Octopus s’allie à Arnim Zola et à Hydra pour attaquer le Triporteur. Le S.H.I.E.L.D. est pris par surprise et Spider-Man doit répliquer seul à leur attaque.

Spider-Man doit rassembler une nouvelle équipe pour empêcher les méchants de s’emparer de New York.

Spider-Man conduit Miles Morales dans notre monde pour qu’il l’aide à arrêter le Bouffon.

Spider-Man doit venir en aide à Norman Osborn après qu'il ait été pris pour cible par le Vautour et Docteur Octopus.

Dr Connors a une nouvelle fois été transformé en Lézard, et cette fois-ci chacune de ses morsures transforme ses victimes en lézards également. Spider-Man et Iron Spider vont devoir s'associer pour trouver un antidote.

Pour venir au secours de Flash, Spider-Man et Scarlet Spider doivent une nouvelle fois affronter Kraven ainsi que des agents HYDRA.

Docteur Octopus a capturé le Marchand de Sable et cherche à le cloner afin de créer l'ultime Marchand de Sable pour qu'il devienne un des Sinister Six.

Spider-Man, Agent Venom et Iron Patriot doivent venir en aide à Harry Osborn, ce dernier étant sous le contrôle d'un nouveau virus créé par Docteur Octopus.

En répondant à un signal de détresse dans le Queens, Spider-Man et ses acolytes libèrent sans le savoir Hydro-Man.

Peter doit couper court à la fête d'anniversaire de tante May quand le SHIELD est attaqué. L'identité de la taupe du Dr Octopus est révélée.

Spider-Man est au plus bas quand il apprend que le Dr Octopus connaît son secret, et la taupe du SHIELD est démasquée. Mais Spidey a un dernier espoir : l'amitié.

Une boîte, des indices et une inscription inhumaine envoient Spider-Man et Triton dans une cité antique en ruines sur les traces du directeur du SHIELD, Nick Fury.

Alors qu'Harry souffre d'une étrange maladie, Spider-Man et un agent Venom en piteux état partent à la recherche du Symbiote et de Morbius, qui agit pour Octopus.

Captain America et MJ aident Spider-Man et l'agent Venom à combattre le Carnage quand Hulk est infecté et que la ville de New York est en danger.

Le Carnage est détruit, mais il revient, mettant MJ en danger au lycée de Midtown. Flash, Spider-Man et Patriot combattent Morbius, qui veut faire de MJ sa reine.

Nick Fury appelle Spider-Man et Kid Arachnid dans l'Himalaya, car il faut pouvoir traverser les dimensions comme eux pour récupérer des fragments du Seuil du Péril.

Spider-Man et Kid Arachnid débarquent dans deux nouvelles dimensions, d'abord dans la vie d'un pirate, puis avec un personnage familier dans le Far West.

Spidey et Kid Arachnid arrivent dans l'univers noir où Hulk est M. Fixit, un gros dur aux prises avec M. Negative qui a besoin de l'aide de Spider-Man Noir.

Peter et Miles retournent dans l'univers de Miles, où tout a bien changé, mais ils obtiennent l'aide de Spider-Woman afin de combattre un vieil ennemi, Wolf Spider.

Dr Strange et Ant-Man aident Spider-Man quand un sort d'Halloween transforme les enfants en incarnations véritables de leurs déguisements de monstres.

Spider-Man combat des clones avec l'aide inattendue de MJ et Scarlet Spider, quand le Dr Octopus crée des répliques maléfiques de Spidey.

C'est un Dr Octopus bien changé qui mène Spider-Man et Scarlet Spider jusqu'à son labo sur l'île d'Hydra, mais MJ se méfie et rassemble les Web Warriors pour les aider.

De retour au Triskelion, alors que Spider-Man essaie de convaincre l'équipe du SHIELD que Scarlet est de leur côté, le super-vilain Kaine débarque.

À Noël, Spider-Man laisse une petite fille entrer dans le repaire du Dr Strange, avant de découvrir qu'elle est la fille de Mystério et bien décidée à se venger.

Le jour de la remise des diplômes du SHIELD, le Dr Octopus menace de s'en prendre à tante May si Peter ne renonce pas définitivement à son masque de Spider-Man.