Quando Edward e Alphonse incontrano un capo religioso che sostiene di compiere miracoli, si convincono che possa avere la pietra filosofale.

Edward e Alphonse discutono per decidere se rivelare la verità che si nasconde dietro i miracoli di Cornello, rischiando di rovinare la vita degli abitanti della città.

Ed e Al sono fermamente decisi a riportare in vita la madre, che durante i terribili anni della guerra era il loro pilastro e la loro forza.

Sulle tracce di un personaggio importante della loro infanzia, Ed e Al si ritrovano in una città infestata da una donna fantasma.

Ed e Al salgono su un treno diretto a Central City e presto si trovano a dover difendere i passeggeri, compreso il generale Hakuro, dai terroristi.

Arrivati a Central City, Ed e Al si trasferiscono nel palazzo di Shou Tucker, l'Alchimista Intreccia-Vite, e iniziano a prepararsi per l'esame di alchimia.

Diventato un Alchimista di Stato ufficiale, Ed esamina gli esperimenti di Tucker sulle chimere e si accorge che c'è qualcosa di inquietante.

Un disincantato Ed rinuncia alla posizione di Alchimista di Stato, mentre Winry arriva in città, rischiando di diventare la prossima vittima del serial killer.

Ed e Al hanno il compito di ispezionare una piccola colonia mineraria e scoprono che gli abitanti vengono pesantemente tassati da un tiranno e dal suo Alchimista.

Nel tentativo di evitare un incontro con Mustang, Ed e Al finiscono in una piccola città e si trovano coinvolti nella caccia a una Robin Hood in gonnella.

Ed e Al si recano a Xenotime nella speranza di trovare la pietra filosofale, ma si imbattono solo in due ragazzi che stanno fabbricando una strana acqua rossa.

Ed e Al scoprono una cospirazione che vede implicato il padre dei fratelli Tringham, il suo coinvolgimento con l'acqua rossa e con l'epidemia che ha colpito Xenotime.

Ed fa rapporto a Mustang a East City, dove le voci sul dottor Marcoh e sulla pietra filosofale portano a un duello fra Ed e il colonnello.

Mentre Envy si trasforma in Cornello, Ed e Al trovano Marcoh e apprendono del coinvolgimento della pietra nell'insurrezione di Ishbar.

Mentre l'Alchimista Nerboruto li difende dal caos circostante, Marcoh rivela agli Elric le terribili atrocità del massacro di Ishbar.

Mentre Marcoh ha un incontro fatale con Lust, Armstrong e i fratelli Elric vanno a Resembool ed Ed ha uno scatto d'ira quando perdono Al.

Mentre si riposa a Resembool in attesa delle riparazioni, Ed visita la tomba della madre e Al si mostra molto preoccupato per i ricordi che stanno sbiadendo.

Ed e Al devono cercare un'altra biblioteca dove trovare il libro di Marcoh, dopo che Lust, Gluttony e Scar hanno bruciato e raso al suolo la First Branch Library.

Ed e Al rimangono inorriditi quando scoprono il materiale principale della pietra filosofale, ma proseguono l'esplorazione di un laboratorio abbandonato.

Alcune avarie nell'armatura rendono difficile per Ed e Al il confronto con delle anime torturate collegate a corazze vuote.

Barry dà il via a una serie di esplosioni che liberano inavvertitamente Greed e gli altri prigionieri, mentre Tucker ritorna dal mondo dei morti con una nuova forma.

Assumendo le sembianze di Basque Grand, Envy raccoglie ilmateriale umano necessario a creare la pietra, mentre Maes Hughes salva ifratelli Elric dal Laboratorio 5.

Alphonse scappa e si trova faccia a faccia con Scar, che si nasconde fra i rifugiati di Ishbar, perseguitati dai mercenari.

Quando Ed e Al mettono Winry sulle tracce di Scar per saperne di più sulla pietra, scoprono che esiste un legame fra il Laboratorio 5 e la guerra di Ishbar.

Quando Ed, Al e Winry arrivano a Rush Valley per recuperare gli automail, Mustang è convinto che il responsabile della morte di Hughes sia un alto ufficiale.

