牢獄にあるエース。ガープは彼に、ルフィがウォーターセブンでの戦いに続き、シャボンディ諸島でも大事件を起こしたことを話す。そして、ルフィに父親について話したことも…。それを聞いたエースは、自分の親父は、白ひげ一人だと言い切る。その頃、インペルダウンを目指す一隻の海賊船があった…。

ようやく自由の身になったルフィに、ハンコックはこれ以上の手伝いはできないと詫びる。ルフィは、ハンコックに感謝の言葉を贈ると、監獄の中では暴れないことを約束するのだった。そして部屋から脱出するが…ここはまだレベル1の紅蓮フロアーで、その先には比較にならぬほど怖ろしい試練が…。

レベル1に潜入したルフィは、脱走中のバギーと遭遇、ブルゴリとの戦いに巻き込まれてしまう。間一髪のところでルフィに救われたバギーは、一撃でブルゴリを倒すほどに成長したルフィの強さに驚く。そして、ルフィの腕輪を見て表情を変える。彼が長年探し続けていた、財宝の秘密が隠されていたからだ！

まんまとルフィをだまして腕輪を手にいれたバギーだったが、ブルゴリに襲われ、自分もレベル2に墜落してしまう。一刻も早くエースのもとへ向かおうと、焦るルフィ。怖ろしい魔獣たちに襲われた二人は、必死で逃げ回る。そのころ、レベル4に到着したハンコックは、所長の毒人間・マゼランと対面していた。

サウザンド・サニー号で大海原を行く麦わらの一味の前に、巨大なカブトムシが飛んできた！　一目で気に入ったルフィは仲間にしようとするが、巨大カブトムシはすでに、海軍コートを羽織った少女・ヨーコの仲間だった。

ヨーコの住むカンソーン島は“東の海”出身者が集まり、各村の名所をまねて暮らしていた。一心道場のような道場でゾロはくいなを、小さなバラティエでサンジはゼフのもとでの修業時代を、書き割りの屋根を見てウソップはカヤを思い出す。

ボスをシキの所へ連れ戻すため、島を襲撃したアミーゴ海賊団。船長のラルゴが振るう“アミアミの実”の能力で、ルフィもゾロもサンジも捕らえられてしまう。島民を思うボスは、自らラルゴのアミの中へ。その時、ルフィが腕を伸ばしてボスをぶっ飛ばす！

ボスが放った炎で、ルフィ達を捕らえるアミは焼き切られた。ボスも島も両方大事だと強く感じた島民たちは、ナミとウソップに率いられ、アミーゴ海賊団に猛反撃！　ラルゴとの一騎打ちに挑むルフィは、ギア２で攻め込むや、ギア３を発動させる！

バギーと共にレベル2を進むルフィは、かつての敵、Mr.3と再会する。Mr.3は自由になった恩返しとして、力を貸すことを申し出る。そのころ、レベル5の無間地獄では、牢につながれていた王下七武海のひとり、海侠のジンベエが牢番にこっぴどく痛めつけられていた。見かねたエースが声をかけるが…。

崩壊したレベル2では、バギーによって自由の身となった囚人たちが暴れ始めていた。さらに、ルフィとエースが兄弟で、ルフィの目的がエースの救出だと知り、看守たちも大騒ぎを始める。海軍本部のガープは、さすがはわが孫と笑い飛ばしていたが、その孫のルフィは、新たな地獄に落ちていた。

レベル４へと急ぐルフィ。大監獄への侵入を許し、面目をつぶされた海軍は、ルフィを極秘のうちに捕えようと海兵を差し向ける。彼らは、唯一の出入り口である跳ね橋を上げられ孤立した、大監獄の外を包囲することになった。そのころ、ようやくレベル５へ到達したハンコックは、エースと対面を果たしていた。

ボン・クレーと力をあわせ、ブルゴリたちをすべて倒したルフィ。一方、マゼランの能力を目の当たりにしたハンコックは、ルフィの身を案じながらも大監獄を後にしていた。ようやくルフィへの対応を始めたマゼランは、戦力をすべてレベル４へ集める。ルフィはピンチをボン・クレーに救われるが…。

