Jeremiah Smith és Mulder egy idegenvadász elől menekülnek. Smith egy kis farmra viszi Muldert, ahol sok egyforma gyerek él, a lányok mind Mulder nővérének a klónjai. Mulder és Jeremiah el akarják vinni az egyik kislányt Mulder édesanyjához, azonban a vadász utoléri őket és megöli Jeremiah-t.

Home, Pennsylvania állam. Egy idillikus kis város, ahol az ember nem számítana arra, hogy egy súlyos fejlődési rendellenességgekkel született kisbaba holttestére bukkanjon egy sekély sírhantban. Habár a gyermek deformációi többszörös genetikai abnormalitásra utalnak, sem Mulder, sem Scully nem tartja az X-aktákba illőnek ezt az esetet, amíg nem szereznek tudomást a városban lakó, visszahúzódó Peacock-családról. Több mint egy évszázada él itt ez a família, a városi életnek és az emberi civilizációnak is hátat fordítva. Egymás között szaporodnak és a beltenyészet mára súlyos genetikai rendellenességeket eredményez

Miután több afro-amerikai férfi holttestét találják meg úgy, hogy a bőrükből hiányzik a festékanyag, Mulder hinni kezd a Teliko-ban, egy afrikai mondában, amely egy olyan teremtményről szól, aki kiszívja a színanyagokat az emberek testéből.

Mary LaFante-t, egy fiatal lányt, elrabolják és a barátját a helyszínen megölik. A pillanatokkal korábban készült polaroid fényképeken nem az elvárható mosolygós lányarc látszik, hanem egy halálra rémült tinédzser, körülötte ijesztő démonarcokkal...A fénykép szinte magával ragadja Muldert. Scully persze logikus magyarázatot keres: a fényképet manipulálták vagy a negatív megsérült. Ám Mulder számára ez a felvétel a pszichofényképek egyik ékes bizonyítéka, amikor valaki képes pusztán a gondolaterejével fényképeket létrehozni.

Egy FBI razzia soran Mulder megismerkedik Melissával, aki egy okkult szekta tagja és aki azt állítja, hogy már találkozott vele előző életében az Amerikai Polgárháborúban. Scully szerint a nő súlyos skizofréniában szenved, Mulder azonban lassan belép a nő zavaros fantáziavilágába.

Dr. Lloyd, a neves plasztikai sebész - különös, megszállott állapotában - összecseréli betegeit, és a műtét során megöli az egyik pácienst. Később ő maga jelentkezik a rendőrségen. Mulder és Scully megkezdik a nyomozást, ám legnagyobb meglepetésükre a kórházban tovább folytatódnak a megmagyarázhatatlan és kegyetlen események.

Mulder egyik főnöke, az apja halálában is titokzatos szerepet játszó ügynök visszaemlékezései során megelevenednek a közelmúlt mindazon történelmi eseményei, amelyekben a férfi aktív szerepet játszott - a kubai válságtól, a Kennedy- és Martin Luther King-gyilkosságokon át napjainkig.

Scullyt szenátusi meghallgatásra idézik be, ahol Mulder felől faggatják. Scully ehelyett arra próbálja ráirányítani a vizsgálóbizottság figyelmét, hogy az FBI legfelsőbb köreiben működő cselszövőket leplezzék le. Közben Mulder egy titokzatos kórt terjesztő futárpostai küldemény ügyében nyomoz, és ismét összeakad Kraychukkal.

Mulder és Kraychuk egy Krasznojarszk melletti fogolytáborban találják magukat. Miközben Mulder az életéért küzd, megmagyarázhatatlan, ám a meteorit anyaggal összefüggésbe hozható események foglalják le Scullyt.

Mulder, egy álom segítségével egy kislány holttestére bukkan, ezért újra elővesz egy régi ügyet. Azt gyanítja, hogy a gyilkosnak több áldozata lehetett, és talán ő a felelős a kishúga eltűnéséért is.Mulder és Scully kezdi meg a nyomozást az ügyben. Mulder szerint Maria halálát nagyon ritka és szokatlan meteorológiai jelenségek okozták, amelyek gyakran állnak összefüggésben a földönkívüliek megjelenésével és az állatcsonkításokkal. Scully a szokásos szkepticizmussal fogadja társa elméletét.

A bevándorló munkások bádogvárosában, a kaliforniai San Joaquin völgyben, Elaido Buente felszabadultan udvarol a csinos Maria Dorantesnek, mialatt bátyja, Soledad Buente, féltékenyen nézi őket. Flakita, a mindenbe beleszóló szomszéd, rosszallva csóválja a fejét: "Két testvér, egy asszony, nagy baj." Hirtelen fülrepesztő zaj hallatszik a magasból és vakító fény önti el az utcákat. Sárga eső esik egy rövid ideig és mindenki szerteszalad. Miután minden elcsendesedik, Flakita megtalálja Maria és egy kecske megcsonkított holttestét. Mindkettejüknek megette valaki vagy valami az arcát. Eliadónak pedig nyoma vész.

