類は、軍事や通信に精通した巨大複合企業「ヴェクター」を中心に敵のせん滅を画策する。そのカギとなるのは、KOS-MOSと呼ばれる女性型のアンドロイドだった……。

Baseado no jogo de mesmo nome para Playstation 2, Xenosaga: The Animation conta a história de KOS-MOS, os Gnosis e o Zohar. A maior ameaça da humanidade: os Gnosis e a arma mais poderosa para combate-los: KOS-MOS, uma andróide misteriosa e possuidora de segredos desconhecidos até mesmo de sua criadora.A história do anime se dá inicio quando a nave onde KOS-MOS está é atacado pelos Gnosis. Para proteger sua criadora, KOS-MOS desperta...

Прошло 4000 лет с тех пор как человечество оставило колыбель цивилизации, планету Землю. Окруженные враждебными Gnosis, человечество пытается найти способы победить угрозу их существованию. Развитие KOS-MOS (специализированный андроид с удивительными способностями) инженером Shion Uzuki было откликом на угрозу. Но когда их судно разрушили Gnosis, Shion и ее товарищи оказываются в центре сражения...

Estamos en un futuro lejano, hace mucho que la Humanidad abandonó la Tierra y vive en el espacio. Shion Uzuki, un miembro de élite de Vector, se ve arrastrado a una lucha por la búsqueda de una misteriosa fuente de energía, debido a un ataque a su nave por parte de los Gnosis. Los Gnosis son una raza alienígena de la que apenas se sabe nada, aparte de que tienen forma fantasmagórica. Aunque, por suerte, Shion no tendrá que enfrentarse sólo a todo esto. Le acompañarán su creación, KOS-MOS, el exterminador de Gnosis definitivo; MOMO, una Realian observadora con la forma de una niña pequeña; Ziggy, un humano que decidió continuar su vida en forma robótica; CHAOS, un chico joven y misterioso capaz de destruir a los Gnosis; y JR, un miembro de la 'Fundación Kukai', que se encargará de la salud de Shion durante el viaje.