ついにミノタウロスを倒したルフィたちだが、思わぬ事故によって、４人そろってレベル４に落ちてしまう。一方、インペルダウンを離れたハンコックは、モモンガからエースの処刑が明日の午後三時に開始されると聞く。そこに緊急報告が入ってくる。新世界の海で、四皇である赤髪とカイドウが戦いを始めたというのだ！

ついにルフィの前に立ちはだかった監獄署長・マゼラン。ボン・クレーは、ドクドクの実の能力者であるマゼランとは戦ってはダメだとルフィに教え、レベル５へ逃げようと提案。しかし戦闘は始まり、マゼランは巨大な毒竜であるヒドラを操って襲いかかってくる！　すぐさま反撃しようとするルフィだが…。

拳を失う覚悟で勝負に出たルフィ。渾身の一撃でマゼランに膝をつかせるが、その代償として拳は毒に侵され、激痛に苦しむ。一方、レベル３へ逃げようとしたバギーたちは、わざと逃がそうとするハンニャバルのもくろみを罠だと思い込む。マゼランの毒を怖れて一人逃げだしたボン・クレーは、罪悪感を抱き…。

マゼランの毒によって瀕死の重傷を負ったルフィは、レベル5へ投獄されてしまう。一方のボン・クレーは、マゼランに勝てないことを悟り、ルフィを助けるために逃げ出すという苦渋の決断をしていた。下手に解毒薬を使っても、死を早めるだけ…厳しい現実を突きつけられたボン・クレーは、とある人物を捜す。

ボン・クレーを残して軍隊ウルフから逃げ出したMr.3とバギーだが、すぐに追いつかれてしまった！　牢の中のルフィと再会し、逃げたことを詫びるボン・クレー。彼は瀕死のルフィを連れて、奇跡の人・イワさんの行方を捜しに向かう。自分にできることはあきらめないことだと、必死にインペルダウンの中を訪ね歩くが…。

凍死寸前のところをイナズマに救われ、囚人たちの秘密の花園・ニューカマーランドへと運ばれたボン・クレー。彼はそこで、捜し求めていたイワさんをついに発見する。その奇跡の能力を目の当たりにし、ルフィを助けてほしいと土下座して頼むボン・クレーだが、実はかえってルフィに救われていたのだった。

ルフィの治療が続く中、ボン・クレーはイワさんの秘密を教えてもらう。イワさんは、いわば人体のエンジニアだった。大昔、穴掘りの能力者たちが作ったこの場所は、レベル5と6の間にある。そしてレベル6の無限地獄には、エースと共に、マゼランと互角の実力を持つ看守長・雨のシリュウが幽閉されているという…。

ルフィは、イワさんの治癒ホルモンとボン・クレーの命がけの声援によって、奇跡の復活を果たした。ルフィは手をついて、ボン・クレーへ恩に着ると頭を下げるのだった。 イワさんは、ルフィがかつての同士・ドラゴンの息子だと知り、協力を約束。エースを救出して脱獄することを決意する。

イワさんの協力を得たルフィは、ついに最下層LV６へ突入。必死にエースの名を呼ぶが、返事はない。エースは既に牢から連れ去られた後。ルフィの麦わら帽子を見たジンベエは、他ならぬエースの弟だと確信し、すぐに後を追えと教えてくれるのだった。しかし、捕らえようとするハンニャバルは、フロア中にガスを充満させ…。

一転してピンチになったルフィに、かつての敵であったクロコダイルが、脱獄のために共闘しようと持ちかけてきた。ルフィは拒否するが、受け入れるべきだとイワさんが説得。すると今度は、ジンベエが声をかけてきた。何としてもエースを助けたいというジンベエの言葉をルフィは聞き入れ、ここに最強のチームが誕生する！