Edward e Alphonse temono per la loro vita quando si trovano davanti la loro ex insegnante, Izumi Curtis, che li riporta a Dublith.

Izumi lascia Ed e Al sull'isola di Yock, dove li ha trovati la prima volta, per dare loro una lezioni di vita e invitarli a riflettere.

Edward e Alphonse scopre che il ragazzo trovato sull'isola di Yock è al tempo stesso un alchimista, un homunculus e un trasformista.

Mentre l'esercito cattura il misterioso ragazzo dell'isola di Yock e lo mette in carcere, Yoki riesce a individuare Scar fra un gruppo di ishbaliani.

Envy si traveste da Bradley e strappa il piccolo homunculus a Izumi. Intanto il ragazzo si ricorda del passato, dopo aver mangiato alcuni frammenti della pietra.

Izumi combatte con Ed e Al contro Wrath, un nuovo homunculus che cerca i resti del corpo di Edward per diventare umano.

Quando Martel prende l'armatura di Al e lo porta al quartier generale di Greed, tocca a Izumi ed Edward correre in suo aiuto.

Con Ed, Izumi e Sig sotto la sua custodia, il tenente colonnello Archer reintegra Shou Tucker come Alchimista di Stato e ordina ai suoi uomini di dare la caccia a Greed.

Mentre Edward e Alphonse si dirigono verso Ishbar con Winry, Lust è seduta in un ristorante dove all'improvviso entra un uomo legato al suo passato.

Ed e Alphonse sperano di saperne di più sulla pietra filosofale dando una mano a un gruppo di rifugiati ishbaliani inviati nel profondo sud.

Mentre indaga su Mustang, il tenente Havoc ordina a Falman di trovargli una ragazza. Più tardi, Mustang si trova a indagare sul Deposito 13.

Dopo una violenta discussione fra Ed, Winry e Al, quest'ultimo s'imbatte in un volto familiare, mentre Winry decide di indagare sull'omicidio di Hughes con Sheska.

Kimblee viene nominato Alchimista di Stato e conduce le truppe a Liore, dove Scar sta scavando con una grossa pietra.

Il settimo e ultimo homunculs viene finalmente rivelato a Liore, quando Lust e Gluttony intervengono in uno scontro fra Edward e Scar.

Con l'aiuto della Santa madre Rose, Scar istruisce gli abitanti di Liore affinché evitino ogni forma di violenza in attesa dell'arrivo dei soldati in città.

Con Ed impegnato a soccorrere gli abitanti di Liore, Scar è l'unico in grado di aiutare Alphonse quando la sua armatura inizia a trasformarsi in un congegno esplosivo.

Mentre i fratelli Elric fuggono da Liore, Winry incontra uno strano individuo a Resembool, che le viene poi presentato come il padre di Ed e Al.

Mentre Hohenhelm della Luce affronta il capo degli homunculus, Lyra e Rose trovano una scala segreta all'interno di una vecchia chiesa.

Una storia complessa e ingarbugliata prende vita quando Van Hohenheim combatte contro Dante, leader degli Homunculus.

I due fratelli sono in pericolo, quando vengono separati, Ed ritorna a casa di Dante in cerca di indizi e Al incontra Shou Tucker.

Wrath è convinto che la sua vera madre sia Sloth, impegnata a combattere contro Shou. Intanto Ed si rende conto che Al è stato raggirato da Tucker.

Armstrong scatena una rivolta contro il Führer al confine settentrionale, mentre Ed e Izumi sfidano gli homunculus ancora presenti a Central City.

King Bradley torna a casa con un regalo per il compleanno del figlio, Edward incontra Russell in una chiesa abbandonata e Maria e Denny arrivano ad aiutare Izumi.

Edward Elric si ritrova oltre il Cancello durante la Prima guerra mondiale, mentre Roy Mustang affronta Pride, l'homunculus suo nemico.

Edward Elric si rende conto di dover compiere il sacrificio supremo se vuole riportare in vita suo fratello. Invece Hawkeye riesce a sfuggire ai suoi carcerieri.