シメオン総帥アークライトを亡き者にしようと大勢の解放軍が待ち伏せをして総攻撃を仕掛けたが、逆に全滅させられてしまう。解放軍たった一人の生き残りクルスが下水道をヨタヨタ歩いていると追手であるテスタメントが出現。「神様…」と思わずつぶやいたクルスの前に突如、長身の神父アダム・ブレイドが現れる…。

デロドロンドリンクを探しに出かけたクルスとイヴは、テスタメントと遭遇してしまい廃墟へ逃げ込んだが、そこにはシメオン四天王の一人である右天が待ち構えていた。右天は宙に浮く、バリア、超高速攻撃、物質を生み出すなど多くの能力を見せつけ、自らの能力を「創世」と呼び、神に最も近いニードレスだと言い放つ…。

多くの情報が必要だと判断したブレイド一行は、照山の案内でブラックスポットの情報屋ディスクにコンタクトをとる。一方、現在のボディに限界を感じ始めたアークライトは、次のボディとして、ブレイドの肉体に狙いを定め、四天王の一人である離瑠の部下、少女部隊を、アイアンマウンテンへ向かう一行にさし向ける…。

ディスクはブレイドを「アダム・プロジェクト」の失敗作だと言い放つ。次々と真相を伝えるディスク。と、アイアンマウンテンに警報が鳴り響く。シメオンの追手、少女部隊の梔とセツナが現れたのだ。スピードの能力でイヴを襲うセツナ。さなか、未央と二人きりになったクルスは、彼女の言動に不安を覚えて…。

人質のイヴに逃げられた少女部隊。イヴを追って、世界最高峰のセキュリティーシステムに守られた館に入る。扉を開けて早々、セキュリティにひっかかり武器を放棄する三人だが、炎や落とし穴やセンサーといったトラップを次々と回避し、ようやくイヴの逃げ込んだ部屋に入る。だが、体重制限オーバーと警報が鳴り響き…。

セツナ達は、同じく少女部隊のメンバーの七海と美咲からゴルディロックスでの失態写真を突きつけられる。言い争いになった両者へ離瑠は、ヴォンサンガー銀行の上納金徴収任務に成功したものを少女部隊代表にする、と言う。一方、イヴを救うべく、落成式を視察にきたブレイド達は、そこで驚愕の能力を目の当たりにする…。

アークライトに戦いを挑むブレイド。フラグメントの入り乱れた戦いとなるが、ブレイドはアークライトに遠く及ばない。その頃、イベント会場では四天王の一人である楼閣寺離瑠が、逃げようとする群衆を強力なフラグメント『サイコキネシス』とテスタメントで見張っていた。離瑠の監視の中、なすすべのないクルス達は…。

ブレイドのいる第3シェルターを目指すクルス達だが、テスタメントに囲まれてしまう。一方ブレイドも美少女部隊三人を相手に苦戦をしいられる。ついにセツナがブレイドにとどめをさそうとしたその時、セツナの動きが鈍る。「遅かったじゃないか」と言うブレイドのつぶやきに謎の二人組の少女が意味深な笑みを浮かべて…。

セトとソルヴァと名乗る二人組は、ブレイドの仲間だった。かつてブレイドがギルドの仕事でセトと組んでいた頃に話はさかのぼる。セトとブレイドが引き受けた仕事は「プレデターから村を守る」というものだった。依頼主のソルヴァは、お金はないけれどこの村にしかない宝物を譲る、と言う。条件をのんだ二人だったが…。

ブレイドの元に駆け付けたセトとソルヴァ、そしてクルス達は美少女部隊を追い詰める事に成功。セツナは負けを認め「イヴを返す」と言う。イヴに駆け寄るブレイド。けれどクルスは違和感を感じる。戦闘で不利になった場合、普通は人質を盾に逃げるのでは？ と、その時、イヴの腕がドリルに変化しブレイドの体を貫き…。

瀕死のブレイドを助けるためには胡桃を倒してイヴの洗脳を解くしかない。彼女の居場所を聞き出すために美少女部隊に戦いを挑む照山、セト、ソルヴァだが、洗脳されたイヴ相手に苦戦する。その中でクルスは胡桃の隠れ場所に気づく。クルスの作戦を聞き、照山達の即席トリオはセツナを狙うと見せかけて本棚を攻撃するが…。