クロコダイルの手引きで、LV３を目指すルフィたち。LV２に潜んでいたバギーたちは、大きなトラブルが起きたことに気付き、ようやく脱獄のチャンスが巡ってきたと大喜び。囚人たちを解放し、フロアを大混乱に陥れる。一方、イワさんとボン・クレーが、ようやくルフィと合流。看守たちは総崩れになり…。

囚人たちを解放しながら戦いを繰り広げるルフィたち。LV２から脱獄しようとするバギーたちは、マゼランの毒によって閉じ込められ、手も足もでない。そのマゼランがLV２を制圧してまもなく合流すると聞き、元気を取り戻すハンニャバル。そのころLV1では、黒ひげ一味とシリュウが対面していた。

大混乱に陥ったインペルダウン。ルフィは一気にLV３へ突入しようとするが、ハンニャバルの包囲網により阻止されてしまう。ハンニャバルは自ら、薙刀・血吸をふるってルフィを攻撃してきた！　だが、ギア２を発動したルフィにジェットガトリングを浴びせられる。それでもハンニャバルは、あきらめようとしない！

LV３への突入をめざすルフィたちの前に、七武海の黒ひげ・ティーチが現れた。挑発されたルフィは、怒りに燃えてＪＥＴピストルを放つ。ところが、ティーチの闇水によって捕らえられ、手も足も出ないまま床へと叩きつけられてしまう。勝ち誇るティーチは、自分の能力を明かす。立ち上がるルフィは…。

マゼランはドクドクの実の能力で、黒ひげ・ティーチを仲間もろとも一網打尽、全速力でルフィの後を追う。イワさんは、イナズマに階段をはさみで切り裂かせて退路を断つと、自分ひとりでマゼランを食い止めようと、身動きひとつせずに近づいてくるのを待つ。そして、オカマ拳法の奥義が炸裂する！

ルフィたちは正面入口を目指すが、マゼランに追いつかれてしまった。ルフィはマゼランに飛びかかろうとするが、ボン・クレーに止められる。まもなく、マゼランのヒドラが攻撃してくるが、Ｍｒ.３が分厚いロウで壁をつくり、毒を防ぐことに成功！　ルフィはＭｒ.３と協力してマゼランと戦うことを決意する。

ジンベエの作戦で、軍艦へ突入したクロコダイルたち。海兵たちは総力をあげてクロコダイルとＭｒ.１を海へ放り出そうとするが、海中から放たれたジンベエの槍波に軍艦を破壊され、度肝を抜かれる。ルフィはマゼランと激闘を繰り広げる中、ついにマゼランに一撃を入れる。囚人たちも一気に襲いかかるが…。

海に逃れたルフィたちは、ジンベエ鮫の群れに助けられ、どうにか軍艦にたどり着く。イワさんは、毒にやられて瀕死のイナズマの治療に取りかかる。その頃、マゼランは、海軍に船を回せと指示を出していた。自ら軍艦に乗りこみ、ルフィを追撃開始！　逃げるルフィたちの前には、閉ざされた正義の門が立ちはだかり…。

ついにインペルダウンからの脱獄を果たしたルフィ。そのころ、マゼランの毒で倒れた黒ひげは、シリュウの解毒剤で九死に一生を得ていた。二人は裏で手を組んでいたのだ！　ジンベエが王下七武海だったと知り、ルフィはその強さに納得。宴の真っ最中だったバギーたちは、行く先が海軍本部だと聞いて騒ぎ始める。

空島・ウェザリアに飛ばされたナミは、ハレダスと共にシャボンディ諸島へ向かっていた。いっこうに近づく様子はなく、ナミはしびれを切らすが、ハレダスは台風でも来ない限り一気に進むのは無理だと答える。焦るナミに、ハレダスは意外なことを提案する。それならば、下へ降りてみようと言うのだ。

乙女の心を持つ男だけの島・カマバッカ王国では、サンジが必死にオカマたちから逃げ回っていた。無駄に強いオカマたちは、撃退することもままならない。巨大な鳥に支配された島・トリノ王国では、チョッパーも島民たちや巨大な鳥から追われて逃げ回っていた。チョッパーは偶然、巣から落ちた雛鳥を見つける。

