发生了足以烧毁城市的大灾害。在火焰中，失去了一切的年幼的卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救。之后被收为养子。

一晃十年过去了。卫宫士郎与已故的养父切嗣有一个约定。卫宫士郎为了可以成为“正义的伙伴”每天都在锻炼魔术。

有一天，因为一个偶然的机会他被卷入被称为“圣杯战争”的魔术师之间的战斗，与Servant之一的saber签订了契约。

圣杯战争是七个魔术师(Master)与被赐予的七位使魔(Servant)为了得到能实现手中之人愿望的圣杯，得到奇迹而互相残杀的争夺战。

卫宫士郎知晓了十年前的大灾难是圣杯战争造成的之后，为了不让那惨剧重演，他决定投身战斗。

街を焼き尽くす大災害で孤児となった士郎は、魔術師・衛宮切嗣に助けられ養子となる。そして十年後、平穏に暮らす士郎はふとしたきっかけから、あらゆる願いを叶えると言われる聖杯を巡る戦い｢聖杯戦争｣に巻き込まれ、魔術師として最強の使い魔(サーヴァント)セイバーと共に戦いに身を投じることとなった。