FBI wszczyna poszukiwania Muldera. Szefem grupy dochodzeniowej zostaje agent specjalny John Doggett. Scully pozostaje wobec niego bardzo nieufna, więc decyduje się na szukanie zaginionego partnera wraz z Walterem Skinnerem. Tymczasem w FBI znikają tajne dokumenty dotyczące Gibsona Praisa. Agenci postanawiają jak najszybciej odnaleźć chłopca.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Scully i Skinner odnajdują Gibsona Praisa. Chłopiec nie wie komu ufać, ponieważ boi się porwania przez Łowców. Agenci ukrywają chłopca na pustyni, tuż pod statkiem kosmicznym, na którym przebywa Mulder. Tymczasem Łowcy są coraz bliżej złapania Gibsona, gdyż mogą upodobnić się do dowolnej osoby. Gdy chłopiec jest już bezpieczny w szpitalu, Scully zabija Łowcę. Doggett zostaje oficjalnie przydzielony do Archiwum X.

Scully i Doggett prowadzą śledztwo w sprawie ataków dokonywanych przez stworzenie podobne do wielkiego nietoperza, które najprawdopodobniej przez kilkadziesiąt lat spoczywało w uśpieniu. Scully czuje, iż jej lojalność wobec Muldera wymaga także odrzucenia naukowych ograniczeń i otwarcia umysłu na to, co wydaje się niemożliwe. Rolę sceptyka przyjmuje natomiast Doggett, chociaż perspektywa zmienia mu się nieco w momencie, gdy sam zostaje zaatakowany.

Scully zostaje pojmana przez małomiasteczkową sektę, która otacza kultem stworzenie podobne do ślimaka. Paraślimak potrzebuje żywiciela, a aktualnie zarażony nim mężczyzna jest najwyraźniej na skraju zapaści. Scully ma zająć jego miejsce. Szczęśliwie Doggettowi udaje się zlokalizować partnerkę w samą porę. To doświadczenie jest dla Scully ważną lekcją – uświadamia sobie, że musi się nauczyć ufać Doggettowi.

Chłopiec, który zniknął w tajemniczych okolicznościach dziesięć lat wcześniej, pojawia się znikąd żywy i zdrowy, chociaż ani o jeden dzień starszy. Doggett ma nadzieję zlokalizować porywacza, jednak kolejne wydarzenia każą mu wątpić w tożsamość chłopca. Ponadto okoliczności sprawy boleśnie przypominają mu jego własną rodzinną tragedię.

Przyjaciel Doggetta, prokurator Martin Wells, jest oskarżony o zabicie swojej małżonki. Przedstawia jednak niesamowitą historię: twierdzi, iż czas biegnie dla niego w przeciwnym kierunku i dostał tę szansę, by naprawić popełnione błędy. Nie jest mu jednak łatwo przekonać Scully i Doggetta do swojej wersji. Ma z nimi kłopot za każdym razem.

Scully ma kłopoty ze zdrowiem i trafia do szpitala na obserwację. Pozostawiony sam sobie Doggett angażuje się w śledztwo w sprawie śmierci dwudziestu członków sekty i dwóch agentów FBI. Wygląda na to, iż guru sekty opanował umiejętność oddziaływania na ludzkie umysły skoncentrowaną energią tak zwanego trzeciego oka.

Ginie człowiek – zabójca trafił idealnie, chociaż nie mógł widzieć swojej ofiary. Z uwagi na techniczne okoliczności sprawy Scully dochodzi do wniosku, iż sprawca zabójstwa potrafi przenikać wzrokiem ściany. Podejrzenia Doggetta koncentrują się na dwóch braciach prowadzących wspólnie firmę deratyzacyjną.

Weteran wojny w Zatoce, Ray Pearce umiera. Jego żona twierdzi, że śmierć nastąpiła z powodu zespołu stresu pourazowego. Kiedy jednak ginie również przyjaciel Pearce’a, Scully i Doggett zaczynają wątpić, czy Ray faktycznie nie żyje. Śledztwo doprowadza ich do firmy Chambers Technologies, gdzie są prowadzone badania nad inteligentnym metalem. Okazuje się, że mężczyźni poddali się eksperymentowi, który miał uczynić z nich niezniszczalnych ludzi.

