いつもの結城家の朝。ベッドに潜り込んでくるモモ、裸のララとの衝突…と、リトの“とらぶる”は相変わらず絶好調！ 学校でもルンや唯に迫られ、モモは改めてリトのハーレム王の資質を感じるのだった。その日の放課後、リトに思いを寄せる春菜は、デビルークのスポーツドリンクを飲みながら、モモたちと恋愛話。なぜかじょじょに顔が熱くなり、リトが現れると、まるで酔っ払いのようなハイテンションに変貌して…!?

ある日、リトは学校でララが落とした発明品を拾う。メカは手の中で作動して、リトは小さなネズミの姿に変身してしまった！ 助けを求めて校内をさまよう小ネズミ・リトだったが、沙姫や春菜、唯、ヤミなどを相手に、次々と“とらぶる”を巻き起こすことになってしまう…。やがて力尽きたリトを助けたのは、マスター・ネメシスとコンタクトが取れず、不安な日々が続いていた芽亜だった。

ナナは変身（トランス）能力で宇宙海賊と戦う芽亜を目撃する。芽亜は正体がバレたことを理由に「友達ごっこは終わり」と一方的に告げる。失意で心を閉ざしたナナを心配して、リトは電脳サファリパークへ。そこでリトは、悲しみを爆発させるナナを優しく抱きしめ、変身（トランス）能力で繋がった時に知った芽亜の本心をナナに教える。リトの言葉に勇気づけられたナナは、今度は「本当の友達」になるため、芽亜の元へ向かうのだった…。

花火大会で賑わう彩南町。ナナは芽亜と、ララは春菜たちとそれぞれ神社に繰り出し、祭を楽しんでいた。モモはリトと二人きりの時間を過ごし、改めて彼への恋心にひたる。そこにティアーユと一緒のはずの美柑が駆けつけてきた。慌てる美柑に導かれて走るリトは、通りがかったヤミと衝突していつもの“とらぶる”に！ その騒ぎの中、美柑の肌が浅黒く変化していく…？ マスター・ネメシス本人の登場であった!!

電車でばったり出会ったリトと唯。昨晩もララの発明品で“とらぶる”があったばかりで、二人の間には気まずい空気が漂う。花火大会の客が大量に車内に流れ込み、リトと唯は密着状態になる中、リトが持っていた猫の手のオモチャが予想外に起動してしまって…!? その夜、結城家の食卓には芽亜の姿が。ヤミの妹である彼女を理解しようと、美柑が誘ったのだ。芽亜は料理に興味を覚え、手伝いを申し出るのだったが――。

リトの父親の手伝いの帰り、図らずもリトと二人っきりになったモモ。甘い妄想を膨らませるモモだったが、そこにネメシスが登場！ リトはネメシスにせがまれて遊びに付き合うこととなり、モモは二人っきりの時間を邪魔されてイライラ！ さらにネメシスは、リトにモモを信用しないようにそそのかし始めたのだが…!? その日の夜、リトの入浴中に何者かが乱入。モモが入ってきたと思いきや、そこにいたのは、なんと美柑だった…!!

ティアーユがヤミのクラス・1年B組の担当教諭に就任。ティアーユとヤミのぎこちない関係に加え、ティアーユに反発する芽亜もいることで、リトたちは気が気でならない。リトはヤミとティアーユの仲を修復するため奔走するが、ヤミの態度は頑なで、リトの言葉はなかなか届かない。そんな中、リトの想いに触発された芽亜がヤミと対峙する。予期せぬ妹・芽亜の言葉に刺激され、ヤミはある決意をするのであった…！

臨時の使用人として、天条院家のお手伝いのバイトに駆り出されたリトたち。メイド姿で張り切るモモ、ヤミ、ナナ、芽亜たちとは対照的に、リトは沙姫や凛を相手に“とらぶる”の失態続き！ そんな中、凛が怪しげな剣を振るいリトに襲い掛かる!! 凛が手にしていたものは魔剣ブラディクス。人に取り憑いて血を求める魔剣で、何かの拍子で天条院家に紛れ込んでいたのだ。凛を救うため、リトは芽亜の力で凛の精神に飛び込んだ!!

ララは春菜と一緒に恋を頑張るため、春菜をリトに近づけようと考える。しかしペケは、ララ自身の恋も考えるように助言。楽園計画の正妻ポジションであるララを重要視するモモは、姉を焚き付けるために恋愛ゲームで男女の愛をレクチャーすることに…。その夜、リトの入浴中に久々にララが乱入。ララはモモに教わった「恋人同士がする特別なキス」をリトにねだる。いつもの無邪気なララと違う態度を前に、リトが取った行動とは…!?

モモに楽園計画を明かされて、恋に奥手なナナは大混乱！ 楽しそうだとハーレムに乗り気な芽亜に対しても、ナナは絶対反対と怒り出してしまう。そこに、セリーヌがララの作った掃除メカ「ごーごーバキュームくんA（あんこう）」に乗って現れる。バキュームくんは芽亜に驚かされたお静の念力で、壊れて暴走!! 生徒たちの服を次々に吸い込み始める。リトとナナはバキュームくんを止めようとするが、被害は広がるばかりで…!?

ティアーユとのことも含め、ヤミに幸せになって欲しいと語るリトに、ヤミの心は揺れ始める。その様子を知ったモモは、ナナや凛まで意識させるに至ったリトの誠実さに、改めてハーレム王の器を確信する。そして後日のプール授業。ヤミは晴れやかな気持ちで芽亜に、兵器であっても自分たちはここにいていいのだと語る。しかしその笑顔の瞬間、ヤミの中で何かが目覚める！ 騒然とするモモたちの前で、ヤミ、そして芽亜の姿が変わり始めて…!?

禁断の生体兵器「ダークネス」として覚醒したヤミ。ダークネスは、普段のヤミからは想像もつかないある目的を持っていた。その目的とは一体…!? その一方、ネメシスの精神世界に囚われていた芽亜は、束縛をほどけず苦しんでいた。仲間たちが次々とダークネスに翻弄される中、リトもダークネスに追い付かれて絶体絶命！ ダークネスの凶悪な刃が迫った時、そこに飛び込んできた者は…!?

お静の協力で芽亜はネメシスから身体を取り戻す。復帰したモモとナナも合流し、3人はララと交戦するダークネスを追う！ 一方、戦闘中のララはダークネスのハレンチな攻撃に大苦戦！ ダークネスのエネルギー波に対抗するために力を使い果たして、子どもの姿に戻ってしまった。追い詰められたリトだが、そこにモモたち3人が到着。モモはリトに、ヤミを元の姿に戻すための“ある作戦”を告げるのだった。