A pesar de estar saliendo juntos, Shuji y Chise no parecen la típica pareja. Él, de naturaleza arisca, no para de sacarle defectos, mientras que ella pide perdón intentando subsanarlos. Acaban de empezar a salir, y Chise pretende que ambos lleven un diario compartido, para así conocerse mejor. Shuji está bastante preocupado por la idea, y cuando intenta ponerse a escribir no consigue poner nada. Al día siguiente, mientras Atsushi, Nori, Take y Shuji están comprando la tierra empieza a temblar. Deciden salir afuera a ver que pasa: una horda de bombarderos inunda el cielo y de repente, empiezan a atacar.

Desde lo alto de la montaña, Shuji y Chise contemplan la ciudad, hablando de su pasado, y sobre todo, del maravilloso futuro que les espera, juntos, con hijos: hablan de cuando vuelvan allí todos juntos, y puedan recordar con una sonrisa en los labios el pasado. Allí, deciden huir, irse a vivir juntos. Shuji propone que se encuentren en un par de horas en la estación de tren, tiempo que él considera más que suficiente para que puedan ir cada uno a sus respectivos hogares, y recoger las pertenencias necesarias para poder comenzar una nueva vida. Sin embargo, Chise, mientras se dirigía a la estación, recibe un mensaje en el busca: necesitan a El Arma Definitiva. Cuando regresa, a la mañana siguiente, Shuji la envía a dormir.

Mientras van dando un paseo, en lo que es su primera cita, Shuji reflexiona sobre lo poco que le afectó su encuentro con Fuyumi, a la que ya considera como un primer amor olvidado, pues a quién realmente quiere es a Chise. Ésta, al bajar del autobús, se da cuenta de que ha perdido la cartera de Shu-chan, y aunque él dice que no pasa nada, recuerda que está en casa de Fuyumi, donde la dejó olvidada la noche anterior. Sin embargo, al ir paseando, y ver el mar y la naturaleza, ambos olvidan sus preocupaciones, y disfrutan al máximo el momento, hasta que, al ir regresando a casa, los descubren: los militares han ido al encuentro de "su arma", a pesar de que ella había dejado el buscapersonas en casa para evitar que la encontraran. Shu-chan, descorazonado, empieza a correr sin rumbo, hasta que decide ir a casa de Fuyumi en busca de su cartera.

Tetsu está dispuesto a cumplir el deseo de Chise de morir, pero en el último momento ésta se echa atrás y Tetsu no dispara. Al día siguiente, Chise nota algo: un terremoto se acerca. Sin embargo, el profesor avisa que no evacuará sin que suene la alarma. Ante esta negativa, Shuji pretexta una emergencia para ir al pasillo y pulsar la alarma. Mientras todos salen tranquilamente, agarra a Chise y la lleva hacia un lugar seguro ya que teme convertirse en arma. Finalmente, consigue controlar a duras penas su cuerpo, aunque produce una pequeña explosión que destruye un ala del colegio. Los militares llegan para llevarse a Chise razón por la cual Shuji se enoja mucho.

Cuando Chise intenta hacer el amor con Shuji, éste acaba confesando que ya lo había hecho antes con Fukumi. A partir de entonces se distancian y pasan a ser solo compañeros de clase. Mientras Atsushi se alista en el ejercito y se da cuenta que la guerra no es juego, si no un lugar donde todos van a morir.

La guerra finalmente ha llegado a su pequeño pueblo pacífico. Chise deja a Shuji una nota en su casillero, y ella nunca vuelve a la escuela. Atsushi quiere saber qué es exactamente esta nueva arma "Chise", pero nadie quiere darle una respuesta directa.

Yukari se une a la patrulla del vecindario para encontrar al piloto enemigo desaparecido en las montañas. Tetsu trata a Chise como una persona normal y van de compras juntas, pero terminan abrazándose y besándose. Esa misma noche, un terremoto azota su ciudad.

Chise no tuvo mantenimiento durante al menos dos días, y su condición física ha empeorado. Satomi le ruega a Shuji que vaya a la habitación de Akemi porque ha sido herida de muerte ...

Chise sostiene a Tetsu mientras muere lentamente. El padre de Akemi regala materiales para fiestas y la escuela comienza a prepararse para un festival de verano, pero el ejército quiere cancelarlo. Chise regresa con Shuji, y la pareja felizmente huyen juntos.

Shuji y Chise se fugan y comienzan una nueva vida juntos fuera de su casco antiguo. Ambos encuentran trabajo y un lugar para vivir, por lo que las cosas finalmente vuelven a estar en orden. Sin embargo, Kawahara logra encontrarlos y quiere traer a Chise de vuelta a la base, pero Shuji le promete firmemente que cuando llegue el momento, matará a Chise con sus propias manos ...

Chise ha perdido su capacidad de hablar y su condición mental y física se ha deteriorado gravemente. Shuji pide desesperadamente a Kawahara que la lleve de regreso y la salve, pero le advierte a Shuji que Chise nunca volverá a ser la misma. Shuji descubre el diario de intercambio de Chise, y en él hay una simple solicitud para él: regresar al lugar donde se besaron por primera vez.

Chise le revela a Shuji que el mundo está al borde de la destrucción, pero lo quiere a su lado hasta el final. Chise también dice que intentará proteger a todos del enemigo, incluso si sabe que es inútil. Shuji promete que lo hará cuando se acerque el devastador tsunami ...