男主角海神航，是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京，正是考试放榜的日子，航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩，一心想著胜利是理所当然的他，却发现榜上没有他的编号！原来是因为选错多项选择的答案了？于是学校考不上，而一直照顾航的管家，亦要离他而去！正当事情达到这样糟糕的时候，突然两神秘人出现，说恭喜航受推荐入读一间神秘学校，而该学校竟在一个神秘的岛上－－Promised Island......

航本来万分不愿意，但因毫无选择，只好出发，到了岛上，发现处处透著古怪，除了不断看到貌似管家的老人，扮成不同角色在航的身边出现外，最骇人听闻的是，十二位美丽可爱的女孩，先后出现，还自认是航的妹妹！就是这样，航就在这岛上，和十二个不同性格的「妹妹」住在一起，揭开他人生中最华丽的一页......

同时，另一位叫真深的女孩，冒认是航的第十三位妹妹，混入Welcome House中和航给妹妹们一起居住，藉以监察航的一举一动，她更时常和一神秘人作电邮通信，他们的目的是让小航回到毫无希望的东京。

《妹妹公主》是由日本美少女遊戲雜誌電擊G's雜誌舉辦的一個讀者參與計劃所誕生的作品，後被改篇為兩套動畫和多套遊戲等。原畫師為天廣直人，人物設定由公野櫻子負責。

第一次動畫化《妹妹公主》全26話。故事主要講述正在為入學試驗煩惱的主人公「海神航」被人從東京送到「普羅密斯島」(意為應許之島) 的學校讀書。在那裏偶遇12個妹妹的故事。

　第二次動畫化《妹妹公主Repure》全13話。與首部《妹妹公主》完全沒有關係。故事不再以「兄」為主軸，改為由十二位妹妹為故事中心，主要環繞各妹妹對「兄」的想法。而「兄」也不再是第一部《妹妹公主》的海神航。每話的上半段為劇情，而每話的下半段為各個妹妹的個人故事(與劇情無關)。劇情主要環繞「兄」與各個妹妹的關係。

Wataru Minakami was at the top of his class in middle school and had a pretty comfy life. But, when he unexpectedly fails his only high school entrance exam because of a computer glitch, his life is suddenly thrown into utter chaos! Jeeves, Wataru's trusted butler, sends him off to attend school on a mysterious island. Upon his arrival, Wataru. encounters many friendly, cute girls. This isn't a problem until he finds out they are all his sisters! For most kids, adjusting to life at a new school in a different town is tough enough. But for Wataru Minakami, high school will be the easy part!

Wataru Minakami, un jeune homme sans histoire, mène une vie paisible auprès des siens, jusqu'au jour où il rate des examens très importants. Son étrange majordome le pousse à se rendre à Promised Island afin de poursuivre ses études. Une fois arrivé sur l'île, Wataru fait vite connaissance avec plusieurs jeunes filles de son âge, qui s'avèrent être ses soeurs ! Ainsi, le fils unique aurait douze petites soeurs ! Comment sa nouvelle vie va-t-elle se passer ?

Minakami Wataru hat zwölf kleine Problemchen, beim Namen Karen, Sakuya, Hinako, Marie, Chikage, Yotsuba, Haruka, Rinrin, Mamoru, Aria, Kaho und Shirayuki. Alles seine jüngeren Schwestern.

Mal davon abgesehen, dass er die Hochschule seiner Wahl nicht besuchen kann, da er den Einstellungstest verhauen hat und jetzt auf eine Schule, die auf einer merkwürdigen Insel steht, gehen muss, hat er jetzt auch noch mit zwölf Problemchen zu Hause und in der Schule zu tun.

Alle Zwölf sind einzigartige Charaktere, die eine ist ein Kochfreak, die andere ist in Sachen Technik unschlagbar, wiederum ist die andere nach Sport süchtig - doch alle haben sie eins gemeinsam: sie lieben ihren großen Bruder über alles.

