La historia comienza después de las vacaciones de verano. Grachi planea un encuentro romántico en el muelle con Daniel. Matilda y Diego son novios. El está feliz con sus poderes de Kanay, y Matilda muy triste por haber perdido los suyos. Mecha y Chema se reencuentran, están más enamorados que nunca. Mecha recibe la aplicación para ser una guardiana. Francisco es el nuevo director de Escolarium, y está de novio con Úrsula.

La ola gigante golpea a Grachi y Daniel. Los dos muy confundidos, se preguntan de dónde pudo salir. Justo aparece Mía. Grachi y Daniel se sorprenden porque los dos ya la conocen. Grachi siente curiosidad por Mía y Daniel desconfía de ella. Úrsula tiene los poderes de Matilda sin que ella lo sepa. Matilda está muy dolida por haberlos perdido y no quiere volver a la escuela por temor a no ser popular.

Grachi se molesta al ver a Mía y Daniel tomados de las manos. Mía se lanza un conjuro a sí misma. Daniel sospecha de Grachi y su magia. Mía le miente a Grachi y la hace pensar que no pudo controlar sus poderes, pero luego reconoce que ella lanzó el conjuro para ayudarla y la incita a decirle a Daniel. Matilda recibe una foto trucada de Grachi como líder de Las Panteras y decide volver a la escuela. Los terribles la bañan en harina y le toman una foto.

El conjuro de Mía rebota en la pulsera que tiene Daniel e impacta en Silvia. Mía y Daniel compiten. Silvia cae al agua y se va directamente al fondo. Daniel la rescata, Mía gana la carrera. Daniel le debe un favor. Mecha está lista para aplicar como guardiana. Los terribles buscan su cámara-sapo por todos lados. Diego los delata con Daniel. Rosa publica la foto de Matilda en su blog.

Mía hace que Grachi se robe los zapatos, pero un guardia las descubre. Corren y logran escapar. Chema se despide de todos, triste, y se va con sus papás. Matilda sigue decidida a no ir al colegio y "asiste" por videochat, en una laptop que las Panteras llevan por todo el colegio. Daniel se entera de que el hermano de Mía entrena a los Delfines y lo quiere conocer. Úrsula obliga a Grachi a cambiarle su hocico por nariz.

Diego y Rosa tienen una pelea por el blog de Rosa. Roberto y Luis están tristes por lo de Chema y porque extrañan a Melanie. Mecha y Francisco discuten por Chema. Leo le muestra a Valeria su invento: una pelota con truco. Matilda se ofende con las Panteras porque la "dejaron" (en realidad a la laptop con su imagen) olvidada en el colegio.

El clon de Grachi no hace caso y va al colegio. A Grachi se le sale decirle a Mía que Mecha quiere ser guardiana. Mecha aparenta no estar afectada por la partida de Chema. A Mecha le llega una misteriosa carta con condiciones para ser guardiana. Los Tiburones hacen una competencia para elegir líder cuando no está Daniel: gana Diego. Los clones de Grachi se salen de control y dejan a Francisco, Daniel y Mecha sin saber qué pensar.

Grachi Rebelde invita a Miguel al 7 y causa conmoción entre los Tiburones. Grachi original tiene que inventar una excusa. Mía intenta besar a Daniel, que termina en la piscina y sin poder salir, por un hechizo. Lo rescata Alejandra: hermana de los Forlán y nadadora profesional. Rosa encantada con los chismes de los clones de Grachi. A Leo le gusta Grachi y Los Tiburones lo resienten. Mecha junta sus cosas para aplicar a ser guardiana y descubre que Grachi se clona.

Las Chismorrosas sospechan que algo raro está sucediendo y mandan a Silvia a espiar a la casa de Grachi. Así comprueban que Grachi está en dos lugares al mismo tiempo. La Grachi original se entera de que Daniel y Mía estuvieron juntos en la piscina y se molesta un poco. Mecha le pide a Úrsula una carta de recomendación para ser guardiana, que le pone como condición que convenza a Matilda de volver al colegio.

Grachi original sigue encerrada en su cuarto con su clon dormilón. Leo convence a Los Tiburones de usar su pelota "de la suerte" mientras Valeria acciona un control remoto a la distancia. Los Tiburones ganan el partido sin saber que la pelota estaba trucada. Rosa le quita el control a Valeria y lo acciona, y en la playa todos notan que Los Tiburones hicieron trampa. Mecha rescata a Grachi del encierro.

