博物館で電波ウイルス発生事件が起きる。それはこれまでに出現したことのない新種のウイルスだった。真相をさぐるため博物館にやって来たスバルとウォーロックは、展示物のひとつ｢ベルセルク｣から巨大なオーラが発せられていることに気づく。

ある大学の研究室に呼び出されたスバルはそこで科学者オリヒメと出会う。オリヒメは封印されていた古代ムー大陸が復活しようとしていることをスバルに告げ、その動きを阻止するためムーの遺産・オーパーツ探しに協力して欲しいと申し出る。

突如ウォーロックに襲いかかってきた謎の敵・ブライ。スバルはロックマンに変身して戦う。オリヒメはブライもイエティ・ブリザードやファントム・ブラック同様、オーパーツを狙う者の一人だと説明する。

スバルはミソラにオーパーツ探しを依頼されたことを相談する。興味津々のミソラ。そこに再びブライが現れ一方的に攻撃を仕掛けてきた。スバルとミソラは変身してブライと戦うが･･･

オーパーツを探しにヒマナラ山脈にやって来たスバル。山で寒さに凍えるスバルを村の少女ラーナが助けてくれた。スバルを警戒する村の村長。その村では雪男が村の遺跡を破壊する事件が頻発していた。

ヒマナラの大洞窟の最深部には古代ムーの都市が眠っているという伝説があった。それを知ったスバルは早速洞窟内へと向かう。一方ミソラもスバルの話に興味津々。仕事をキャンサーに任せてヒマナラにやって来るがそこでイエティ・ブリザードと鉢合わせする。

ファントム・ブラックとの戦いのさなか、サンダーベルセルクに変身したものの制御がきかず、退却するロックマン。そこにブライが現れ問答無用で襲ってきた。ウォーロック不調のまま、ブライと戦うロックマンだが･･･

アメロッパ北部のドンブラー湖に謎の怪獣ドッシーが出没すると聞いたスバルは湖へ向かう。そこには湖の観光リゾート化を進める五里門次郎がいた。一方、ドッシーの実在を疑うテレビ番組ディレクター・キューは湖で取材を行っていたのだが･･･

ムーの電波体ブラキオはキューと電波変換して暴れ始めた。スバルとミソラは電波変換してブラキオ・ウェーブと戦う。その頃五里は湖の底にオーパーツがあると睨み、潜水艇で捜索していた。

オリヒメからの連絡で南アメロッパの秘境・ナンスカにムーの遺跡があると知ったスバルはミソラと共に早速ナンスカ村へ。ナンスカ村の村長・アガメはスバルたちを快く迎え入れ、村の祭を見せてくれるという。そこにルナも現れて･･･

ナンスカ村の祭を楽しんでいたスバル達の前に巨大な鳥の形をした電波変換体コンドル・ジオグラフが現れた。コンドル・ジオグラフは自らを神だと名乗り、恐怖で人々を支配すると宣言、さらにルナをさらって飛び去って行った。

キザマロの誘いで山奥にある忍者の里へやって来たスバル達。そこでは忍者の末裔を自称するジャッキー半蔵が忍者体験入門コースを用意してスバル達を迎えてくれた。早速忍者修行に励むスバル達だったが･･･

オリヒメからの連絡で忍者の里にオーパーツがあると判明。時を同じくして五里とハイドも乗り込んできてスバル達と共に忍者修行を始める。ジャッキー半蔵は忍者の後継者となった者に古来から伝わる忍者の里の秘宝を授けると言うのだが･･･

ムー復活という望みが一致したファントム・ブラックとイエティ・ブリザードは手を組み、ロックマンに襲い掛かってきた。2対1の戦いに苦戦するロックマンだったがファントム・ブラックは戦いの途中でなぜか戦線離脱してしまう。

戦いを繰り広げるロックマンとイエティ・ブリザード。オーパーツの影響で街には電波ウィルスがあふれ、大混乱となっていた。そのころハイドは子供向けの絵画教室でルナ、ゴン太、キザマロたちに絵を教えていた。

ハイドはあかねを人質に取り、スバルに対してオーパーツ・ベルセルクを要求してきた。ファントム・ブラックの待ち受ける外人墓地に急行するロックマンとハープ・ノート。だがあかねを盾にされ攻撃できない。

オーパーツをめぐって対立するロックマン、ファントム・ブラック、イエティ・ブリザードの前にオリヒメとエンプティが現れた。エンプティはロックマンを助太刀するかのように二体の敵を攻撃するが･･･

オリヒメはロックマンのオーパーツを奪うようエンプティに命じた。サンダーベルセルクに変身して戦うロックマン。だがエンプティには攻撃が全く効かず、苦戦を強いられる。天地と宇田海はエンプティを解析して弱点をさぐろうとするが･･･

オーパーツの力が発動してゲートが開き、ムー大陸が出現した。ゲート内にすいこまれていくロックマン。エンプティとオリヒメもゲートに飛び込みロックマンを追撃する。ウォーロックはスバルを救うため電波変換を解除、単身エンプティに挑む。

ゲートは拡大を続け、スバル達の世界を飲み込もうとしていた。そんな中、オリヒメはすべてのオーパーツを手に入れラ・ムーを復活させる。スバルはロックマンに変身してラ・ムーに立ち向かう。