스컬리가 갑작스럽게 쓰러지고, 멀더는 비밀스럽게 활동하던 권력협회의 잔당들이 어떻게 활동하는지 알게 됩니다. 그리고 스키너는 본의 아니게 더욱 충격적인 사실을 알게 됩니다.

멀더와 스컬리가 위험에 처했다고 누군가가 연락을 해 옵니다. 뜻밖에도 영상통화로만 연락해 오는 그 상대는 예전에 죽은 론건맨의 일원 랭글리입니다.

정황상 자살시도처럼 보이는 사건이 벌어지는데, 그 소년은 자신과 똑같이 생긴 자가 자기를 공격했다고 주장합니다.

한 남자가 멀더에게 자신도 엑스파일 부서에서 일했으며 세상의 기억이 다 조작되었다며 나타납니다.

소녀 둘이 괴물을 보았다면서 상해를 입은 사건이 발생하는데, 스컬리는 근래 자신이 가위 눌리던 것과 연관지어 이 사건이 아들 윌리엄과 관련이 있을 것이라고 생각합니다.

1963년 베트남 전 당시 어느 부대에서 'MK 나오미'라는 물질을 수송하는 임무를 맡습니다. 그 와중에 살아남은 사람은 가장 겁이 많고 소심해서 별명이 '아기 고양이(kitten)'인 존 제임스와 월터 스키너 둘 뿐입니다.

멀더와 스컬리는 모든 것이 기계화된 과정 속에서 기계들과 쫓고 쫓기는 추격전을 벌입니다.

작은 마을에서 아이가 실종되고, 스컬리는 이것이 성범죄자의 범행일 가능성으로 접근하고 멀더는 악마숭배와 관련된 사건이라고 생각합니다.

장기밀매 사건을 맡게 된 둘은 이 사건과 관련해서 젊음을 숭배하는 사교집단이 관련되었음을 깨닫습니다.

비밀조직에 쫓겨 도망길에 오른 잭슨은 마침내 자신이 더 이상은 갈 곳이 없음을 깨닫습니다.