Зойды — звероподобные боевые машины, которые используются как в повседневной жизни, например, для транспортировки грузов, так и на войне. Существует особый вид зойдов — миниатюрные Органоиды — живые существа, способные сливаться с обычными зойдами, невероятно усиливая последних.

Ван Флайхет обнаруживает Органоида в заброшенной лаборатории, убегая от двух зойдов. Там же обнаруживается таинственный сосуд, в который помещена странная девушка. Ван, спасаясь от преследования, разбивает сосуд, освобождая пленницу, и убегает с ней, прихватив Органоида. Тот, увидев поврежденного зойда, сливается с ним и ликвидирует неисправности. Ван решает оставить Органоида при себе и называет его Зеке. Девушку, которую он спас, зовут Фиона, и ей необходимо найти некоего зойда по имени Ева. Ван, Фиона и Зеке отправляются навстречу приключениям.