橋の上の国・テキーラウルフで、囚われの身となって拷問を受けるロビン。看守たちは、ロビンが革命軍について何か隠していると思い込んでいた。ボーイン列島では、ウソップが人喰いヒマワリに追いかけられていた。森の勇者・ヘラクレスに助けを求めるが、人喰いヒマワリごと攻撃されてしまい…。

重傷のゾロはシッケアール王国の跡地に飛ばされ、一足先に島に来ていたペローナに手当てを受けていた。ゾロをこき使おうとするペローナだが、まったく話が噛み合わない。貧困の国・ハラヘッターニャで黒魔術の儀式に遭遇したブルックは、悪魔王サタンに間違われていた。翌朝、ブルックが目を覚ますと…。

数々の試練を乗り越え、インペルダウン脱出に成功したルフィ。連れ去られた兄・エースを救出するために海軍本部を目指していたが、思っていたよりも時間がかかり、公開処刑の時はすぐそこまで迫っていた。船首にたたずむルフィは、ジンベエにエースとの思い出話を懐かしそうに語り始める。

エースの公開処刑が刻々と迫る中、ルフィを乗せた脱獄船は海軍本部を目指して突き進んでいた。一方、海軍本部では、ジンベエと黒ひげを除いた王下七武海の５人が召集され、静かに来るべき時を待っていた。正義の士と呼ばれる大将・赤犬も到着。これで海軍本部には、三大将も勢ぞろいする！

マリンフォード「海軍本部」の処刑台へ続く長い階段を、促されるままにエースがのぼる。白ひげが彼を助けに敵の真っ只中に現れるのか、世界は注視していた。エースの脳裏に、ルフィと自由を誓い合った少年の日の思い出が浮かぶ。

エースはロジャーの息子。センゴクの発表は、全世界を震撼させる。この処刑には、次世代の海賊王の首を取る意味があったのだ。ガープは、獄中のロジャーに産まれ来る子を頼まれた日のことを思い出していた。子を宿していたのはルージュ…。

白ひげ海賊団は、コーティングした船でマリンフォードの湾内に現れた！　ついにその姿を見せる白ひげ！　エースがドーン島を出て、スペード海賊団を旗揚げして名を上げ、ジンベエと戦い白ひげと出会った日々が甦る。

仲間のサッチを殺した黒ひげを追おうとしたエースを、白ひげは止めた。だが、目の前のオヤジは「行けと言った」と言い切る。仲間を傷つけた海軍に啖呵を切る白ひげ海賊団！　怒号を受け止めたのは、三大将と王下七武海だった。

処刑台のエースを巡り、マリンフォードは海軍と白ひげ海賊団の全面戦争に突入した。ミホークが黒刀“夜”を白ひげに一振り！　その斬撃を“ダイヤモンド”ジョズが受け止め、黄猿の放つ光弾“八尺瓊曲玉”をマルコが遮る！

白ひげ海賊団傘下のリトルオーズJr．が現れ、エースを死なせないと突き進む。超巨体で海軍船を持ち上げ、投げつける！　猛者達のあまりのすさまじい激突に、コビーは自分の無力さを痛感。海軍の巨人部隊がオーズJr.に挑む！

くまの“熊の衝撃（ウルススショック）”を受け、ドフラミンゴに右足を切られたオーズJr.は、モリアの“角刀影”に貫かれて倒れる。エースまですんでの所に迫りながら…。遂に逃げ出すコビーだが、赤犬が戦闘を放棄する海兵を手に掛けるのを見る。

大戦争の真っ只中に、船ごと空から降って来たルフィたち！　海からジンベエに救い上げられたルフィは、エースを求めて走る！　全力で走る！　そして処刑台の上にエースの姿を見つける。二人は互いの名を呼び合う！

