Nel primo episodio, "Ribelle (prima parte)", l'allenamento di Beck con Tron viene interrotto quando viene catturato da una pattuglia del Riconoscitore e inviato al Colosseo per combattere nei giochi. Lì Beck incontra un compagno di prigionia Cutler, un feroce programma di guerrieri che è stato ispirato dalle azioni de 'Il Ribelle'. Ricaricati dalla loro comune passione per la libertà, Beck e Cutler combattono per uscire dai letali giochi di dischi. Nel frattempo, Zed e Mara escono per la notte in città, ma finiscono nei guai quando Zed rimane incantato da Perl, un membro femminile di una banda criminale che attira Zed nel portarla nel garage di Able, dove ha rubato il light-cycle leggero ENCOM 786.

Mentre Mara lavora con Zed per riavere la rara bicicletta del capo, Beck deve trovare un modo per liberare il suo amico dalla condanna a morte e consentire alla resistenza di ricominciare con il reclutamento.

Quando le forze di Clu iniziano un'operazione di estrazione di energia vicino alla città di Argon, ha l'effetto collaterale di causare un blackout in tutta la città con il rischio di destabilizzare l'intera Rete. Beck e Tron lo vengono a sapere e decidono di piazzare una bomba sulla stazione mineraria, ma una corsa clandestina sta per sfondare il tunnel e verranno avvolti dalle fiamme. Beck può salvare tutti in tempo?

Quando il disco d'identità di Beck viene rubato sul Light Rail, la sua memoria inizia a svanire. Sperando di prevenire la perdita permanente della memoria o l'identità come il Ribelle, lui e Tron vanno a Purgos, la città più vicina ad Argon City per recuperarlo. Un misterioso programma di nome Lux dà una mano a Beck e Tron.

Dopo aver rubato un prezioso cubo di dati d'informazioni vitali dalla base/nave del Generale Tesler, Beck (come il Ribelle) viene inseguito da Paige sul Mare della Simulazione. Quando si schiantano su un'isola destabilizzata, Paige riflette sugli eventi che l'hanno portata a diventare un soldato di Clu. I due dovranno lavorare fianco a fianco per uscire da questa situazione disperata.

Beck intercetta un'arma (a forma di disco) che modifica il disco, che ha la capacità di aumentare le abilità fisiche di tutti i programmi che la indossano, ma sfortunatamente ha degli spiacevoli effetti collaterali.

Beck affronta il suo mentore e cerca di convincere Tron a fermare la sua vendetta contro Dyson (un tempo luogotenente di Tron e ora di alto rango nell'esercito di Clu). Tron però non ha nessuna intenzione di perdonare il suo ex alleato e non intende lasciarsi ostacolare da nessuno. Intanto Clu arriva ad Argon.

Beck cerca d'impedire a Tron di uccidere Dyson.

Tesler, infuriato sfida pubblicamente il Ribelle ad apparire ad Argon Square e arrendersi, promettendo che se si consegna libererà gli altri prigionieri e porrà fine al coprifuoco. Beck è costretto a rimanere al garage da Able. La situazione costringe Beck a scegliere tra i suoi doveri nei confronti di Able e le sue responsabilità come il Ribelle. Beck decide di accettare la sfida di Tesler e sfugge alla cattura. In seguito Able rivela a Beck che sa che è il Ribelle.

Able si è allontanato per un viaggio misterioso e Mara è designata la responsabile in capo. Quando Pavel le ordina di completare un lavoro impossibile, Mara deve far valere le sue doti di leadership. Se fallisce tutti i suoi collaboratori, compreso Beck e Zed verranno inviati ai Giochi. Il viaggio di Able porta alla luce un collegamento tra Able e una figura molto importante della Rete (Able si dirige verso le Terre Esterne per affrontare Tron per aver addestrato Beck come il Ribelle).

Durante il viaggio verso la città di Gallium, Beck deve attraversare una tempesta, ma finisce in una trappola quando scopre un portale a senso unico, in cui cade dentro. Beck qui viene a conoscenza che non era il primo programma che Tron aveva addestrato come il Ribelle e così si frantumarono tutte le sue sicurezze. Able intanto riesce a portare alla luce un complotto per costruire un'arma micidiale.

Il Ribelle ingaggia tre nuovi programmi che dimostrano tutto il loro entusiasmo lanciando un messaggio provocatorio sulla Rete (taggando la Rete con il messaggio "Tron Lives" ("Tron è vivo")). Tron scopre che uno dei tre è la sua amica Mara e cerca di fargli capire qual è il modo migliore per combattere organizzando un piano per colpire la nave di Tesler.

Tesler usa l'agente di Keller, designato in partenza per liberare programmi, per costruire un'armata. Zed e il Ribelle formano un'alleanza forzata per liberare Mara che ne è stata vittima.

Beck cerca di salvare uno scienziato governativo che sta scappando dalle grinfie dell'Occupazione prima che Paige e l'Occupazione la trovino; Paige e Beck diventano passeggeri sullo stesso treno in fuga e Beck deve salvare i programmi innocenti sul treno senza rivelare la sua identità.

Beck accetta di uscire con Paige, e Paige inizia a vedere e capire le opinioni di Beck. Ma la loro serata finisce male quando Paige viene tradita da Pavel. Pavel prova il disco che potenzia i poteri, ma Paige lo afferra, fraintendendo il consiglio di Beck. Stanco della sua interferenza, Pavel pianifica di sbarazzarsi di Paige una volta per tutte. Beck pensa che forse stavolta riuscirà a convincerla a unirsi a lui se il Ribelle sarà in grado di salvarla.

Quando Cyrus (lo Straniero) in cerca di vendetta su Beck e Tron, ritorna ad Argo City. Cyrus, impersona il Ribelle e uccide un programma innocente. Con la città contro di lui, Beck è costretto a fare la difficile scelta di salvare Tron o i suoi amici.

Tron svela a Beck che sta morendo per via di un virus che gli è stato impiantato durante la lotta contro Cyrus e che l'unico modo per fermare la sua malattia è usare il nuovo super rifinalizzatore dell'Occupazione.