Las Chismorrosas siguen investigando a Grachi y hacen un reportaje sobre el tema. Diego, irritado por el egoísmo de Matilda, le cambia todo su cuarto a uno de varón. Mía y Grachi tienen una guerra de hechizos. Matilda decide volver al colegio. Grachi reúne a sus clones y le confiesa la verdad a Daniel. Él se enfurece porque le mintió sobre los poderes. Mecha está triste porque piensa que no puede ser guardiana y Grachi esta triste por Daniel.

Grachi logra descongelarse y descongela a Mecha. Leo con su acelerador de partículas se descongela a él y a Valeria. Mía provoca una explosión en el laboratorio y parece que fue Grachi intentando arruinar el experimento de Daniel. A Rosa se le pierde el disco con la información sobre Grachi y sus clones. Matilda quiere recuperar su popularidad y ser buena. El profesor de química manda a Grachi a la dirección.

Conocemos a la nueva entrenadora de Los Tiburones, Alejandra, que es muy severa y estricta. Grachi miente a las Chismorrosas e inventa que su quintuplicación fue una acción publicitaria para el 7. Mía, con un hechizo, hace que Daniel le tire el batido a Grachi, enemistando a Leo con Daniel y burlando a Grachi. Pasan cosas extrañas en la casa de los Ezquivel. Luís y Roberto investigan y ven una sombra en la discorage.

Matilda, en plan de chica buena, ayuda a Grachi a sacarse a Miguel de encima. Miguel se va muy ofendido. Las Brujas del Consejo, al ver que Mecha no puede con Mía, le preguntan si quiere ser guardiana o no. Mecha decide insistir con Mía. El guardia de la tienda donde robaron Grachi y Mía llega a la oficina de Francisco, le informa del robo de los zapatos y reconoce a Grachi en una foto.

Francisco encuentra los zapatos robados en el cuarto de Grachi y ella no sabe que decir. Matilda acusa a Grachi de mentirle y robarle sus poderes y Grachi la deja muda con un conjuro. Úrsula le devuelve la voz, pero ahora Matilda tiene voz ronca, como de hombre. Grachi le devuelve la voz normal a Matilda y esta se reconcilia con Diego. Los terribles arman una trampa para atrapar al fantasma de la Discorage.

Daniel y Leo discuten por sentarse junto a Grachi. Daniel se sienta con Grachi pero Mía no soporta verlos juntos. Entra Francisco y pide que la otra chica que robó los zapatos hable con él a solas. Mía dice, frente a todos, que la única ladrona fue Grachi, entonces amenazada por Mía, Mecha dice que robó los zapatos con Grachi, por lo que Daniel se molesta mucho.

Mía besa a Daniel y le pasa su tatuaje-araña. Las Panteras planean empapelar Escolarium con un afiche buscando otra integrante. Leo ayuda a Rosa con uno de sus inventos y descubren que fue Mía quien robó los zapatos. Rosa y Leo abren el locker de Mía y una telaraña enorme los atrapa junto a Mecha y Grachi.

Por la noche, Daniel tiene pesadillas con arañas, mientras el tatuaje se mueve en su cuerpo. Al día siguiente, Daniel trata muy mal a todo el mundo. Hay algo oscuro en él. Daniel está muy frío con Grachi y le dice a que es novio de Mía. A Grachi le rompe el corazón verlo tan cerca de Mía. Luego, Chema y Mecha se encuentran. Mecha está muy distante con él pero Los Tiburones lo reciben felices.

Matilda le dice a Las Panteras que será amiga de Grachi por interés, pero para evitarlo, Dotty le hace creer que sus poderes regresaron. Mecha le confiesa a Grachi que es aprendiz de Guardiana y que debe cuidar a Mía, entonces las Brujas del Consejo llaman a Mecha y la regañan por contarle todo a Grachi. Después, Chema le cuenta feliz a Daniel que puede volver a la escuela y Daniel le dice que no le importa para nada. Diego ayuda a Dotty para hacerle creer que tiene poderes.

Katty se suma al plan de Dotty y le hacen creer a Matilda que tiene poderes, finalmente Úrsula las descubre. Más tarde, Daniel se tira a la piscina a competir con Miguel sin la autorización de Alejandra y termina suspendido. Al llegar a su casa le pide de malas maneras a Chema que se vaya del cuarto. Chema abandona el cuarto de Daniel. Los Esquivel se asombran porque Chema durmió en la discorage, Chema no acusa a su primo.

