ในขณะที่สกัลลี่ สกินเนอร์ และด็อกเกตต์กำลังตามหากิบสัน เพรซที่หายตัวไป พวกเขาก็ได้เจอกับมนุษย์ต่างดาวนักล่าค่าหัวที่ใช้ความสามารถในการเปลี่ยนแปลงรูปร่างเพื่อหลอกเอฟบีไอและสังหารเด็กคนนั้น

สกัลลี่และด็อกเกตต์สืบสวนคดีฆาตกรรมหลายคดีเกี่ยวกับสัตว์ประหลาดสุดสะพรึงที่มีรูปร่างคล้ายค้างคาว

สกัลลี่ติดอยู่ในพื้นที่ห่างไกลในเมืองที่ผู้คนนับถือบูชาคนคนหนึ่งที่เคยโบกรถติดมา

จู่ๆ เด็กผู้ชายคนหนึ่งที่หายตัวไปเมื่อสิบปีก่อนก็ปรากฏตัวอีกครั้ง โดยที่เขาไม่แก่ขึ้นเลยแม้แต่วันเดียว

ชายคนหนึ่งที่โดนกล่าวหาว่าฆ่าภรรยา รู้ตัวว่าได้รับโอกาสแก้ไขข้อผิดพลาดในอดีตอีกครั้ง

ด็อกเกตต์สืบสวนผู้นำลัทธิคนหนึ่งที่ดูเหมือนจะมีพลังในการไปปรากฏตัวในฝันของเหยื่อ ส่วนสกัลลี่ต้องเข้าโรงพยาบาล

ทีมเจ้าหน้าที่ตามหาฆาตกรคนหนึ่งที่ดูเหมือนจะมีพลังในการมองเห็นทะลุกำแพง

สกัลลี่และด็อกเกตต์ตามรอยผู้ชายที่มีร่างกายเป็นโลหะซึ่งตั้งใจจะฆ่าทุกคนที่เป็นต้นเหตุทำให้เขาเป็นแบบนี้

ทีมเจ้าหน้าที่ตามล่าพ่อมดชาวอินเดียคนหนึ่งที่มีพลังควบคุมความคิดผู้อื่น

ด็อกเกตต์พยายามไขปริศนาเกี่ยวกับมัลเดอร์และสัตว์ประหลาดในตำนานที่เกี่ยวข้องกับปูมหลังของชาวพื้นเมืองในอเมริกัน

ด็อกเกตต์และทีมผู้เชี่ยวชาญต้องแข่งกับเวลาเพื่อไขปริศนาเกี่ยวกับความตายสุดประหลาดในอุโมงค์ใต้ดินของบอสตัน

สกัลลี่กลัวว่าเธอกับหญิงตั้งครรภ์อีกคนจะคลอดลูกออกมาเป็นมนุษย์ต่างดาว

สกัลลี่ ด็อกเกตต์ สกินเนอร์ ร่วมด้วยเจ้าหน้าที่เอฟบีไอโมนิก้า เรเยสออกตามหาตัวเจเรไมอาห์ สมิธ หลังจากที่ยูเอฟโอได้มายังโลกและดูดร่างกลุ่มคนผู้อ่อนแอที่มีประวัติโดนลักพาตัวไป

หลังจากฝังร่างมัลเดอร์เสร็จ ศพของคนที่เคยโดนลักพาตัวไปกลับฟื้นคืนมามีชีวิตอีกครั้ง และนั่นทำให้สกัลลี่กับสกินเนอร์มีหวัง

ความพยายามของพนักงานสำรวจสำมะโนครัวสหรัฐอเมริกาที่พยายามเตือนทำเนียบขาวเกี่ยวกับการรุกรานของมนุษย์ต่างดาว จุดประกายให้มัลเดอร์ออกไปค้นคว้าในศูนย์รวบรวมข้อมูล

ทีมเจ้าหน้าที่ตามหาผู้ชายคนหนึ่งที่อาจจะมีส่วนเกี่ยวข้องกับการตายของลูกชายด็อกเกตต์เมื่อหลายปีก่อน ซึ่งผู้ชายคนนี้อาจจะโดนปีศาจร้ายเข้าสิงอยู่

Mulder and Doggett are reluctantly thrown together to investigate several deaths aboard an oil rig, and Mulder becomes convinced that the rig is really carrying the black oil alien.

While Scully takes maternity leave, Doggett is partnered with a young agent who is fascinated with the X-Files and has followed Mulder and Scully's careers. She and Doggett investigate the death of an old man and the disappearance of his son, but when they disappear as well Mulder heads out to search for them.

Mulder and Doggett join forces to investigate the arson attack on a genetics lab where one of the doctors suspected of experimenting with alien impregnation is killed. They encounter Billy Miles, who has been changed into an alien replicant after his recent abduction and is attempting to erase evidence of the tests. When a woman helping Scully out at home is found to be a part of the conspiracy, the agents, along with Monica Reyes and Alex Krycek, know they must protect Scully and her baby from Billy Miles and get her out of the city.

Mulder, Doggett and Skinner attempt to fight off the alien replicants, and they find a connection to the conspiracy that leads into the FBI while Reyes and Scully head to a remote farm to safeguard the birth of Scully's child.