ある日突然妹が出来たら・・・。しかも、12人も。主人公・海上 航は、頭脳明晰の高校受験生。高校受験をするが、ちょっとしたミスで受験に失敗。悲嘆にくれる航。高校浪人と思いきやそこへ高校入学許可を告げる黒服の男 たちが登場。連れ去られる航。だがその目の前に12人の女の子たちが次々に現れて、一斉に｢お兄ちゃん｣と航を呼ぶ。

고교 입시 합격자 발표를 기다리는 많은 학생들의 등장으로 시작된다. 주인공인 미나카미 와타루도 그중에 한명의 학생. 평소에 넘버원으로 통하던 그는 고교 입시 합격을 자신만만하게 기대하고 있었다. 하지만 시험 정답을 밀려 쓰는 바람에 고고 입시에 낙방 하게 된다. 이제 모든것이 끝이라고 생각하며 집으로 돌아 오는데 정체 불명의 남자 두명이 다짜고짜 와타루를 트럭에 태우고는 어디론가 가버린다. 정신을 차린 와타루가 와있는곳은 바로 프리미스 아일랜드 라고 하는 테마파크가 있는 한 섬이었다. 정체불명의 두명의 남자는 와타루에게 호시미가오 카니시 학원이라는 곳에 추천 입학했다는 말을 하고는 사라진다. 섬으로 간 와타루는 실수로 바다에 빠지고 당황하던 순간 한 여자아이에게 도움을 받고, 여기서부터 무려 12명이나 되는 여동생들에게 둘러싸이는 시스터 프린세스의 이야기가 시작된다.

O estudante Wataru Minakami de 15 anos,falha o exame de entrada para a escola é levado a força pelos pais para a Ilha Prometida para estudar na Universidade Colina Star Gazer Oeste. No navio a caminho da ilha, ele conhece um novo amigo chamado Yamada e uma menina misteriosa com uma foto dele chamada Mamimi Yamagami mais conhecida como Mami. Chegando na ilha, ele conhece 4 garotas, mais tarde, chegando na mansão onde vai morar, encontra as 4 garotas lá e descobre que elas são irmãs dele, ele só não sabia que ele ainda tem mais irmãs para conhecer.Descobre então que tem doze irmãs que estão ansiosas por conhece-lo. Enfrenta então a decisão de voltar para a sua vida em Tóquio ou ficar na Ilha Prometida (Promised Island) com as suas irmãs.

Ватару Минаками провалился на вступительных экзаменах. Он так старался, он был так уверен в победе... он даже не попробовал подать документы в другие ВУЗы!.. и вот – бесславный конец. Ватару отвержен и одинок. Его соученики – студенты, а он неудачник.И тут он неожиданно получает рекомендацию в другую академию. Она находится на острове с претенциозным названием "Земля Обетованная", но Ватару сейчас не из чего выбирать. Он отправляется. Прибывает. И тотчас начинает знакомиться с прехорошенькими девушками самого разного вида и возраста: прелестная Карэн вытаскивает его из воды, соблазнительная Сакуя помогает купить одежду на смену мокрой, трогательно-неуклюжая Кахо подбадривает, и улыбается малышка Хинако. Не так уж плохо оказаться с ними на одном острове, в одной школе... как, и в одном доме?! Неужели все они – его сестры?.

Wataru Minakami era el mejor de su clase en la escuela secundaria y tenía una vida bastante cómoda. Pero, cuando inesperadamente suspende su único examen de ingreso a la escuela secundaria debido a un problema con la computadora, ¡su vida se ve repentinamente sumida en un caos total! Jeeves, el mayordomo de confianza de Wataru, lo envía a asistir a la escuela en una isla misteriosa. A su llegada, Wataru. Se encuentra con muchas chicas amigables y lindas. ¡Esto no es un problema hasta que descubre que todas son sus hermanas! Para la mayoría de los niños, adaptarse a la vida en una nueva escuela en una ciudad diferente ya es bastante difícil. Pero para Wataru Minakami, ¡la escuela secundaria será la parte fácil!