センゴクが叫んだ戦争終結は、海軍本部の「勝利」として世界中に広まる。人々は歓喜し、海賊達は白ひげなき世界へ動き出す。崩壊した海軍本部を前にするセンゴクには、黒ひげがインペルダウンでいかにして仲間を募ったかが報告される。

マリンフォード頂上戦争で白ひげを倒し、完全勝利した海軍。だが、それを恐れない海賊が各地で暴れ、四皇の一人であった彼が制していた土地を奪っていく。ローの手術を受けるも未だ目覚めないルフィは、政府から逃れるため、女ヶ島へ運ばれる。

ルフィの故郷フーシャ村の裏に、人々が立ち入ろうとしないコルボ山があった。10年前、シャンクスに憧れ海賊王を夢見てしまったルフィを、ガープは山賊ダダンに育てさせることに。そこにはガープが先に預けていたエースがいた。

ルフィが友達になりたい一心でエースを追うと、ゴミの山「不確かな物の終着駅」に出る。エースはチンピラから大金を奪い、「中間の森」で親友のサボと合流。ルフィも追いつく。そこへチンピラの兄貴分ポルシェーミがやって来て、ルフィが捕まってしまう。

大金のありかを決して言わないルフィに心が動いたエースとサボは、ポルシェーミに殴り込みをかける！　サボがルフィを助けて逃げようとするが、エースは一度向き合ったら逃げないと、ポルシェーミの前を離れない。サボも立ち向かう！

ポルシェーミの一件以来、ルフィはエースとサボに受け入れられ、三人はコルボ山で力を競い「ゴア王国」へ入り駆け回っていた。するとサボが街で声をかけられる。それは彼の父、サボは貴族だったのだ！　エースは親友に不信感を抱く。

相変わらず三人は大暴れ。彼らを預かるダダン一家に心休まる時はなく、さらにガープが顔を出せば、騒動は一層激しくなるのだった。ガープにしごかれる三人の方も命の危険を感じ、ダダンへ「どくりつする」と置き手紙を残して出て行く。

秘密基地を作って生活するようになった三人に、冬が訪れる。海へ出る時は船長！と譲らない三人は、大虎を仕留めた者がなれると戦うことに。現れたのは熊だったが挑み、大ピンチ！　突進する猛獣を止めたのは、年老いたナグリだった。

大虎と戦うも、まだ仕留められないエースとサボ。ナグリのもとで海賊修行をする事にしたルフィは、木を切って足腰が鍛えられ、ゴムゴムの技をずいぶん使えるようになっていた。そしてナグリはエースに、自分が見た海賊王について話す。

秘密基地で嵐を乗り切り、絆を深めるエースとサボとルフィは、傷んだ所を修理する材料を拾いに出る。そこを狙っていたブルージャムはサボを取り囲み、依頼者の貴族であるサボの父に引き渡す。サボはエースやルフィと引き離されてしまう。

天竜人も乗る世界政府の視察団が来るのを機に、「不確かな物の終着駅」を暮らしている人ごと燃やそうと王族と貴族が企てていると知ったサボだが、父に捕まりエースとルフィに伝えられない。そして夜、ブルージャムの手で火事が起こされる。

ゴア国王にだまされ町へ入れないブルージャムは、エース達の財宝を狙い、燃えさかる炎の中を襲い来る！　ダダンが割って入り救われるエースだが、彼は逃げない！　部下にルフィを連れて行かせ、ダダンはブルージャムに挑むエースに付き合う。

世界政府の視察団が来る日、サボは海賊旗を掲げて船出した。しかし下々民の船が艦の前を横切ったと怒る天竜人・ジャルマック聖はサボへ砲撃し、さらにとどめの一撃を浴びせる。その頃、エースとダダンが生きて帰ってきた。

天竜人・ジャルマック聖がサボを撃った。その一部始終を見ていたドラゴンはその夜、ゾロが修行するコウシロウの道場がある港村に停泊する、革命軍の自分の船へ戻る。エースとルフィは、サボの面影をとどめながら成長していく。

時は10年前から、マリンフォード頂上戦争後の現代へ戻る。フーシャ村に帰還するガープをダダンが襲い、エースの命を守れなかったことを責める。その場にいたガープが一番辛いとマキノが庇うと、一番はルフィの奴だとダダンは言う。

シッケアール王国跡地でヒューマンドリルの群れに苦戦するゾロに、ミホークが歩み寄る。チョッパー、ナミ、ウソップ、サンジ、ロビン、フランキー、ブルックも、それぞれの場所で新聞等からエース絶命を知り、ルフィを想う。

女ヶ島にレイリーが一人で泳ぎ辿り着く。彼はジンベエにおぶられたルフィと再会を果たす。くまの告白、シャッキーのハンコックがルフィに恋したとする女の勘が、レイリーの推察に答えを出したのだ。レイリーはルフィに、ある提案をする。

新聞でエース絶命を知りルフィを思うナミは、三日後にサニー号でとシャボンディ諸島で交わした約束を果たすため、空島・ウェザリアからの脱出を図る。フランキーもバルジモアを出る砕氷船を求め、Dr.ベガパンクの研究所へ侵入する。

ゾロが飛ばされたシッケアール王国跡地は、ミホークの住処だった。彼からエース絶命を知り、ゾロもシャボンディ諸島へ戻ろうと懸命になる！　ハラヘッターニャで手長族の襲撃に立ち向かうブルックも新聞を読んでいた。

ルフィは軍艦を乗っ取り再びマリンフォードへ。トリノ王国から鳥の背に乗りシャボンディ諸島へ急行するチョッパーは、ルフィが起こした事件の記事を見て驚く！　ロビンは微笑み、イワンコフに敗れた後のサンジは息を呑む。

マリンフォード「海軍本部」の議事の間では、ブランニューが一同を前にルフィの引き起こした事件を説いていた。数日前、復興中のマリンフォードに突如現れ、レイリーやジンベエとやってのけた、その行動の一部始終が描かれる。

再びマリンフォードに乗り込み「16点鐘」を行ったルフィの新聞記事が、世界中を駆け巡り、不可解な行動にバギー、ビビ、クロコダイルがその写真を見つめる。シャボンディ諸島ではデュバルが、残されたサニー号を律儀にずっと守り抜いていた。

ローは時期を待ち、ドレークとアプーは新世界に分け入り、ボニーは黒ひげに捕らえられ赤犬に引き渡された。「赤い土の大陸」の聖地マリージョアでは、ドフラミンゴが帽子の幹部に、マリンフォードでモリアが消えたと報告する。

新聞記事の写真を通じて伝えられたルフィのメッセージを理解したナミは、度重なる脱出をもくろんでいた小さな空島ウェザリアに残ることにする。フランキーも理解して、Dr.ベガパンクが「兵器的」発明をしていたもう一つの研究所に住み込む。

ブルックは見世物として手長族に捕らえられるが、ルフィのメッセージを理解して前向きになっていたため、エレキギターを掻き鳴らし集まった観衆へ一曲披露する。すぐに理解したロビンは、ドラゴンの部下である革命軍とバルティゴへ向かう。

２年後に魚人島で会う約束をして、ジンベエはルフィのもとを離れる。レイリーはルフィに修行を施す過酷な無人島・ルスカイナへ直行。ハンコックとも別れたルフィに、レイリーは巨大な象を相手に覇気を教える。２年後に向けて！