海賊王になるのはおれだと白ひげに言い放ったルフィは、エースの処刑時刻が早まるのを伝える通信を聞いたと教える。エースへと一直線に走るルフィに、白ひげ海賊団のジョズやジル、ジンベエやイワンコフらも続く。

戦いが激化し、自分の為に仲間達の血が流れるのを見てエースは苦しむ。斬られながらも迷わず走るルフィを見て、苦しみは深まるばかり。心情を察するガープに、もうジタバタしないとエースは言うのだった。その頃、白ひげは…。

ハンコックからエースの手錠の鍵を渡されたルフィは、彼女を強く抱きしめる。先を急ぐルフィが離れると、倒れ込むハンコックは、これが結婚!?…と、ウェディングドレスに身を包んだ二人の結婚式を妄想するのだった。

行く手を阻むミホークの強さを知るルフィは戦いを避けるが、彼の斬撃からは逃れられない！　そこへジンベエが割って入り、ミホークの相手を買って出る。ジンベエを氷の下へ弾き飛ばしたミホークは、ルフィへ容赦なく黒刀を振るう！

マリンフォードでのエースを巡る戦争の開戦より、およそ1時間半を経た頃、海軍が大きく仕掛ける。王下七武海であるくまと同じ姿の人間兵器パシフィスタを、湾頭に複数投入したのだ。海軍とパシフィスタが、白ひげを挟み撃つ！

白ひげ傘下の海賊スクアードが、大剣で白ひげの土手っ腹を貫く！　ルフィたちが凍りつく中、スクアードは叫ぶ。白ひげとセンゴクの間では既に話がついており、傘下の海賊の首と引き替えにエースは助かる事になっていると叫ぶ！

白ひげがモビー・ディック号から降りると、エースへと動き出す。勢いづき一気に駆け込むルフィ達に対し、海軍は退き、湾を囲む包囲壁を作動。出現までの時間を稼ぐため、ジョン・ジャイアントが白ひげの前に立ちふさがる！

赤犬が流星火山が、青雉が凍らせた海を溶かし、海賊達の足場を奪っていく！　姿を現した包囲壁は、白ひげの拳にも耐える！　流星火山は降り注ぎ続け、モビー・ディック号を炎に包み焼き尽くす。

包囲壁を越えたルフィは三大将をすり抜け、エースのもとへと急ぐ！　だが、黄猿がそれを蹴り返し、センゴクが遂にエースの処刑執行を命じる。その首に大刀が振り下ろされようとする瞬間、執行人が弾け飛ぶ！　意外にもクロコダイルの仕業だった！

包囲壁の先、処刑台間近の広場へ降りた白ひげを、青雉が阻む！　そこに“ダイヤモンド”ジョズが割って入り、エースのもとへと進む手助けをする。ルフィはモモンガらからの攻撃を受け、黄猿にさらに蹴り返されるが、白ひげがそれを受け止める。

エースに迫ったマルコをガープが殴り返し、海賊達がどよめく。白ひげが赤犬と戦い、海賊と海軍がさらなる交戦を続ける中、エースは戦場にあふれる自分への思いに打たれ、嬉し泣きの涙を流す。

イワンコフにテンション・ホルモンを施され立ち上がったルフィは、代わりの処刑人が就いたエースのもとへ走る！　イワンコフの援護も受け無数の海兵を倒して突き進むルフィに、彼を慕いながらも立場は真逆の曹長・コビーが挑む。

二度目の処刑執行を妨げたルフィの“覇王色”の覇気に、白ひげやその隊長たち、三大将やガープも驚く。それを無意識に放ったルフィ本人は、一直線にエースのいる処刑台へと走り続ける！　白ひげはルフィを全力で援護するよう叫ぶ！

イワンコフの髪に潜んでいたイナズマが、“チョキチョキの実”の能力で作った処刑台への架け橋。駆け上がっていくルフィの前に、ガープが立ちはだかる！　ルフィの祖父でありながら海軍本部中将。これまでの歳月が脳裏を巡る中、両者が激突する！

