スリラーバークを出た麦わらの一味は、ドランが支配人を務めるリゾート船のスパアイランド号で羽根を伸ばしていた。そこへかつて一味にデービーバックファイトを挑んできた、フォクシーが現れた！

フォクシーの狙いは、宝石を作る発明が書かれた手帳を持つサヨとリナの姉妹。黒幕だったドランはサヨをさらう。「この船ブッ壊すか」。ルフィに賛同した一味の技が、スパアイランド号に炸裂する！

ウォーターセブンを出る時から記録指針（ログポース）が指していた、海底の楽園・魚人島にサニー号は進む。数々の冒険が記された航海日誌を読んだブルックは、麦わらの一味にふさわしい男になろうと気負う。

遊蛇海流を切り抜けたサニー号は、赤い土の大陸（レッドライン）の前に着く。一味は世界を半周したのだ！　記録指針が真下を指したまま動かないため、サブマージ３号で深海を探るが、魚人島への進路は分からず…。

深海から上がって来た海兎の口から飛び出した、人魚のケイミーとヒトデのパッパグ。ルフィたちは魚人島から来た二人に行き方を教えてもらう代わりに、囚われた彼女達の友人・はっちんの救出に乗り出す。

はっちんが囚われているトビウオライダーズのアジトへ、サニー号は急ぐ。艦の中にいたはっちんは、アーロン一味だったはっちゃんのことだった！　麦わらの一味が救出を止めたため、ケイミーとパッパグは海へ飛び込む。

ナミがはっちゃんを許し、麦わらの一味と「トビウオライダーズ」は全面衝突！　ゾロが艦を斬り、はっちゃんは自由に。ルフィは、ヘッドのデュバルの部屋に突入し、鉄仮面に隠された素顔を見る。

サンジの似てない似顔絵の手配書にそっくりなデュバルを、サンジは蹴る！　海軍本部や賞金稼ぎに追われる逆恨みで、ナミまで危険にさらしたからだ。反撃するデュバルは、サンジを海に引きずり込み…。

魚人島は赤い土の大陸を抜けて新世界へ出る、海底ルートにある。ルフィたちは、サニー号が海中を航海できるようになるコーティングをしてもらうため、シャボンディ諸島に上陸。はっちゃんの知る、コーティング職人に会いに行く。

シャボンディ諸島には、シャボン玉状の特殊な天然樹脂を活用したユニークな文化が根付いている。快適なチャボンチャリを気に入ったルフィ。そこに、首輪をした海賊が助けを求めて現れた。首輪は爆発！　人々は近くに天竜人がいると感じて緊張する。

襲い来る賞金稼ぎを難なく倒すルフィたち。そうして、諸島の中でも政府の目の届かない、無法地帯に入っていく。コーティング職人のいるＢＡＲに着いたはいいものの、店主のシャクヤクがいるだけ。職人のレイリーは、半年前から留守にしていた。

レイリーを探しにＢＡＲを出たルフィ達は、遊園地・シャボンディパークへ直行。観覧車に乗るのが夢だったケイミーは興奮する。だが、ルフィ達に人魚が同行していたとの情報を得ていたピーターマンが、ケイミーをつけ狙っていた！

ケイミーがいなくなった！　サンジに呼び出された「人生バラ色ライダーズ」を率いるデュバルは頼もしく、諸島に散らばったルフィ達をピックアップし、ケイミーを誘拐したチームを洗い出す行動に移る。トビウオが飛ぶ！

人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！

オークションハウスに先に着いたナミたちは、いま手元にある２億ベリーでケイミーを取り戻そうとスタンバイ。しかし“天竜人”チャルロス聖が、いきなり５億ベリーを提示！　そこにルフィとゾロを乗せたトビウオが突っ込んでくる！

ルフィがチャルロス聖をぶっ飛ばしたのをきっかけに、麦わらの一味は大暴れ！　ケイミーを救おうと、首輪の鍵を探す。会場にいた“億”超えの賞金首、キッドとローも見守る。そこにレイリーが姿を現し、“覇気”を使う。

ルフィが天竜人をぶっ飛ばしたことで、海軍本部の大将がやって来ることになる！　シャボンディ諸島の人々は騒然。世界政府の中心地・聖地マリージョアで頭を抱えるセンゴクに、黄猿が自分が出向くと名乗りを上げる。

天竜人救出に向けオークションハウスを包囲する海兵の大軍勢を、ルフィとキッドとローは、悪魔の実の能力を全開にして蹴散らす！　ルフィは二人に「ひとつなぎの大秘宝」は俺が見つけると宣言。三人の間に緊張が走る。

レイリーと逃げた麦わらの一味とケイミー達は、シャクヤクのＢＡＲへ戻る。そこでレイリーは“海賊王”ロジャーの海賊団で副船長をつとめていた過去を明かす！　そしてロジャーは海軍に捕まったのではなく、自首したのだと語り出し…。

レイリーが、魚人島への海中航海が可能なようにサニー号をコーティングする３日の間、麦わらの一味はＢＡＲを出て海軍から身を隠さなくてはならない。上陸した黄猿は大暴れ！　そしてルフィ達の前に現れたのは、くま…!?

次々とビームを撃ち込むくまを倒そうと、麦わらの一味は全力を尽くす！　一方、黄猿のところにも現れていたくまは、巨大化したウルージと格闘中！　見守るドレークはくまが本物ではなく、“パシフィスタ”であると見抜いていた。

キッドとローのもとにも送り込まれていたパシフィスタに、両海賊団は応戦。麦わらの一味は必殺技を連携して放ち、パシフィスタを破壊する！　だが、息が上がるルフィ達の前に、戦桃丸が新たなパシフィスタを連れて出現した！

キッド海賊団とローが率いるハートの海賊団も必殺技を放ち、パシフィスタを破壊する！　逃げると決めた麦わらの一味だが、遂に現れた黄猿がゾロにとどめを…!?　だが、その寸前、レイリーが飛び込んで黄猿の蹴りを止めた！

さらに現れた本物のくまに、消されたゾロ。しかも、ブルック、ウソップ、サンジまでもが、次々に消されていく！　くまは黄猿と戦うレイリーに耳打ちした後、フランキー、ナミ、巨大化して暴走中のチョッパー、ロビンも消してしまう！

記憶を取り戻したブルックは、悪事を行うスリラー商会へ単身乗り込むが、反対に捕まってしまう。一方、ブルックを案じるルフィ親分たちは、通りすがりの町娘ロビンの話からブルックを誤解していたことを知り、救出に向かう。そして、間一髪のタイミングで門をぶち破り、商会に突入。ゾンビたちを蹴散らしていく！