Hikaru, Umi e Fu sono in gita con le rispettive classi alla Tokyo Tower. Una volta salite sulla torre le tre ragazze, dopo aver sentito una misteriosa voce invocare i leggendari Cavalieri Magici, si ritrovano a precipitare nel vuoto. Salvate da Clef, un potente mago che nonostante il suo aspetto da bambino ha 745 anni, le ignare ragazze sono informate da quest'ultimo che si trovano a Sephiro, un mondo sorretto dalla sola forza di volontà. A capo di esso si trova la cosiddetta Colonna Portante, una persona che con le sue preghiere mantiene l'ordine e la pace. L'attuale Colonna Portante, la principessa Emeraude, è stata però rapita dal sacerdote Zagato, facendo cadere Sephiro nel caos..