X档案被关闭,MULDER和SCULLY也被刻意分开,MULDER失去了探寻真相的工具!MULDER该如何继续? 一国会山议员支持MULDER前去寻找证据,MULDER只身前往波多黎各,搜集由射电望远镜接受到的外星人存在的信号,在控制市里发生了一系列事情. 期间,SCULLY摆脱跟踪,顺利找到MULDER,但是却被蓝寇军发现,二人只得舍弃证据,匆忙逃命.

Skinner派MULDER前去调查在下水道里出现的死尸.MULDER认为SKINNER在戏弄他,愤而准备辞职. 可是接下来一工人在下水道中受到袭击,SCULLY也从第一具尸体中解剖出一幼虫,还有自称MULDER在F.B.I中的朋友暗中提供资料,案情出现转机,成为一X档案. 袭击者究竟是何物?自然产物还是人为? 袭击人的目的又何在?自卫还是其他? 怪物后来命运如何?

弗兰克林小镇在公共场所接连发生命案,而袭击者都是有着良好记录的公民.这些人怎么了?经过MULDER调查,发现所有案件的联系就是犯罪现场的电子屏幕,为什么都会有电子屏幕呢?犯罪和屏幕会有何种关联?SCULLY对实施犯罪的人的尸检又会发现什么呢? 在暴力犯罪率急剧升高的背后,有着什么不为人知的秘密呢?

一个中年人向911报警说自己家发生大火 ，但911赶到后却并无任何火灾迹象，SKINNER向M陈述了案情,M和S展开调查,这时上级派遣Alex Krycek与M搭档,S在尸检中推断出死者是确信有火灾发生,并窒息而死,三人在大家的帮助之下找到了一群参与越战的军人,后得知这样的家伙被做了手术使得他们丧失睡眠,以提高他们的作战能力.但是他们展开了报复!

DUANE BARRY是一家精神疗养院的病人,他是FBI的前探员,并经常回忆自己在1985年遭UFO绑架实验,在精神受到极度刺激之下,他逃出了病院并绑架了一幢大楼里的人,M被指派去"协调",待事情解决后,DB却绑架了在这次任务中表现出众的S,在电话录音器里传来了S求救的声音......

史卡利被杜恩强行带走。M找到杜恩，但史卡利已经不见了，杜恩宣称外星人带走了她，穆德生气之余，打了杜恩拜瑞，就在他离开一下子，杜恩忽然死亡，M怀疑他是被毒死的。M找麦特森参议员帮忙，却遇到X，他告诉他一切都没有用的，官方会否定一切。史基纳为了帮助穆德，打算重开X档案～

一连串的吸血案件，每个镜子都被砸坏，同时墙上会用被害人的血，写着圣经的句子「凡饮我血者，将获得永生」。每个地方都会有三个受害者。M随后找到了血库新进的晚班警卫约翰。审讯后约翰因为照到太阳光烧死了。根据他手上的印记，M前往一间酒吧，在那里认识了头号嫌疑犯克莉丝汀。但后来M得知，其实克莉丝汀也是受害者，很同情她，希望能保护克莉丝汀，但没人能保护了克莉丝汀，因为约翰又复活了……

史卡利进了医院，没有人知道她打那里来，她昏迷不醒。医生建议史卡利太太，根据遗嘱拿掉所有的仪器，让她自然死亡。M一心只想报仇，他求助X，但X没有理他。孤枪侠把史卡利的病历交给一名网络骇客思考者研究，资料显示史卡利的免疫系统遭到破坏。有人从医院偷了史卡利的血液样本，M一路追到地下室，X拦住他，叫他不要再追查下去，不然会害死所有人。此时史卡利的仪器被拔掉了，一切都得靠她自己

火山研究队伍求救。M与史卡利在解救过程中发现那地方的研究设施被严重破坏，M在检查时，遭到路威格的攻击。此时研究室还有三名成员活着，崔科斯疯狂的追杀他们。M觉得这三个人的行为举止很奇怪。崔科斯杀了皮尔斯，他说不准任何人离开这里。后来田中病的非常严重，M与路威格用担架送他去医院，在半路上田中发作，一种不知名的生物，从他的喉咙爆发出来......