遂にルフィがエースを解放した！　絶対不可能な願いを、兄への思いと鍛え抜いた力で叶えてしまったのだ。メラメラの実とゴムゴムの実、無敵のコンビ攻撃が海兵たちに炸裂する！　二人は海へと走る。少年だったあの日に走ったように。

白ひげは一人残り、全員に逃げるよう最後の船長命令を下した！　覚悟を感じながらも動けないエース。やがて膝をつきながら頭を下げるエース。彼の背中に刻まれた自分のマークを見ながら、白ひげは問う。おれが親父でよかったか、と。

ルフィをかばったエースの体は、赤犬によって貫かれた。白ひげ海賊団の集中砲火も、マグマグの実を食べたマグマ人間には効かない。エースにもう一撃と振りかぶる赤犬を止めようとする白ひげも、黄猿の攻撃を受けてしまう…。

エースが息絶えて倒れ、ルフィは号泣。白ひげ海賊団も傘下の海賊達も涙する。映像電伝虫が“海賊王”の子の死を映し出す。モチベーションを失い、ルフィは完全にフリーズ。迫る赤犬！　その背後に白ひげが立ち、殴りつけた！

いつの間にか処刑台にいた黒ひげ海賊団！　仲間殺しの黒ひげを息子とは呼べないと、白ひげがケジメをつけに行く。黒ひげもヤミヤミの実の能力を解き放つが、敵わない。そこへ黒ひげ海賊団の一斉攻撃が浴びせられる！

映像電伝虫が白ひげの死も伝え、大ニュースは瞬く間に世界中へ。レイリーが涙を浮かべ、バギーが逃げ出す中、黒ひげは立ち往生の白ひげと一枚の布に納まる。ジンベエが抱えて走り船へ近づくルフィを、赤犬は逃がさない！

白ひげのグラグラの実の能力も手に入れた黒ひげの試し打ちで、海軍本部が崩壊した！　さらにマリンフォード全体を沈めようとするのを、ヒトヒトの実モデル“大仏”の能力全開のセンゴクが、絶対に阻止せんと立ちはだかる！

ジンベエが抱える無意識のルフィを赤犬が追い、それを白ひげ海賊団の隊長達が阻む。海兵がさらに投入され、海賊との戦いは止まない。黒ひげとセンゴクの衝突も続く。エース処刑が果たされた後も奪われ続ける命。コビーは悲しみに苦悩する。

戦争を終わらせにシャンクスが現れた。赤犬にやられた際にルフィが落とした、麦わら帽子を手に。それは元々、10年前にシャンクスがルフィに預けた物…。想い出が脳裏をよぎり、一目会いたいと思うルフィ。だが、今会ったら約束が違うもんなと呟く。

センゴクが叫んだ戦争終結は、海軍本部の「勝利」として世界中に広まる。人々は歓喜し、海賊達は白ひげなき世界へ動き出す。崩壊した海軍本部を前にするセンゴクには、黒ひげがインペルダウンでいかにして仲間を募ったかが報告される。

マリンフォード頂上戦争で白ひげを倒し、完全勝利した海軍。だが、それを恐れない海賊が各地で暴れ、四皇の一人であった彼が制していた土地を奪っていく。ローの手術を受けるも未だ目覚めないルフィは、政府から逃れるため、女ヶ島へ運ばれる。

食糧が底をついたサウザンドサニー号が、嵐に流されてたどり着いたハングリラ島。そこでルフィは、美食屋のトリコと出会う。ルフィと上陸したナミたちも、料理人の小松やバトルウルフのテリークロスと冒険！　そんな中、ナミと小松がココアラにさらわれてしまう。ルフィたちは全力で後を追う！

ルフィの故郷フーシャ村の裏に、人々が立ち入ろうとしないコルボ山があった。10年前、シャンクスに憧れ海賊王を夢見てしまったルフィを、ガープは山賊ダダンに育てさせることに。そこにはガープが先に預けていたエースがいた。

