มัลเดอร์เข้าไปในศูนย์วิจัยลับแห่งหนึ่งที่อาจจะมียารักษาอาการป่วยของสกัลลี่ ในขณะเดียวกัน สกัลลี่ก็ทำการทดลองโดยหวังว่าจะหาต้นกำเนิดของโรคได้

ในขณะที่มัลเดอร์ยังออกค้นหาวิธีรักษาโรคให้สกัลลี่และหาตัวตนของหนอนบ่อนไส้ในองค์กร เขาก็ได้รับความช่วยเหลือจากแหล่งข่าวที่ไม่น่าเป็นไปได้

ในปี 1989 กลุ่มโลนกันเมนได้พบกันเป็นครั้งแรก เมื่อพวกเขาได้เข้าช่วยเหลือผู้หญิงคนหนึ่งที่อ้างว่ารัฐบาลกำลังวางแผนจะใช้ประชาชนเป็นหนูทดลองในการทดลองลับ

ทีมเจ้าหน้าที่ลงมือสืบสวนเมื่อมีคนหายตัวไปหลายคนในพื้นที่ห่างไกลของฟลอริดา

ชาวเมืองในชนบทของอินดีแอนาเชื่อว่ามีสัตว์ประหลาดรูปร่างคล้ายแฟรงเกนสไตน์กำลังอาละวาด

สกัลลี่และมัลเดอร์ตามหาวิธีรักษาโรคให้เอมิลี่

มัลเดอร์และสกัลลี่ตามล่าตัวโรเบิร์ต โมเดลล์หรือพุชเชอร์ หลังจากที่เขาแหกคุกออกมาได้สำเร็จ

หนุ่มวัยรุ่นคนหนึ่งที่กำลังรักษาอาการทางจิตได้กลายเป็นผู้ต้องสงสัยหลักในคดีฆาตกรรมพ่อเลี้ยงของเขา

เมืองริมหาดแห่งหนึ่งในรัฐเมนกำลังโดนคุกคามโดยเด็กสาวตัวน้อยและตุ๊กตาของเธอ

โปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่เกิดมีความรู้สึกนึกคิดขึ้นมาได้ตั้งเป้าหมายทำลายล้างผู้สร้างของมัน

ทีมเจ้าหน้าที่เล่ามุมมองของตัวเองเกี่ยวกับเหตุการณ์ที่นำไปสู่การสังหารเด็กวัยรุ่นคนหนึ่งซึ่งถูกสงสัยว่าเป็นแวมไพร์

ทีมเจ้าหน้าที่ออกค้นหาคำตอบเมื่อกลุ่มคนที่เคยถูกยูเอฟโอลักพาตัว มารวมตัวกันและถูกเผาทั้งเป็น

สกัลลี่เข้ารับการสะกดจิตเพื่อพยายามนึกให้ออกว่าเกิดอะไรขึ้นที่จุดเกิดเหตุการเผาหมู่

ในยุค 1950 เจ้าหน้าที่เอฟบีไอสองคนสืบสวนการตายอันแปลกประหลาดที่เกี่ยวข้องกับพ่อของมัลเดอร์

มัลเดอร์สงสัยว่าผู้หญิงตาบอดคนหนึ่งมีพลังในการมองเห็นผ่านสายตาของฆาตกร

บาทหลวงคนหนึ่งมาขอให้สกัลลี่ช่วยหลังจากเด็กสาวผู้พิการเสียชีวิตอย่างมีเงื่อนงำ

มัลเดอร์แฝงตัวเข้าไปในกลุ่มกองกำลังติดอาวุธที่ครอบครองอาวุธเชื้อโรคร้ายแรง

มัลเดอร์โดนจับเป็นตัวประกันโดยชายคนหนึ่งที่อ้างว่าเจ้านายของเขาคือปีศาจจริงๆ

เด็กผู้ชายคนหนึ่งที่มีพลังจิตหยั่งรู้อาจจะเป็นคนกุมความลับที่จะไขปริศนาของหน่วยเอ็กซ์ไฟลส์