胡桃を倒してもイヴの洗脳が解けない。照山達も倒れ、絶体絶命のピンチ。絶望的になるクルスへディスクは「一つだけ方法がある」と呟く。ブレイドに胡桃の額を接触させ「ブラック・アトラクション」を覚えさせるのだ、と。無謀だが今はこれに賭けるしかない。だが、意を決したクルスの前へ四天王の一人、左天が現れて…。

霧に包まれたブレイド達。何も見えず慌てるクルスに、懐かしい声が届く。「大丈夫、お前は私が守る」。クルスの前に、死んだはずの姉であるアルカが現れた。アルカに抱きつくクルス。「姉さんが生きていた！」と姉との再会を喜ぶクルス。だが、ブレイド達が気になったクルスは、意を決してアルカの元から走り去り…。

戦闘態勢に入った左天は、四天王の圧倒的な力を見せつける。左天のフラグメント『第四波動』は、周囲を凍りつかせ、炎を操り、さらにはブレイドの放ったリトル・ボーイを吸収する。白毫を使い第四波動を覚えたブレイド。だが、覚えたはずの第四波動が発動しない。クルスは能力のからくりを必死で考え、ある事に気づき…。

左天の能力の謎は解けた。イヴとブレイドの攻撃で吹き飛ぶ左天。だが、四天王最後の一人である謎の女が一行の前に立ちはだかる。ソルヴァと照山のコンビネーションでようやく一撃ヒットに成功し、女の仮面にひびが入った。と、あらわになった素顔を見て絶句するクルス。何と、謎の女の正体はクルスの姉、アルカだった…。

昏睡状態のクルスは、レジスタンスにいた頃を思い返していた。少しでもアルカの力になりたいクルスは、レジスタンスに出入りして雑用をこなしていた。アルカに「お前はレジスタンスにくるな」と言われても、クルスはアルカの側にいたかった。そしてアルカの目的を知り、クルスの意識は、深く深く落ちていく…。

瀕死のクルスを助けるためには、イヴの再生能力で治療を行うしかない。だが、左天との戦いで手一杯のイヴ。その中で左天がイヴに「次の接触と同時に右へ飛べ」とささやく。自分を攻撃してクルスの治療をしろと、まるでイヴ達を助けるかのような左天の行動。困惑するイヴに、「お前に惚れちまったからさ」と左天は呟き…。

ついに姿を現したアークライト。ブレイドとアークライトの戦いが始まる。「貴様には本来備わっているはずの能力が欠けている」。それは「真のゼロ」の能力、受けた攻撃を倍加して反撃する能力だと。言葉通り、ブレイドの攻撃は全て倍返しされる。ラチがあかないと接近戦を狙うブレイドをアークライトの拳がつらぬくが…。

ギドの本名は六道銀。以前、「アダム・プロジェクト」の一員と して、研究に取り組んでいたが、エデンズシードの移植段階で、研究はことごとく失敗、暗礁に乗り上げていた。ラスト・チャンスとして二体の検体が用意される。ギドは、荻葉香澄と神無月鏡司と「アダム・ブレイド」と名付けた検体の実験を担当して…。

荻葉香澄の死を乗り越えて、研究を続けるギドと神無月。順調に訓練を受けるブレイドへ、ある日ギドは一人の少女「イヴ・ノイシュヴァンシュタイン」を紹介する。天真爛漫なイヴに翻弄されつつも、気持ちをゆるしていくブレイド。しかしある日、失敗作として破棄された実験体「アダム・アークライト」が研究所に現れて…。

逆拒絶反応により、過去の映像を見たクルス達。能力を吸収したブレイドはアークライトへ攻撃をしかけるが、技が発動しない。アークライトも同じく能力が使えない。逆拒絶反応の影響だった。そこに突如左天が現れる。包帯を取った彼の額には百毫が。左天はアークライトを殺し、正体を明かす。左天の正体は神無月だった…。

シメオン総帥となりブラックスポット支配をもくろむ左天。能力を失ったブレイドではまるで歯が立たない。少女部隊も参戦するが、左天の圧倒的な力の前になすすべがない。と、その時離瑠が現れる。離瑠はサイコキネシスのほかにグラビトンの能力も操った。そして「キサマ、離瑠ではないな」と言う左天に彼女は…。

神への進化を遂げたアークライト。その神々しい姿に見とれるアルカや少女部隊だったが、アークライトは自分の部下を「不要だ」と、処分にかかった。アークライトに挑むブレイド達。だが、ブレイドの力ではアークライトに適わない。アークライトがブレイドにとどめを刺そうとした時、アークライトの体に異変が起きて…。