24 hodin předtím, než agentka Scullyová nahlásila komisi, že agent Mulder spáchal sebevraždu, se agenti dozvídají, že stopy spiknutí sahají až do FBI. Agent Mulder tajně pronikne do budovy výzkumné pobočky ministerstva obrany, kde doufá, že nalezne pro Scullyovou lék na rakovinu.

Agentka Scullyová následkem prohlubující se rakoviny upadá do komatu a agent Mulder má jen pár hodin na její záchranu.

Je rok 1989. Osamělí střelci (John Byers, Melvin Frohike a Richard 'Ringo' Langly) se poprvé setkávají. Pomáhají ženě, která se snaží zabránit testování nebezpečného biochemického přípravku na nic netušící veřejnosti. Stává se z nich nerozlučná trojce, která mnohokrát v budoucnu podá Mulderovi pomocnou ruku.

Agenti Mulder a Scullyová jedou se dvěma jinými agenty na seminář na Floridu. Při cestě uvíznou před policejním zátarasem. Od policistů se dozví o nezvěstných lidech v lesích na Floridě. Agenti Mulder a Scullyová se rozhodnou pomoci při vyšetřování. Narazí na primitivní tvory se zářivě červenýma očima, kteří se dokáží zvláštním způsobem maskovat a tak splynout s okolím.

Agenti Mulder a Scullyová narazí na obyvatele jedné zapadlé vesnice, kteří tvrdí, že v okolí obchází neznámý netvor. Svědkové uvádí, že monstrum je ohavný muž se dvěma tvářemi.

Záhadný telefonát a zdánlivá sebevražda přivedou agentku Scullyovou k malému děvčátku Emily. Nejprve si Scullyová myslí, že Emily je dcerou její zemřelé sestry Melissy, ale přesný test DNA prokáže, že Emily je její dcera...

Scullyové dcera Emily trpí vážnou smrtelnou chorobou. Spolu s Mulderem se snaží najít pro ní lék. Na Emilyině šíji se objeví cista. Když se z ní lékařka snaží dostat vzorek, vyteče zelená tekutina.

Robert Modell alias nutič uteče z vězení a rozehrává temnou hru na kočku a myš s agenty Mulderem a Scullyovou. Objevuje se však další člověk, který má stejně jako Modell temný dar vnutit lidem svoji vůli.

Agenti Mulder a Scullyová vyšetřují brutální vraždu Phila Riche, z níž je podezřelý jeho nevlastní syn Bobby. Mrtvé tělo bylo nalezené v sadu zakopané v blátě tak, že trčela pouze hlava a část hrudníku. V žaludku měl několik kilogramů hlíny. Bobbyho matka, která ho našla poblíž mrtvého těla však tvrdí, že se Bobby snažil Philovi pomoci dostat ze země kam ho stahovala neviditelná síla.

Obyvatele přímořského městečka Amma Beach ve státě Maine znepokojuje malá holčička a její mluvící panenka.

Agenti Mulder a Scullyová narazí při vyšetřování střelby mezi drogovými dealery a policií v kavárně na inteligentní počítačový program, jenž se rozhodne zničit své stvořitele, kterým se pravděpodobně podařilo vytvořit umělou inteligenci.

Agenti Mulder a Scullyová vyšetřují tajemné úmrtí dobytka v malém texaském městečku. Zvířata mají na těle dvě zřetelné ranky po vpichu. Oběti jsou však brzy i mezi lidmi. Mulder je přesvědčen, že se jedná o dílo novodobých upírů.

Agentka Scullyová podstupuje hypnózu, aby si vzpomněla na události z místa hromadného upálení. Nové skutečnosti opět přivádí agenta Muldera na stopu důkazů o existenci mimozemského života.

Ještě před vznikem sekce Akt X pod FBI, v roce 1990 navštěvuje agent Mulder Arthura Dalese, agenta FBI ve výslužbě. Chce se od něj dozvědět něco bližšího o neobjasněných úmrtích v padesátých letech, které úzce souvisí s Mulderovým otcem.

Agenti Mulder a Scullyová se při vyšetřování případu vraždy setkávají se slepou ženou, která má schopnost vidět očima vraha.

Agentku Scullyovou požádá o pomoc otec McCue, který jí pomáhal v době jejího zápasu s rakovinou, protože byl svědkem podivné události.

Šestnáctiletá Dara je odkázána od narození na kolečkový vozík. Otec McCue byl svědkem toho, jak se Dara pohybovala po noční ulici bez vozíku. Uprostřed ulice poklekla na zem před tmavou postavou s rukama vyzdviženýma nahoru. Poté okolí zalila oslepující záře. Když přiběhl otec McCue ke stále klečící Daře, s hrůzou zjistil, že je mrtvá s vypálenými očními jamkami.

Agent Mulder proniká v utajení do ozbrojené teroristické skupiny, která vlastní smrtící patogen. V jejich rukou představuje smrtící zbraň.

Agent Mulder se stává rukojmím muže, který tvrdí, že jeho šéf má podobu hmyzí příšery.

Agenti Mulder a Scullyová se setkávají s chlapcem, který má schopnost číst myšlenky a může oběma pomoci odhalit skryté záhady Akt X.