暑假结束了，小樱的班级迎来了转学生——柊泽艾力欧。小狼发现小樱和艾利欧似乎关系很好的样子。回到家的小樱听到了库洛·里德说话的声音，那时的感觉与往常的气息不同，而友枝町只有连绵不断的雨……感觉到了什么的小樱再次以魔卡捕获者的身份前往下雨的天空下。

天亮时，友枝町仍在下雨。小樱和小狼商量无法使用魔法的事情。小樱、小可、月、知世再次前往下雨的天空下。在袭来的水柱下，小樱使用魔法，可封印的钥匙变不成魔杖。但，小樱想要帮助大家的心情，让魔法的力量复苏了！

封印的钥匙用新的咒语成为了新的魔杖。而且使用魔法的时候牌也必定会转生为新牌。上学中的小樱，听见音乐教室中知世的尖叫，急忙和小狼赶去。然后沉重的钢琴径直向三个人飞来。

为了做布偶，小樱和艾利欧来到了手工品店。在那里，小樱负责买布偶套件，艾利欧去买线……晚上，觉察到库洛气息的小樱，和小狼、小可、知世一同前往公园。这时小狼突然向小樱举起了刀！小可发现小狼在被什么操纵着，却找不到答案。

小樱在艾利欧的帮助下，完成了小熊布偶的制作。当晚，小樱到雪兔家拜访，将寄托着两厢情愿希望的布偶交给他。这时布偶越来越大！小樱设法切断了控制小熊的魔力来源，小熊又恢复了原来的大小。从里面掉出了一张画有魔法阵的纸。

因为改变牌很耗费魔力，小樱感觉困倦。另一方面，雪兔无论如何也吃不饱，或者会产生立刻犯困的奇怪感觉。晚上，小樱接到小狼的电话，得知公园里出现了一个大洞，并在洞内感觉到了库洛的气息。这时，洞口如盖子一般被封住了！

小樱发现了已故的母亲抚子的年历。年历上记录着家中每个人的生日，其中也有“爷爷的生日”。父亲藤隆说，爷爷因为将他视为夺走了最重要的抚子的坏人，只与他见过一面。小樱为了证明“爸爸不是坏人”，决定送礼物给外曾祖父。

小樱沉迷于《爱丽丝梦游仙境》。小樱憧憬着爱丽丝的仙境，抱着“想去看看”的想法。小樱从艾利欧那里得到了作为“书签”的落叶，落叶与书刚刚接触，小樱就被吸入书中。想回到外面的小樱的眼前，柴郡猫样子的艾利欧、兔子样的雪兔、月、桃矢、知世以《爱丽丝》的登场人物形象出现了。

友枝小学召开了义卖会。小樱的班级负责分发点心，不过，听闻此事的小可非常高兴。另一方面，收到奈久留义卖会邀请的斯比奈鲁因“不能吃甜的东西”而不想去。校园里，小可和斯比奈鲁突然相遇！小可没有发觉斯比奈鲁的原型，强行给斯比奈鲁点心吃，突然斯比奈鲁变得快活疯狂起来。

小樱、小狼、知世、艾利欧4个人来到了泰迪熊展。小狼度过了欢乐的时光，不知不觉间便一直用目光追随着小樱。打算回家时，小狼与小樱去坐电梯的时候，门关住打不开了。小狼安慰着在漆黑的电梯里含着眼泪的小樱。这时，电梯突然移动，地板出了一个大洞，小樱掉了下去！

感受到了库洛的气息，大家晚上聚集在公园。但是，似乎什么事件都没有发生，就回到了家里。然而可鲁贝洛斯和月两个人却无法变回临时形态了。他们被迫以原本的形态进入小樱的房间想办法。第二天，为了做晚饭而从冰箱里拿出螃蟹的小樱想起了个主意。

晚上，在学校的方向感觉到库洛的气息的小樱，与小可、小狼、知世一同出门。这时教室里的篮球自己跳动了起来。小樱等人追逐着球，而空间似乎在扭曲，无法追上。追球的时候，知世的身影消失了！找不到知世的小樱一边含着眼泪，一边拼命思考着寻找她的办法。

