Jeremiah Smith y Mulder están en la búsqueda del Cazador Extraterrestre, y Smith lleva a Mulder a una pequeña granja atendida por niños idénticos y las niñas son clones exactos de su hermana de pequeña. Mulder se prepara para llevar a Jeremiah y uno de los clones a ver a su madre en el hospital pero el Cazador los encuentra y mata a Jeremiah. Mientras, el Sindicato sospecha que hay un traidor entre ellos y preparan un plan que termina con X siendo ejecutado.

Un bebé es encontrado enterrado vivo en la tierra y parece tener defectos de nacimiento resultantes de generaciones de endogamia, llevando a Mulder y Scully a una familia oculta que tiene una historia de hijos incestuosos.

El Centro de Control de Plagas llama a Scully para que investigue el cadáver de un hombre de raza negra que ha perdido su pigmentación. Cuando Mulder se une a la investigación, aporta la teoría de la magia negra.

Mulder y Scully investigan la desaparición de una joven cuyo novio ha sido asesinado. La clave puede estar en unas terroríficas fotos.

Mulder y Scully tiene que investigar a la secta del Templo de las Siete Estrellas, sospechosa de tráfico de armas y abusos a menores. Mulder localizará más tarde al líder en un búnker, lavando el cerebro de sus esposas para que suiciden... y una de ellas le resulta familiar a Mulder.

Una clínica especializada en cirugía estética sufre varias muertes. Mulder descubre un misterioso pentagrama en uno de los quirófanos, el mismo que aparece en el cuerpo de uno de los fallecidos. Todo a punta a magia negra y rituales satánicos.

Los Tiradores Solitarios desvelan a Mulder y Scully nuevos descubrimientos sobre la vida y obra de El Fumador, que le implican en asesinatos célebres como los de Kennnedy y Luther King.

Un laboratorio descubre restos de vida en un meteorito, y poco después, un científico entra en coma, en principio, por la misma sustancia que afectó a los marineros del 'Piper Maruy' y la que estaba en un extraño objeto que cayó en la taiga siberiana.

Mulder visita Tunguska para comprobar si hay signos de vida extraterrestre. Las cosas se tuercen y acaba en una especie de campo de concentración, expuesto a un mal llamado 'cáncer negro', de posible origen extraterrestre.

Roch, un asesino de niñas, acaba en la cárcel capturado por Mulder. Roch aprovechará que parece tener información sobre su hermana para que le saque de la cárcel.

En el Valle de San Joaquín, California, aparece una trabajadora del lugar brutalmente asesinada. Todos piensan en una criatura llamada 'El chupacabras', aunque otros apuntan a un culpable menos ultraterrenal.

El cuerpo decapitado de un hombre desaparece del depósito de cadáveres de un hospital. Mulder hace un insólito descubrimiento en el malatero del coche de Betts.

Scully vuelve a estar en serio peligro de muerte en una de sus investigaciones. Esta vez, el sospechoso es Ed Jerse, que tiene un tatuaje que, en un momento dado, parece tener vida propia...

Cuando a Scully le diagnostican un cáncer, Mulder descubre que otras personas abducidas pasan por lo mismo después de haber sufrido los mismos implantes en la nuca.

Unos fanáticos asesinan a un judío ortodoxo, en lo que será el principio de una serie de sucesos increíbles...

Un veterano de la guerra del Vietnam, dado por muerto, aparece en una ceremonia conmemorativa con la intención de matar a varios altos cargos militares.

Un supuesto abducido muere al estrellarse el avión en el que viajaba. Cuando escucha la grabación de la 'caja negra', Mulder detecta que el avió fue interceptado por algo procedente del exterior.

Mulder y Scully tienen que desvelar las causas de las muertes de unos empleados del prestigioso MIT (Instituto Tecnológico de Massachussetts). La causa parece ser un misterioso líquido congelante.

Cinco mujeres coinciden en tener hijos con rabo, atribuidos a una paternidad extraterrestre y atendidas por el mismo ginecólogo. Mulder no tarda en encontrar al principal sospechoso, que le deparará una nueva sorpresa en su larga carrera de investigaciones paranormales.

De nuevo aparecen insectos en los misterios investigados por Mulder y Scully, esta vez con la participación del agente Skinner, que descubre la causa de la muerte de una empleada de Correos: unas abejas que pueden estar siendo utilizadas como medio de contagio de una viruela mortal.

Scully sospecha del empleado de una bolera, perturbado mental, como asesino de varias mujeres que tratan de comunicarse con los vivos antesa de que, por fin, aparezcan sus cuerpos.

Mulder se ve implicado en un doble asesinato. Tendrá difícil su defensa, porque sufre amnesia, hasta que Scully interviene para ayudar a su compañero.

Scully tiene que ir al apartamento de Mulder para identificar su cuerpo, con una herida de bala en la cabeza...