Mulder és Scully kezdi meg a nyomozást az ügyben. Mulder szerint Maria halálát nagyon ritka és szokatlan meteorológiai jelenségek okozták, amelyek gyakran állnak összefüggésben a földönkívüliek megjelenésével és az állatcsonkításokkal. Scully a szokásos szkepticizmussal fogadja társa elméletét.

Leonard Betts balesetben meghalt, az ütközés erejétől feje leszakadt a törzséről, ám fejnélküli holtteste eltűnik a kórház hullaházából. Scully szerint valaki ellopta a tetemet, hogy az épenmaradt szerveket illegális szervkereskedelemre használja. Megtalálják Betts fejét,s ujjlenyomatából kiderül, az igazi neve Albert Tanner. Az ügynökök felkeresik Tanner anyját, Elaine-t, aki azt állítja, hogy Albert hat évvel ezelőtt autóbalesetben meghalt. Mulderék átkutatják Betts kocsijának csomagtartóját és egy műanyag zsákban daganatos emberi szöveteket találnak. Fox szerint Leonard megeszi ezt, mert csak így maradhat életben. Az ügynökök el akarják fogni Betts-t.

Mulder szabadságra készül, és Scullyt bízza meg a folyamatban lévő ügyek intézésével. Valahol Philadelphiában egy válása miatt elkeseredett férfi a karjára tetováltat egy női alakot, és attól a perctől fogva a tetoválás megelevenedni látszik. A férfit a tetovált nő hangja gyilkosságba kergeti. Scully pedig éppen ezzel a férfival randevúzik.

Scully agytumor gyanújával kórházba kerül. Mulder nem akarja elfogadni a halálos diagnózist, és Scullyt is rábeszéli, próbáljanak meg azon a fonalon elindulni a betegség okának kiderítése során: kapcsolatban lehet-e az egész Scully korábbi elrablásával, valamint azzal a ténnyel, hogy az idegenek annak idején beültettek egy apró adókészüléket a lány testébe.

Egy zsidó férfit (Issac Luriat) meggyilkol egy csapat tinédzser, akik egy rasszista bolttulajdonosnál dolgoznak. A fiatalok egyike hamarosan gyilkosság áldozata lesz, a nyakán pedig Issaac ujjlenyomatait találják meg. Mulder meg van győződve arról, hogy a férfi visszatért a halálból, hogy bosszút álljon.

Lelőnek egy tábornokot szolgálati gépkocsijában. A gyanú kezdetben a gépkocsivezetőre terelődik, ám hamarosan kiderül, másról van szó. Miközben legalább tucatnyi tábornok kerül közvetlen veszélybe, Mulder és Scully a gyilkosságok gyökerét a vietnami háború egykori eseményeiben vélik felfedezni.

Miközben mindenki Scully 33. születésnapját ünnepli, egy különös nő tájékoztatja Muldert, hogy Max Fenig, a NICAP tagja egy repülőgép szerencsétlenségben életét vesztette. Amikor Mulder a helyszínre látogat, sugárzás okozta égéseket talál Max testén, amiből azt gyanítja, hogy a gépet egy UFO támadta meg.

Egy különös öregember olyan eseményeket jósol meg két tudósnak, amelyek azután meg is történnek; a két tudós pedig egy olyan összetevővel kísérletezik, amelyet még fel sem találtak. Ezen eseménysorozat hatására Mulder kezdi azt hinni, az egyik tudós a jövőből érkezett, hogy megakadályozza, hogy saját találmánya valósággá váljon.

Egy városban egymás után öt kisbaba is farokkal születik, ezért a helyi OB-GYN-t sötét ügyletekkel gyanúsítják. Azonban Mulder rájön, hogy a gyanúsított egy egyszerű genetiki rendellenességgel bíró férfi, aki képes különböző formákban megjelenni.

Megmagyarázhatatlan haláleset történik egy vidéki postahivatal női mosdójában. Az áldozat, aki éppen cigarettaszünetét töltötte a mellékhelyiségben, tömeges méhcsípés következtében vesztette életét. A nyomozásba, főnöke utasításait követve, Skinner is beavatkozik, méghozzá a nyomok eltűntetésében működik aktívan közre.

After a man sees a woman trapped inside a bowling alley pin setter, he goes for help and finds police standing next to a body of the same woman. Mulder and Scully join the investigation and follow up this lead which the police won't bother with, and they are led to a mentally challenged man who works at the bowling alley.

Mulder egy napon arra ébred, hogy egy idegen motelban fekszik, véres ingben, és nem emlékszik az előző napok történéseire. Scullyt hívja segítségül, és hamarosan egy kettős gyilkosság gyanúsítottjaként hallgatja ki a rendőrség.

Amikor Kanada hegyei között egy idegen holttestére bukkannak, Mulder-rel kapcsolatba lép egy Michael Kritschgau nevű férfi, és egy kormányzati egyezményről számol be neki, melynek lényege, hogy többé ne tartsák titokban az idegenek létezését és meggyőzzék az embereket, hogy kétségek nélkül higgyenek bennük. Az akció elsődleges célpontja Mulder.