人類が現在の文明を築き上げる、はるかかなた昔―― 地球には、知られざる文明ムーが栄華を誇っていたという。 ムーの人々は高い科学力を持ち、電波を自在に操る力で世界を支配していた。頂点を極めたムーの超科学は『究極の電波生命体』を造りだすまでになった。 だが『究極の電波生命体』の力はあまりにも大きく、神として人々に君臨しようとするに至る。ムー人はその力を恐れ、『究極の電波生命体』をムー大陸とともに封印してしまった。 こうしてムー文明は地球上から姿を消し、今では世界各地に伝説や神話、ＵＭＡ（未確認生命体）の形でその片鱗が残されるのみとなっている。 そして……物語は、ＦＭ王ケフェウスが地球を訪れた時から始まっていた。ＦＭ王の巨大なエネルギーに反応し、ムー大陸の封印に綻びが生じてしまったのだ。目覚めかけた『究極の電波生命体』は、地球に生き残っていた電波生命体に呼び掛けた。 「世界に散らばったムーの秘宝『オーパーツ』を捜しだせ！」とムーの電波生命体たちは活動を開始した。オーパーツ探索のため、電波変換可能な人間を探し出し、世界各地で事件を起こし始めたのだ。 オーパーツのひとつ、『ベルセルク』を手に入れた星河スバルとウォーロックは、ムーの古代文明をめぐる争いに否応無く巻き込まれていく。 『オーパーツ』が集まった時、一体何が起きるのか。 超古代文明ムーの謎を解くべく、ロックマンの新たなる冒険が始まった――！！