ルフィが友達になりたい一心でエースを追うと、ゴミの山「不確かな物の終着駅」に出る。エースはチンピラから大金を奪い、「中間の森」で親友のサボと合流。ルフィも追いつく。そこへチンピラの兄貴分ポルシェーミがやって来て、ルフィが捕まってしまう。

大金のありかを決して言わないルフィに心が動いたエースとサボは、ポルシェーミに殴り込みをかける！　サボがルフィを助けて逃げようとするが、エースは一度向き合ったら逃げないと、ポルシェーミの前を離れない。サボも立ち向かう！

ポルシェーミの一件以来、ルフィはエースとサボに受け入れられ、三人はコルボ山で力を競い「ゴア王国」へ入り駆け回っていた。するとサボが街で声をかけられる。それは彼の父、サボは貴族だったのだ！　エースは親友に不信感を抱く。

相変わらず三人は大暴れ。彼らを預かるダダン一家に心休まる時はなく、さらにガープが顔を出せば、騒動は一層激しくなるのだった。ガープにしごかれる三人の方も命の危険を感じ、ダダンへ「どくりつする」と置き手紙を残して出て行く。

秘密基地を作って生活するようになった三人に、冬が訪れる。海へ出る時は船長！と譲らない三人は、大虎を仕留めた者がなれると戦うことに。現れたのは熊だったが挑み、大ピンチ！　突進する猛獣を止めたのは、年老いたナグリだった。

大虎と戦うも、まだ仕留められないエースとサボ。ナグリのもとで海賊修行をする事にしたルフィは、木を切って足腰が鍛えられ、ゴムゴムの技をずいぶん使えるようになっていた。そしてナグリはエースに、自分が見た海賊王について話す。

秘密基地で嵐を乗り切り、絆を深めるエースとサボとルフィは、傷んだ所を修理する材料を拾いに出る。そこを狙っていたブルージャムはサボを取り囲み、依頼者の貴族であるサボの父に引き渡す。サボはエースやルフィと引き離されてしまう。

天竜人も乗る世界政府の視察団が来るのを機に、「不確かな物の終着駅」を暮らしている人ごと燃やそうと王族と貴族が企てていると知ったサボだが、父に捕まりエースとルフィに伝えられない。そして夜、ブルージャムの手で火事が起こされる。

ゴア国王にだまされ町へ入れないブルージャムは、エース達の財宝を狙い、燃えさかる炎の中を襲い来る！　ダダンが割って入り救われるエースだが、彼は逃げない！　部下にルフィを連れて行かせ、ダダンはブルージャムに挑むエースに付き合う。

世界政府の視察団が来る日、サボは海賊旗を掲げて船出した。しかし下々民の船が艦の前を横切ったと怒る天竜人・ジャルマック聖はサボへ砲撃し、さらにとどめの一撃を浴びせる。その頃、エースとダダンが生きて帰ってきた。

天竜人・ジャルマック聖がサボを撃った。その一部始終を見ていたドラゴンはその夜、ゾロが修行するコウシロウの道場がある港村に停泊する、革命軍の自分の船へ戻る。エースとルフィは、サボの面影をとどめながら成長していく。

シッケアール王国跡地でヒューマンドリルの群れに苦戦するゾロに、ミホークが歩み寄る。チョッパー、ナミ、ウソップ、サンジ、ロビン、フランキー、ブルックも、それぞれの場所で新聞等からエース絶命を知り、ルフィを想う。

女ヶ島にレイリーが一人で泳ぎ辿り着く。彼はジンベエにおぶられたルフィと再会を果たす。くまの告白、シャッキーのハンコックがルフィに恋したとする女の勘が、レイリーの推察に答えを出したのだ。レイリーはルフィに、ある提案をする。

新聞でエース絶命を知りルフィを思うナミは、三日後にサニー号でとシャボンディ諸島で交わした約束を果たすため、空島・ウェザリアからの脱出を図る。フランキーもバルジモアを出る砕氷船を求め、Dr.ベガパンクの研究所へ侵入する。