Chema y Katty estudian juntos, los dos cada vez más cerca. Melanie vuelve a casa, todos están listos para festejar cuando se dan cuenta que Daniel no fue a recibirla. Más tarde, Melanie entra al cuarto de Daniel emocionada, pero él la saluda muy distante y grosero. Después, Grachi reúne a Mecha, Matilda y Diego para que la ayuden con Daniel, dice que es evidente que está hechizado.

Las Panteras llegan para hacer una pijamada al cuarto de Matilda, se disculpan por haberla engañado. Después, Leo le dice a Grachi que está trabajando en unos lentes para ver alteraciones y conjuros. Al otro día, Grachi reconoce que lanzó el conjuro musical y Mía dice que las Brujas se van a enfurecer con ella. Los Tiburones deciden averiguar que pasa con Daniel, cuando comienzan a cantar su canción.

Grachi le confiesa a Mecha y Matilda que no sabe como revertir el hechizo de los musicales. En ese momento llega Mía furiosa y antes de que pueda hacer algo Grachi, Matilda y Mía cantan una canción. Más tarde, Leo y Valeria cantan su canción mientras intentan reparar los lentes. Luego, Leo le dice a Grachi que sus lentes están rotos por culpa de Daniel, pero que puede usar los que le dio para leer tinta invisible.

Diego le cede su lugar a Chema para competir contra Leo. Las tres Brujas del Consejo hacen un conjuro para terminar el musical. Grachi, aunque consiguió los lentes, sigue muy triste. Más tarde, llega Mecha acelerada y les explica a Grachi y Matilda que Daniel está mal por culpa del tatuaje de la araña. Minutos después, Matilda va a casa de Mía, le tiende una trampa y le quita información sobre el hechizo del tatuaje.

Nacho va a ver cómo sigue la tortuga y besa a Alejandra. Grachi y Mecha le preguntan a Daniel cómo fue que Mía le pasó la araña, pero él no lo recuerda. Más tarde, Matilda organiza la búsqueda de la cueva del Consejo junto a Las Panteras, está decidida a encontrarla y recuperar sus poderes. Luego, Daniel se disculpa con Alejandra y Francisco. Francisco levanta la suspensión y le pide que se aleje de Grachi.

Daniel cree que Mia es súper peligrosa y no quiere que este cerca de Grachi. Grachi tiene miedo de que Mia le haga un conjuro ahora que ella no tiene sus poderes. Mecha lo increpa a Daniel, por haberse besado con Mia. Daniel se entera que esta fuera del equipo de los tiburones y que Leo es el nuevo capitán. Matilda y las panteras quieren encontrar la cueva para que Matilda recupere sus poderes. Al final Daniel en un intento por limpiar su culpa le confiesa a Grachi que besó a Mia.

Grachi le dice a Daniel que no lo puede perdonar por haber besado a Mía. Luego se encuentra con Mecha y le cuenta lo que pasó con Daniel. Está muy triste por romper con él y por no tener poderes. Ni Grachi ni Mecha se dan cuenta que Mía las está escuchando. Mía sale de su escondite y le dice a Grachi que sabe que no tiene poderes. Las Panteras siguen con la búsqueda de la cueva del Consejo, cada vez las ayudan más y más chicas.

Mía y Leo se dan cuenta que lograron cambiar la personalidad del perro y el gato. Mía, feliz, le confiesa a Leo que es bruja y lo convence para usar los cascos con Grachi y Matilda. Después, Melanie se reencuentra con Grachi y, al verla triste, le dice que Daniel peleará por ella hasta lo último. Finalmente Rosa y Guillermo se besan, y deciden mantener que son novios en absoluto secreto. Luego, las tres Brujas regañan a Mecha y le piden que no pierda de vista a Mía.

Los Tiburones ganan la competencia contra Los Delfines gracias a Leo. Daniel, apenado porque Alejandra no lo dejó participar, sospecha del traje de Leo. Úrsula intenta decirle a Matilda que ella tiene sus poderes, pero no puede. Leo entrega el casco a Grachi y Mía a Matilda, haciéndole creer que es un regalo de las tres Brujas. Cuando las chicas están por besar a Diego y Daniel, algo extraño les sucede. El cambio de cuerpos funcionó. Grachi y Matilda reaccionan muy confundidas.

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