小狼“有些话想当面对你说”的话令莓铃没等到暑假就来到了日本。莓铃和放学回家的小樱等人路过公园前，在发出地震一般的声音同时出现了很多小企鹅向小樱他们飞来。莓铃用擅长的拳术，小樱用“冻”牌将骚动平息了下来，而小狼和小樱2个人的对话让莓铃露出了悲伤的表情……

小樱要去买给藤隆的圣诞礼物，和桃矢约好见面。学校里艾利欧用钢琴练习着圣歌，充满了圣诞节的气氛。放学后，出现了很强的库洛牌的气息，因此小樱和小狼去查看情况，桃矢则和能与自己一模一样的“镜”去购物。当晚，小樱对“镜”放出了磁带……

新年到了，小樱、桃矢和藤隆到月峰神社参拜，知世和知世的妈妈也来了。小樱和知世去抽签，艾利欧在卖签。知世的签是大吉，小樱不大明白签的含义。那天晚上，小樱睡着时，在黑暗的房间里，库洛牌之书与白天抽的签开始闪闪发光。

小樱等人来到了室内游泳馆。游泳之后，一行人在游泳池旁的咖啡厅点了大受好评的冰激凌苏打。只顾着聊天的小樱，忽然看见玻璃杯中空空如也。这是被偷偷跟来的小可喝了。正当小樱偷偷把小可藏起来带去更衣室时，泳池中出现了令人吃惊的巨大波浪，将利佳一个人困在那里。

小樱等人到雪山参加学校的滑雪之旅。到了晚上，根据奈绪子的提议，艾利欧讲了关于雪女的鬼故事。第二天，滑雪进步了的小樱和艾利欧坐上了去往高级滑道的缆车。眼看雪越下越大，小樱突然想到“和昨晚雪女的鬼故事好像”。从缆车上下来，雪越来越大。其后终于发生了雪崩。

小樱参与了桃矢班上制作的电影。小樱的出场结束后，要去拍摄桃矢和雪兔演出的最后一幕。正式演出开始时，雪兔突然失去意识，从2楼的阳台坠落。情急之下桃矢抓住了他的手试图救他，可并没能奏效。小樱用魔法避免了他受伤，雪兔依旧昏睡不醒……

小樱到雪兔他们高中的文化节参观，和雪兔去参观“星之路”这个节目。被众多星星包围，小樱表达了对雪兔的心意。这时，星星的装饰突然破碎，落向小樱他们身上。现身的月保护了小樱的身体，同时确信这是库洛搞的鬼。跑向有库洛气息之处的小樱，在那里看见了艾利欧。

了解了雪兔真正的心意，一时感到委屈的小樱也恢复了精神。带着“能打起精神是小狼的功劳”这样感激的心情，她邀请小狼到月峰神社去祭祀。在祭典会场的小樱一行人，到据说可以用月亮占卜的“月镜池”去了。这时，在池水的水面上出现了黑色的人影和库洛的魔法阵，进献的牌匾上的马飞向了小樱他们！

一个下雪天，小樱解决了出现了很多雪人的奇怪事件。小可称赞小樱“或许已是超越库洛的魔法师了”，而月则严格地说“还差很远”。在意库洛·里德是什么样的人的小樱，利用“回”牌回到过去，想要直接询问库洛。在小可、知世、小狼的注视下，小樱回到了库洛生活的时代……

艾利欧说出了自己是库洛·里德转世的身份，斯比奈鲁和露比也现出原形。艾利欧用魔法遮住了太阳与月亮，友枝町被黑暗笼罩。然后，从知世和桃矢开始，城市中的人们陷入了沉睡。为了让大家醒来，小樱只有用魔法消除黑暗。解决的关键在那8张库洛牌中！

为了了解事件接连发生的原因，小樱等人拜访了艾利欧的家。准备好茶会等待大家的艾利欧在说明缘由后，离开了日本。第二天回家的路上，小樱被小狼叫住了。小狼对她说自己因为小樱为别人而拼命努力而受到影响，只说了句“谢谢”便离开。在那之后，小樱得知小狼将要回到香港！