A harmadik évad első epizódja hét hónapot ugrik az időben. Tomot vezetőnek választották, ám egyik döntése felháborodást vált ki. Eközben Hal rémálmokkal küzd, Anne pedig mindenórás terhes.

Az idegen megszállás második évfordulóján Charleston polgárai támadásra készülnek, ám végül egy mesterlövész őket támadja meg. Hal úgy véli, hogy megtalálta a besúgót. Eközben Anne aggodalma tovább fokozódik.

Az idegenek technológiáját használva Charleston lakói meghiúsítanak egy támadást. Ezt követően Tomot találkozóra hívja egy rejtélyes idegen. A csapat olyan információ birtokába jut, ami mindannyiuk életét veszélyeztetheti.

A küldetés rémálomba fordul, Tom és Pope a túlélés érdekében fegyverszüntetet köt. Weaver mindent kockára tesz, hogy megtalálja a két férfit. Ezalatt Marina megkérdőjelezi Tom vezetői tekintélyét.

Hal-ban tudatosul, hogy mi okozhatja belső vívódását. Lourdes egy új és meglehetősen veszélyes műtéti eljárással kísérletezik. A csapat kutatásba kezd, ami aztán vezetőváltást eredményez.

Masonék élete veszélybe kerül, amikor egy vidéki ház barátságtalan lakói fogságba ejtik őket. Az idegen technológián alapuló fegyver építése lassan halad és konfliktust szül.

Útban Charleston felé Tom sokkoló felfedezést tesz. Ezalatt Pope és Weaver lépéseket tesz a feltételezett besúgó kiiktatására.

A csapat bizalmas információ birtokába jut, ám ekkor hatalmas robbanás rázza meg Charlestont, és fény derül a besúgó kilétére is.

A 2. ezrednek sikerül elpusztítani egy fontos espheni bázist, és ezzel legyőzni egy könyörtelen ellenséget. Az űrből új lények érkeznek a földre. A túlélők sorsa továbbra is bizonytalan.