ゾロが飛ばされたシッケアール王国跡地は、ミホークの住処だった。彼からエース絶命を知り、ゾロもシャボンディ諸島へ戻ろうと懸命になる！　ハラヘッターニャで手長族の襲撃に立ち向かうブルックも新聞を読んでいた。

ルフィは軍艦を乗っ取り再びマリンフォードへ。トリノ王国から鳥の背に乗りシャボンディ諸島へ急行するチョッパーは、ルフィが起こした事件の記事を見て驚く！　ロビンは微笑み、イワンコフに敗れた後のサンジは息を呑む。

マリンフォード「海軍本部」の議事の間では、ブランニューが一同を前にルフィの引き起こした事件を説いていた。数日前、復興中のマリンフォードに突如現れ、レイリーやジンベエとやってのけた、その行動の一部始終が描かれる。

再びマリンフォードに乗り込み「16点鐘」を行ったルフィの新聞記事が、世界中を駆け巡り、不可解な行動にバギー、ビビ、クロコダイルがその写真を見つめる。シャボンディ諸島ではデュバルが、残されたサニー号を律儀にずっと守り抜いていた。

ローは時期を待ち、ドレークとアプーは新世界に分け入り、ボニーは黒ひげに捕らえられ赤犬に引き渡された。「赤い土の大陸」の聖地マリージョアでは、ドフラミンゴが帽子の幹部に、マリンフォードでモリアが消えたと報告する。

新聞記事の写真を通じて伝えられたルフィのメッセージを理解したナミは、度重なる脱出をもくろんでいた小さな空島ウェザリアに残ることにする。フランキーも理解して、Dr.ベガパンクが「兵器的」発明をしていたもう一つの研究所に住み込む。

ブルックは見世物として手長族に捕らえられるが、ルフィのメッセージを理解して前向きになっていたため、エレキギターを掻き鳴らし集まった観衆へ一曲披露する。すぐに理解したロビンは、ドラゴンの部下である革命軍とバルティゴへ向かう。

２年後に魚人島で会う約束をして、ジンベエはルフィのもとを離れる。レイリーはルフィに修行を施す過酷な無人島・ルスカイナへ直行。ハンコックとも別れたルフィに、レイリーは巨大な象を相手に覇気を教える。２年後に向けて！

マリンフォード頂上決戦から２年、海賊を休み、覇気を自分のものにする修行を重ねたルフィが、再び麦わら帽子をかぶる。また始まる冒険！　それぞれに成長した麦わらの一味が、シャボンディ諸島に姿を現す。

シャボンディ諸島では、見せかけ…も微妙な子供たちが、麦わらの一味になりすまして大いばり。チョッパーは出会った仲間がニセ者とは分からず着いて行く。ニセルフィにからまれ銃を突きつけられたルフィは、覇気でそれをあしらう。

海底にある魚人島への航行を可能にするコーティングを終えたサニー号。ロビンが行くと、自己改造をさらに進めたフランキーがいた。ソウルキングとなったブルックはライブ中。ニセ者たちの薄情さに、チョッパーはひとり飛び出す！

ニセルフィが、本物とは知らずにルフィたちへ仕返ししようと、募っていた仲間を集める。その数100人！　電伝虫で報告する海兵をカリブーが発見。ルフィはニセ者に着いて、その場に来てしまう。その頃、ブルックのライブ会場に海軍が突入する！

ブルックはシャクヤクが手配した「人生バラ色ライダーズ」のトビウオに乗って、海軍が突入したシャボンドームから脱出。ニセルフィの大集会にも海軍が斬り込み、二体のパシフィスタを連れた戦桃丸が、本物のルフィを見つける！

麦わらの一味に迫る海軍を、レイリー、ペローナ、ハンコック、ヘラクレスン、ハレダス、トリノ王国の鳥・エリザベスたちが妨げる。おかげで一味を残らず乗せたサニー号は、魚人島へ向けて出航！　帆を張り、海底へと進んでいく。