W pokoju hotelowym umiera mężczyzna, który dopiero co wrócił z podróży do Indii. Sekcja zwłok dowodzi istnienia rozległych obrażeń w ciele ofiary, a na dodatek stopień stężenia pośmiertnego sugeruje czas śmierci wcześniejszy, niż by to wynikało z relacji świadków. Scully wysnuwa teorię, że ktoś (lub coś) ukrył się we wnętrzu mężczyzny i potem wydostał na wolność. Kluczem do zagadki wydaje się być 11-letni chłopiec z ubogiej hinduskiej kasty, jeżdżący na wózku inwalidzkim.

Doggett bada okoliczności wyprawy, którą Mulder podjął niedługo przed swoim zniknięciem. Wygląda na to, iż szukał dla siebie pomocy u legendarnego stworzenia, które ma moc leczenia wszelkich chorób. Jednak kontakt z tą istotą uświadomił Mulderowi, iż każde wyleczone schorzenie uzdrowiciel przejmuje na siebie i przez to jego życie jest jednym wielkim cierpieniem. Postanowił zabić tę istotę, by jej ulżyć. Doggett podejmuje działania bardziej zgodne z formalną procedurą, lecz przypłaca to jednak życiem. Niespodziewanie właśnie uzdrowiciel przychodzi mu z pomocą.

Policjant patrolujący peron metra zostaje zaatakowany i ginie gwałtowną śmiercią. Na jego ciele widać ślady żrącej substancji. Naczelnik policji jest bardzo niechętny zarządzonemu przez FBI wstrzymaniu kursowania pociągów. Doggett bada podziemia metra i odnajduje kolejne zwłoki, a Scully na zmianę walczy z upartym naczelnikiem i szuka możliwego wyjaśnienia tajemniczych zgonów.

Z Dogettem i Scully kontaktuje się mężczyzna, który twierdzi, iż jego żona została zamordowana wkrótce po tym, gdy urodziła dziecko. Tyle, że nie on był jego ojcem, lecz kosmita. Okazuje się, że nie był to jedyny tego rodzaju przypadek. Sama Scully zaczyna się zastanawiać, czy zajście przez nią samą w ciążę nie miało podobnego początku.

W Montanie znaleziono Teresę Hoese, uprowadzoną przez Obcych krótko przed Mulderem. Scully, Doggett i Skinner odwiedzają ją w szpitalu. Kobieta jest ciężko ranna w wyniku obrażeń odniesionych podczas badań na statku kosmitów. Teresę odnajduje też dawny znajomy agentów, Jeremiah Smith. W Montanie pojawiło się ostatnio mnóstwo doniesień o przybyszach z kosmosu. Scully i Skinner docierają na miejsce, gdzie znaleziono Teresę. Czeka na nich również Monica Reyes, agentka FBI z Nowego Orleanu, która specjalizuje się w sprawach morderstw rytualnych. Doggett znajduje zwłoki Muldera.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Na pogrzebie Muldera spotkali się Doggett, Skinner oraz Scully. Szczególnie dla Scully jest to bolesne przeżycie, ponieważ Kersh chce na zawsze zamknąć Archiwum X. Rybacy u wybrzeży Karoliny Północnej złowili w sieci ciało. W kostnicy topielec ożywa. Okazuje się, że jest to Billy Miles, porwany przez Obcych razem z Mulderem. Skinner i Doggett zabierają zwłoki Muldera do szpitala wojskowego. Okazuje się, że ciało agenta żyje, ale jego mózg znajduje się w stanie rozkładu. Krycek proponuje Skinnerowi szczepionkę dla Muldera, lecz w zamian chce, by Scully nie urodziła dziecka.