生产牛只的葛林镇，忽然有高中生被绑架，后来回来他们不记得任何事情，只感到害怕。背后都被写上了「他是一个」的字句。当地警长认为是当地的教会组织「红色博物馆」在其中做怪。M与史卡利拜访其中一名受害者盖瑞。他感到有动物的灵魂进入，其它都不记得，史卡利四处查看，觉到有人在注视他们......

一间老人院，发生护士被强暴的事件，但没有人相信她的说词，因为她指出强暴她的人是隐形的老人赫尔顿,但他更本没有能力做这种事。与此同时老人们在吃一种药物，亚顿要他的室友史丹给他吃。没想到亚顿吃了受不了而死亡。看护刚使用他家乡的方法做药给老人吃，老人们求好心切吃过了量，老人院中的怨灵开始在四处游荡，要如何让这些怨灵们平息下来呢？

镇上忽然发生疯狂的杀人事件，女警官BJ玛洛与上司提尔曼有染怀有身孕，她在幽会的汽车旅馆里，忽然感到不适，跑到荒野中，挖出了一具尸体。这具尸体被证实为失踪多年的调查员钱尼。玛洛告诉史卡利，她怀孕后就一直在做恶梦。他们找到多年前连环凶杀案的被害人提伯多太太，原来她曾经遭寇克里的强暴，玛洛正是寇克里的孙女，她遗传了他的犯罪因子，因为怀孕，渐渐显示出来，在不知情的状态中一步步完成她祖父没有完成的事……

一名男子道尼费斯特，对女性的头发与指甲有着不寻常的恋物癖，他喜欢在殡仪馆里偷死人的头发或者是去盗墓。随后又陆续发现盗墓，M相信这名恋物狂的冲动在增加，当尸体不能满足他的时候，他就会开始寻找活人来杀，以取得尸体。一名妓女被杀，头发与指甲被拔，道尼开始下手杀活人。道尼在夜校，吓坏了一名女同学，被关进了警察局，当史卡利与M来审犯人的时候，道尼爱上了史卡利的红发......

四名高中学生，在森林中好玩拜魔鬼，没想到却惹出命案来，一名高中男生死亡。整个镇上都有巫术与魔鬼的传说，但史卡利不相信这种东西，正在跟M争论时，忽然下起蟾蜍雨来。他们找到死者所就读的克罗里高中，发现当晚一名同学大卫杜伦也在场，同时也找到了另外二名女学生，他告诉M与史卡利，他们可能真的招唤出魔鬼来了，另一方面，老师们在门外讨论，认为他们都没有杀人，那会是谁杀的呢？

士兵麦亚平最近经常做恶梦，甚至见到早餐碗里都蛆，他惊吓之余开车撞树当场死亡，树上留着奇怪的符号。这是北卡罗来那州的海地难民处理中心第2起自杀案件。难民营主管霍顿上校说明，他们与海地人相处的并不太好。在营中有个人叫玻维，他专门利用巫毒教来害人，已被隔离。史卡利要求检查麦亚平的尸体，但尸体已经不见了，而穆德则找玻维谈话，玻维指出霍顿上校不让他们回到海地......

M被送进急诊室生命垂危，史卡利赶来要求医生不要替他做一般冻疮治疗，冰冷是他唯一活下去的希望。回溯事情的发生，两星期前在北极，一架类似飞碟的的飞行器坠落海中，一些妇产科医师死亡，这些资料被不知名人士以电子邮件送给M。M与史卡利因此前往调查。调查正在进行中M的爸爸却让M回家一趟，M惊奇的发现失踪22年的萨曼莎居然回家了。另一方面史卡利继续追查，却被赏金猎人盯上，他居然跟M长的一模一样……

一只隐形动物跑过街道造成了许多破坏，最后这只隐形动物现身了，它是一头大象，它累坏了倒在路旁死了。大象歌妮莎原应关在菲尔田动物园，但动物园完全没有任何破坏，也不知道大象是如何跑出去的。同样的事情也发生在一只老虎身上。M决定请教动物园的猩猩苏菲，它告诉M它害怕光。M请史卡利与安伯罗斯解剖大象，发现它曾经怀过孕，后来他们找到了老虎，解剖显示它同样怀过孕.M推测是外星人绑架这些动物使让他们怀孕再拿走胎儿......

