都立程久保高校二年の川島みなみは、入院した親友・宮田夕紀の代わりに弱小野球部にマネージャーとして入部する。無謀にも野球部を甲子園に連れて行くと宣言するみなみだが、何をすれば良いのか見当もつかない。その時、書店でマネージャーの入門書として手にしたのが経営学の大家ドラッカーの『マネジメント』だった。『マネジメント』に書かれた企業経営や組織論のエッセンスを高校野球に応用し、みなみはマネージャーの仕事に挑戦する。

程高野球部のマネージャーとなったみなみだったが、選手一人ひとりのことがわからずコミュニケーションがとれないままだった。更にエースピッチャーの浅野が練習に来ないのに監督の加地はなにも言わない。そして同じマネージャーの北条文乃はみなみがなにかを聞いても逃げてしまう状態だった。頼りの『マネジメント』でこの状況を打破しようと考えるみなみ。だが程高野球部は問題だらけのまま秋季大会を迎えてしまうのであった。

試合と合宿以外は野球部に来なかったエース・浅野が秋季大会を切っ掛けに気持ちを入れ替え練習に参加するようになる。その姿に触発されて程高野球部員たちも練習に熱が入りようになる。チームがひとつになったかのように感じるみなみ。だが試験週間を過ぎると、だらけた練習が続く野球部に戻ってしまい、その上エラーをした祐之助は練習に顔を出さなくなってしまう。どうしたら練習に身が入るのかみなみは考え始めるのだった。

みなみを中心とするマネジメントチームが作った新たな練習方法に、実戦を積む中で確かな手ごたえを感じる程高野球部のナインたち。だがその中で、練習すればするほど他の部員たちとの差が開いていくことを実感せずにはいられなかった補欠の二階は、ある一大決心をする。一方、みなみは野球部とそれを取り巻く現状とが変ろうとしていく中で甲子園への壁という現実を見据え、今こそ大胆な手を打つチャンスにしようとしていた。

加地が提案した高校野球に対するイノベーション『ノーバント・ノーボール作戦』を実戦で試すために、二階が組んだ練習試合。それは大胆にも甲子園大会を経験している大学生との試合だった。そのことを夕紀に報告しに行くみなみ。夕紀は喜びつつも、先延ばしになっていた手術を受けなければならないとみなみに告げる。支えとなっていた夕紀のためにも新たな気持ちで甲子園を目指すみなみ。そして大学生との練習試合が始まるが……。

四月となり、三年生になったみなみたちは甲子園出場をかけた最後の夏までのわずかな期間を有効に使うために『ノーバント・ノーボール作戦』にポイントを絞った練習を始める。そんな程高野球部には、評判を聞きつけた新入生たちの入部希望が殺到するが、増えすぎた部員のせいで練習に支障がでないか懸念されるようになる。加地に人事担当に任命されたみなみは、程高野球部に必要な人材とはどんな人材なのかを考えて悩み始める。

いよいよ夏の甲子園出場をかけた予選大会が始まる。みなみたち、程高野球部とマネジメントチームがこれまでしてきたことの成果がいよいよ実を結ぶ時がきたのだ。程高野球部の一回戦、長い予選を勝ち抜くために加地は大胆な作戦をナインに示す。エース・浅野が投げぬくために楽に勝つ方法。それは大量得点を取ってコールド勝ちで勝ち進むというものだった。甲子園に行くための八試合を程高野球部は勝ち進むことができるだろうか。

夏の甲子園出場をかけた準決勝。相手校はプロ球団も注目する本格派のエース・加藤を擁する甲子園常連校の修北だった。試合前日、思わず神頼みをしにいくみなみだが、そこで日課のトレーニングをこなす星出に出会う。星出と修北の加藤は中学時代にチームメイトとして野球をしていたが、互いの野球に対する思いから、あえて別の高校に進学していた。準決勝でライバル同士として再会する二人。甲子園をかけた準決勝が今、始まる。

決勝戦の前日、みなみは夕紀の入院する病院にいた。集まる程高ナイン。夕紀の母・靖代からこれまで夕紀がどれだけ病気とたたかってきたかを切々と説かれるみなみたち。暗い待合室の中、次郎と二人で夕紀のことを話すみなみ。みなみには夕紀と最後に交わした言葉が重くのしかかるのだった。そして朝、決勝戦に臨む程高ナインを前にみなみは爆弾発言をした挙句逃げ出してしまう。程高野球部に、最大の危機が訪れようとしていた。

この決勝戦に勝てば、夕紀が願っていた程高野球部の甲子園出場が決まる。みなみが駆けつけ声援を飛ばす中、ピンチを乗り切ったエース・浅野。一点リードされた九回裏ツーアウト、次郎が歩かされ、打席に立ったのは祐之助だった。ベンチにいるみなみは力の限り応援の声を飛ばす。夏の甲子園をかけた最後の大一番、マネジメントの成果や如何に、そして、程高野球部は甲子園にいけるのか!?