Mężczyzna ginie od postrzału na trawniku przed Białym Domem. Przed śmiercią udaje mu się przekazać jednemu z agentów ochrony płytę z napisem: „Fight The Future”. W tym czasie Mulder szybko powraca do zdrowia, ale wciąż pamięta koszmarne doświadczenia, które Obcy przeprowadzali na nim. Scully zabiera go do siebie. Obawia się mu wyznać, że ma już nowego partnera w FBI. Mulder nie będzie zachwycony, gdy odkryje, że ktoś zajął jego miejsce w Archiwum X i nie kryje, że jest wściekły na Doggetta. Tymczasem Absalom ucieka z więzienia.

W Nowym Orleanie doszło do strzelaniny. Na miejscu zbrodni zjawia się agent specjalny Monica Reyes, gdyż prowadzący sprawę policjant uważa, że morderstwo ma coś wspólnego z okultyzmem. Reyes nie widzi w zabójstwie niczego diabolicznego do czasu, gdy spostrzega, że ciało jednej z ofiar zamienia się w proch. Scully z powodu problemów zdrowotnych trafia do szpitala. Reyes prosi Muldera o pomoc, gdyż sądzi, że sprawa może mieć związek z zabójstwem syna Doggetta. Sprawca strzelaniny jest coraz bardziej zdesperowany – wydaje mu się, że cała jego twarz płonie.

Na platformie wiertniczej w Zatoce Meksykańskiej dzieją się dziwne rzeczy. Mulder zakrada się do Archiwum X, by przejrzeć akta podobnych spraw. Doggett oficjalnie rozpoczyna śledztwo w tej sprawie i odkrywa, że Mulder zjawił się przed nim na platformie, gdzie doszło do tajemniczego zgonu. Mężczyźni zaczynają ze sobą współpracować. Zdaniem Foxa na dnie morza znajduje się wirus obcych – czarna ropa. Jeśli zostanie wydobyty, zainfekuje miliony ludzi. Doggett nie wierzy w tę hipotezę, ale zachowanie świadka dramatycznych wydarzeń wydaje mu się podejrzane.

Scully odchodzi na urlop macierzyński, a w jej zastępstwie Doggettowi zostaje przydzielona tymczasowa partnerka, Leyla Harrison. Wraz z Doggettem badają sprawę zgonów, w których znaczącą rolę zdaje się odgrywać jad jaszczurki. Wkrótce potem oboje znikają. Mulder włącza się w sprawę i odnajduje parę pechowych agentów uwięzionych w jaskini i oślepionych przez jad. W pobliżu zaś krąży zmutowany człowiek-jaszczur, który jest najwyraźniej głodny.

Zbliża się termin porodu Scully i w związku z tym wprowadza się do niej pielęgniarka Lizzy, która wkrótce potem zostaje przyłapana, gdy podrzuca agentce nieznane leki. Przesłuchiwana przez Muldera i Doggetta kobieta przyznaje, że pracuje w laboratorium Haskela, które od lat zajmuje się klonowaniem ludzi. Działalność tej instytucji była opłacana przez organizację, która starała się zapobiec inwazji przybyszów z kosmosu, ale prawie wszyscy jej członkowie zostali zamordowani przez obcych.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Wraz z narodzinami dziecka agentki Scully wszystkie najważniejsze tajemnice Archiwum X zostaną odsłonięte. Szczątki Billy’ego Milesa, który ją ścigał, trafiają do kostnicy w Waszyngtonie, gdzie on niedługo potem w zawrotnym tempie odtwarza ludzką powłokę i rusza do siedziby FBI. Mulder, Doggett i Skinner dowiadują się, że jest on super-żołnierzem i jest praktycznie niezniszczalny. Agentka Reyes wywozi Scully w bezpieczne miejsce w Georgii. Po przywiezieniu kobieta zaczyna rodzić. Jej prześladowca i inni odnaleźli ją. Gdy Scully rodzi chłopca, super-żołnierze odchodzą, nie zabierając dziecka.