M请史卡利检查一位哈波中尉，他只有二十八岁，但看起来却像八十岁的老公公，史卡利承认这一切很奇怪，她不明白原因。M说在挪威外海有个地点，很多船都在那里失踪，那里可能时间会扭曲，亚顿号遇到了虫洞，使得时间加速，很可能军方在进行实验。他将前往调查,史卡利决定一同跟去。终于他们来到亚顿号的船上，结果发生了很奇怪的现象，船上活着的人的生命都受到了威胁。。

吉布森镇是个奇怪的地方，这里住了许多退休的马戏团成员，他们大多长相古怪，其中有一个叫做鳄鱼人奇人，被一种东西攻击而死。M他们找了许多的线索，但是都没有结果，甚至于连警长都被怀疑，接着又发生了命案，这回是侏儒老板被杀，穿身人有嫌疑，但真正的凶手却另有其人……

赫维夫妇十分疼爱弟弟泰迪，一次泰迪脱离妈妈控制跟着气球跑，没想到却被游乐场的小火车当场撞死。赫维太太的妈妈时常在查理身上画符。她说查理是祸害，但赫维太太不相信那些说法。再接二连三失去了自己的老公和妈妈后，她终于说出查理是双胞胎，麦可一出生就死了，根据罗马尼亚人的人说法，必须要将灵魂切割，不然死人的世界会跟着查理，恶灵会不满意的停留在那里。M找来长老们帮忙，另一方面，麦可化成成查理，骗走了妈妈，史卡利赶去救赫维太太，可是也无法阻挡恶灵的力量......

一个不知名的包裹被送到监狱里给囚犯陶伦斯，后来他感染了一种不知命的怪病，身上长出脓疱，死的非常快。二名犯人保罗与史蒂夫利用收拾陶伦斯住处的空档逃了出去。M与史卡利被叫来协助追捕犯人，M跟着联邦警队追人，史卡利则留下来查到底发生了什么事。史卡利发现，药厂在监狱中施行药物实验，她在犯人的伤口中找到发病的罪魁祸首一种带有寄生虫的小虫。史卡利没有跟M说，独自做着实验来自救，而M则急着抓回犯人，免得传染给更多的人……

史卡利的学生凯莉莱恩遇到一个失踪案件，几个人无故失踪没有头绪，她暗中请史卡利帮忙。案发现场没有破坏，房门反锁，门口留有燃烧的痕迹。M初步认为这是自发性的人体燃烧。同时极磁公司的班顿博士失踪了五个星期。在一次黑暗物质的研究中，意外中将自己的影子烧在墙上。M他们在车站找到了博士，他告诉他们他就是黑暗物质，他的影子就像黑洞，而官方正在找他。此时莱恩受到上级压力，不得不把案子收回，M则找来了Ｘ帮忙，但看来很可能会越帮越忙……

柯恩斯检举鸡工厂不卫生，结果他失踪了，史卡利与M前去调查。但是工厂一切运作正常，正在他们要离开时，员工宝拉发疯了夹持杰西，结果被警长开枪打死。史卡利验尸发现宝拉得了一种罕见的退化性疾病，叫做克洛兹菲雅各病。M则发现宝拉已经四十七岁了，但是她仍像个女孩子没老过。M见镇上的河水是奇怪的红色决定要一探河底。这一挖居然在河中找到一大堆尸体。M说有些食人族可以藉由吃人肉延长寿命......

M生病了，孤枪侠来找他，因为思考者不小心拷贝了一份破解了MJ档案的密码，但他只愿跟M说这件事。M前去见第一次出场的思考者，拿到了份档案。癌人来见M的父亲比尔，希望比他能阻止M。比尔想了很久，决定将所有的事都告诉M，但在他还没开口之前，就被ALEX杀死。史卡利来M家没找到人，却被暗枪打伤。她带M去见纳瓦荷老人亚伯霍斯丁，老人答应帮忙翻译文件，并让M去了一个奇怪的地方......