Ein Wissenschaftler hat völlig unerwartet Selbstmord begangen. Ein Fall für Scully und Mulder – denn wie es scheint haben mysteriöse Kräfte den Mann in den Tod getrieben. Bei ihren Nachforschungen stoßen die Agenten auf ein Labor, in dem scheinbar seit vielen Jahren Genexperimente durchgeführt und Kreaturen mit gefährlichen Fähigkeiten geschaffen wurden …

Die beiden Special-Agents werden diesmals zu einem Fall in den Wald gerufen. Dort wollen zwei Junkies ein echsenartiges Monster gesehen haben, das einen Tierfänger angegeriffen hat. Zur Überraschung von Scully und Mulder hat der Mann überlebt. Anscheinend hat es jedoch noch einen Überfall gegeben, da in der Nähe des Tatorts eine Leiche mit aufgerissener Kehle gefunden wird. Scully und Mulder sind dem Monster auf der Spur und entdecken Guy, einen Echsenmann, der sich immer wieder ungewollt in einen Menschen verwandelt.

Ein Mitarbeiter einer sozialen Einrichtung kommt auf mysteriöse Weise ums Leben. Eine geheimnisvolle Gestalt sucht ihn in seinem Büro auf und reißt den Mann buchstäblich in Stücke. Bei der Besichtigung des Tatorts fällt Mulder ein Gemälde auf, das vis-à-vis aufgehängt ist und im Großformat eine Furcht einflößende Figur zeigt. Im Glauben, dass zwischen dem Verbrechen und dem Kunstwerk eine Verbindung besteht, versucht Mulder gemeinsam mit Scully den Schöpfer des Bildes zu ermitteln.

Zwei islamistische Terroristen sprengen sich in einer Galerie in Texas in die Luft. Einer von ihnen überlebt – allerdings ist er fast hirntot. Mulder, Scully und zwei weitere Agenten sollen versuchen, trotzdem noch Informationen aus dem jungen Mann heraus zu bekommen. Scully versucht es mit einem Gehirnscan. Mulder zeigt vollen Körpereinsatz: Er schluckt Magic Mushrooms, um im Unterbewusstsein eine Kommunikationsebene mit dem nicht mehr ansprechbaren Attentäter zu finden.

Enthüllungsjournalist Tad O’Malley warnt live im TV davor, dass bei allen Menschen das Immunsystem ausgeschaltet worden sei und jetzt eine gewaltige Krankheitswelle heranrolle. Tatsächlich greifen plötzlich Infektionen um sich. Während Scully offenbar durch die Alien-DNA geschützt ist, kämpft Mulder schon bald mit dem Tod. Nur noch Stammzellen ihres gemeinsamen Sohnes könnten ihn retten. Aber wo soll Scully nach dem Kind, das inzwischen bei Adoptiveltern lebt, suchen?