Une fois de plus, Rito vit une journée agitée : Momo se trouve dans son lit à son réveil, il percute une Lala toute nue, voit sa vie une fois encore menacée par Ombre dorée... Il a également fort à faire avec Momo, qui veut lui constituer un harem pour que toutes les filles qui gravitent autour de lui nagent dans le bonheur.

Au lycée, Rito ramasse une invention qu’a fait tomber Lala et se retrouve accidentellement transformé en souris. Il se met à la recherche de la princesse de Deviluke afin qu’elle lui rende son apparence normale, mais sa nouvelle forme va lui compliquer la tâche et lui causer bien des misères...

Nana surprend Mea en plein combat contre des pirates de l’espace et découvre à cette occasion que son amie dispose d’un pouvoir de transformation. Ayant été démasquée, Mea signale à Nana la fin de leur amitié, qu’elle considère comme factice. Cette décision bouleverse la deuxième princesse de Deviluke...

Accompagné par Momo et Nana, Rito se rend au festival de feux d’artifice de Sainan. Nana part rejoindre Mea, laissant ainsi Rito et Momo entre eux. Tous les deux croisent ensuite des membres du V.M.C, mais souhaitant profiter un maximum de son tête-à-tête avec Rito, Momo leur fausse compagnie.

Rito surprend Céline en train de jouer avec une invention de Lala, la petite fille enclenche l’appareil et Rito voit se matérialiser une Yui qui lui tombe dessus, entièrement nue. Le lendemain, les deux camarades de classe se croisent par hasard dans le train et un gros malaise s’installe suite à l’incident de la veille.

Sollicités par leur père, Rito et Mikan font le ménage dans le studio du mangaka. Momo est également présente pour apporter son aide. Une fois la tâche accomplie, le trio s’apprête à partir, mais Saibai demande à sa fille de rester pour lui faire à manger. Momo et Rito rentrent alors seuls, et la princesse de Deviluke s’imagine pouvoir passer un moment intime avec celui qu’elle aime, mais c’était sans compter l’intervention de Némésis...

Tearju est désormais le professeur principal de la seconde B, la classe des jumelles Deviluke, de Mea et d’Ombre. Cette dernière ne vient plus en cours depuis que Tearju a intégré le lycée et ne compte toujours pas revenir en classe. Rito décide alors d’aller lui parler après les cours afin qu’elle revienne sur sa décision et qu’elle se réconcilie avec la scientifique.

Saki ayant rendu malade ses employés de maison, Rito se rend chez elle afin de travailler comme domestique durant une journée. Il est bientôt rejoint par Momo, Nana, Ombre et Mea. Le lycéen se retrouve à faire le ménage avec Rin, et une fois encore, il se rend involontairement coupable d’un geste déplacé envers elle. Rin le chasse, puis revient le voir un peu plus tard, avec une épée à la main...

Lala cherche à rapprocher Rito et Haruna, mais Peke lui conseille de se focaliser sur sa propre histoire. Mise au courant de la situation, Momo encourage sa sœur aînée à se montrer plus offensive avec Rito en lui témoignant des marques d’affection. Jugeant plus tard que Lala ne va pas assez loin, Momo décide de l’aider à passer à la vitesse supérieure...

Désormais au courant pour le projet harem, Nana est perturbée et se montre résolument contre le plan de sa sœur jumelle. Pendant ce temps, Céline chevauche une invention de Lala destinée à aspirer les déchets. Tout se passe bien jusqu’au moment où le robot se met à dysfonctionner suite à un malencontreux incident...

Constatant qu’Ombre continue d’être distante avec Tearju, Rito et Momo demandent au docteur Mikado des renseignements sur le passé de l’assassin légendaire. Le médecin leur raconte que lors de leur première rencontre, Ombre était blessée, sur les rotules et partiellement amnésique...

Devenue "Darkness", Ombre dorée est à présent dotée d’un pouvoir gigantesque et se montre obscène. Grâce à ses nouvelles aptitudes, elle amène sans mal Rito jusqu’à elle et décide de le tuer pour qu’il vive à jamais dans son cœur...

Grâce au concours d’Oshizu, Mea a réussi à reprendre possession de son corps. Elle est bientôt rejointe par Momo et Nana, et le trio fonce prêter main-forte à une Lala en plein combat contre Darkness. En difficulté dans cet affrontement, la première princesse de Deviluke va tout donner pour sauver Rito et les habitants de Sainan...