Bývalý agent FBI Fox Mulder vypráví o podivných případech, kterými se kdysi zabýval. Zmizení své sestry přikládá mimozemskému únosu. Tato posedlost ho přivedla do FBI do oddělení Akta X, kde se zabýval řešením paranormálních jevů. Jeho kolegyní byla lékařka Dana Scullyová. V roce 2002 bylo oddělení Akta X zrušeno. Vracíme se do roku 1947 do Nového Mexika, kdy je mladý lékař svědkem zastřelení mimozemšťana jen kousek od mimozemské vesmírné lodi. Rok 2016. Čtrnáct let poté, co byla Akta X zrušena, je bývalá agentka Dana Scullyová kontaktována zástupcem ředitele FBI Walterem Skinnerem. Ten ji a Muldera požádá o setkání s moderátorem zpravodajství Tadem O’Malleyem. Všichni tři se sejdou ve Washingtonu D. C., Tad O’Malley věří v UFO a chce odhalit spiknutí mimozemšťanů a lidí. S polečně jedou za dívkou Svetou, které byla do těla několikrát implantována mimozemská DNA a pak jí byl vždy plod odebrán. Dívka umí číst myšlenky a tvrdí, že ji unášeli lidé. O’Malley ukáže Mulderovi repliku mimozemského stroje – letadlo na volnou energii. Mulder se setká s lékařem, který byl svědkem zastřelení mimozemšťana. Mulder je přesvědčený, že byl celé ty roky podváděn. To lidé tvoří mimozemskou rasu, aby pak mohli vyhubit lidstvo a převzít vládu nad celým světem. Ví, že se nejedná o mimozemské spiknutí, ale o spiknutí lidí. O’Malley je přesvědčen říct o této teorii v dalším zpravodajství. Další den však Sveta v televizi vše zapře a vydá se na útěk. Když ujíždí v autě, najde ji vesmírná loď a auto nechá vybuchnout. Tad O’Malley ukončí své zpravodajství a zmizí. Dana Scullyová udělá krevní testy Svetě i sobě – a obě dvě v sobě mají mimozemskou DNA. Dana chce proti tomu začít bojovat. Skinner si k sobě nechá Muldera a Scullyovou zavolat a sdělí jim, že složka Akta X se znovu otevírá.

Agent Mulder a agentka Scullyová řeší sebevraždu mladého doktora. Vědec, doktor Sanjay přišel ráno do práce na základnu Nugenics Technology, cítil se podivně a v hlavě slyšel hlasitý bodavý pískot. Když už se zvuk stával neúnosným, tak si přímo ve firmě zabodnul do hlavy nůž na otevírání dopisů. Na svou dlaň ještě napsal: Zakladatelova mutace.

V lese bylo nalezeno tělo mrtvého muže s rozkousaným krkem. Zfetovaní svědci na místě činu viděli příšeru, čemuž Mulder ani Scullyová nevěří. Jejich úkolem je zjistit, zda muže zabilo podivné stvoření, obyčejné zvíře nebo sériový vrah.

Agent Mulder a agentka Scullyová řeší vraždu městského úředníka Cutlera. Byl zavražděn ve své kanceláři, kde policisté najdou v odpadkovém koši jeho hlavu, ale nenajdou jeho paže. Tento úředník chtěl vyhnat bezdomovce z místních ulic. Agentka Scullyová pozná, že paže i hlava byly od těla odtrženy, což by obyčejný člověk nedokázal udělat. Po jeho vraždě někdo na prázdný reklamní poutač namaloval podivnou podobiznu velkého muže. Maminka Scullyové měla infarkt a nyní leží v nemocnici. Scullyová je u ní po celou dobu a také Mulder přijede. Po pár dnech bohužel zemře. Scullyové se hlavou honí mnoho vzpomínek a nezodpovězených otázek. Ohromný zapáchající týpek s náplastí přes nos, který vylézá z popelářského auta, vraždí dál – muže, kteří ukradli jeho malbu, a další úřednici, která byla zapleten

Mulder a Scullyová se mají pokusit komunikovat s muslimským teroristou v kómatu. Cílem je získat informace, které by mohly vést k dalším muslimským aktivistům.

Agent Mulder je nezvěstný. A imunitní systém většiny lidí zničil zvláštní virus. Scullyová se snaží najít protilátku a agent Miller pátrá po Mulderovi.