Manji rend visite à un prêtre afin de confesser ses péchés, à savoir le meurtre de son seigneur et de 100 de ses serviteurs, un acte qui lui a valu le surnom de "Tueur des 100". Le prêtre, qui est en fait un escroc, tente de tuer Manji en lui tirant une balle dans le front, mais Manji le tue et régénère sa blessure. Manji retourne chez lui et retrouve Yaobikuni, une nonne qui a placé dans Manji des "vers de sang sacrés" qui le rendent immortel, ainsi que sa sœur Machi. Ce soir-là, Machi rêve de l'époque où Manji a été forcé de tuer son mari. Un policier purifie Manji, ce qui lui fait perdre la tête. Après ce rêve, elle erre dans la nuit et est capturée par un groupe de ronin dirigé par le frère du prêtre que Manji avait tué. Manji poursuit Machi mais ne peut l'empêcher d'être tuée. En réponse, il tue tous les membres du groupe de ronin et, de retour à Yaobikuni, déclare qu'il cherchera à se racheter pour les 100 hommes qu'il a tués en tuant 1000 hommes maléfiques.

La rencontre fatidique de Manji et Rin avec Sabato Kuroi. Sa relation avec Anotsu est approfondie, ainsi que le rôle des membres du Mugai-ryū.

Rin tente en vain d'engager Sori, un artiste. Sa maison est attaquée par des sbires de l'Ittō-ryū, ce qui lui fait révéler ses vraies couleurs.

Le passé tragique de Taito Magatsu, un autre membre des Ittō-ryū, qui est la cible de la vengeance de Rin, est révélé. Il tente de mener une vie normale en quittant les Ittō-ryū, mais rencontre Rin et Manji.

Des membres du Mugai-ryū sont assassinés par des membres de l'Ittō-ryū. Manji et Rin rencontrent Eiku Shizuma, qui révèle la faiblesse de Manji.

Manji règle ses comptes avec Shizuma et reçoit des informations sur l'endroit où se trouve Anotsu.

Rin et Manji rencontrent Makie Otono-Tachibana, dont Manji épargne la vie, car elle semble trop faible pour représenter une menace. De plus, sa relation avec Anotsu est explorée.

De nouveaux détails sur le passé d'Anotsu et de Makie sont révélés. Une bataille féroce s'engage entre Manji et Makie. Cette dernière quitte ensuite Anotsu et l'Ittō-ryū.

Rin et Manji rencontrent Araya Kawakami, l'un des hommes qui a violé la mère de Rin. Son passé est révélé et après que Rin ait courageusement sauvé son fils, elle se rend sans arme chez lui.

Rin affronte Kawakami avec émotion, mais se fait agresser par lui. Manji vient à son secours et se venge. Rin réussit à déjouer le plan de son fils qui veut continuer à vivre uniquement pour se venger.

Manji et Rin se rendent dans la maison où il vivait avec sa sœur et où il continue d'entraîner Rin. Pendant une pause, elle rencontre Anotsu dans une forêt voisine. Après sa vaine tentative d'assassinat, il révèle à Rin les raisons de l'animosité entre son père et lui.

Les chemins empruntés par tous les personnages survivants sont montrés. Rin abolit ses hésitations et s'entraîne avec une dévotion totale. Pendant ce temps, les tactiques des Mugai-ryū semblent avoir scellé le destin d'Anotsu.