Agent Doggett istražuje smrt službenika vladine organizacije za zaštitu okoliša nakon što je njegovo vozilo s mosta skrenula žena koju je prethodno povezao. Doggett zatraži pomoć agentice Scully koja se vratila na mjesto predavača na FBI Akademiji u Quanticu.

Dijete Dane Scully pokazuje znakove koji nisu posve karakteristični za ljudsku vrstu. Sumnja se da je njezino dijete povezano s vladinom zavjerom. Doggett istražuje, a život mu ugrozi i potom spasi Shannon McMahon (Lucy Lawless). Reyes (Annabeth Gish) i dalje vodi bitku u FBI-u istodobno motreći Follmera.

Doggett i Reyes istražuju umorstvo para u Zapadnoj Virginiji, koje ima sve naznake sotonističkog obrednog ubijanja. Ubojstvo povezuju s liječnikom zatvorenim u umobolnici za kojeg Doggett smatra da upravlja ubojstvima iz svoje bolničke ćelije.

Dok nadzire ubojicu Irwina Lukesha, Doggett spazi kako Lukesh napada Reyes, a radnja se prebacuje u njezin stan i oboje se čine dobro. Istodobno na drugom mjestu u Doggetta je pucano, a Lukesh prepoznaje osobu koja je pucala - Reyes. Reyes mora vratiti značku i pištolj Follmeru, a Doggett leži u bolnici boreći se za život. Ubrzo postaje jasno da Lukesh posjeduje mogućnosti kombiniranja paralelnih svjetova i utjecaja na događaje u njima.

Kad statistu na lokalnoj kablovskoj televiziji iznenada pozli, zbog čega i umre, Doggett i Reyes započinju istragu. No, kad iz žrtvinih očiju počnu izlijetati muhe, oni se oslone na stručnost Dane Scully koja im pomaže u istrazi.

Scully prilazi par koji tvrdi da njihovo dijete ima iste sposobnosti kao i William i ponude informacije o vrhunskom vojnom programu. Međutim, oni žele razgovarati isključivo s Mulderom, vjerujući da je on jedina osoba koja može uspostaviti vezu i otkriti istinu. Scully se nađe u nezgodnoj situaciji kada mora odlučiti želi li staviti Mulderov život na kocku, ali očajnički ga želi vidjeti.

Scully i Reyes udruže snage i pokušaju pronaći Doggetta nakon što on nestane. Doggett ima vlastitih problema budući da se probudio u zatvoru u Meksiku i pati od amnezije. Ne znajući tko je, Doggett se sprijateljuje s mještaninom koji ga ubrzo uvede u posao ilegalnog krijumčarenja imigranata.

Agentica Reyes preuzima istragu o čovjeku kojem je oderana koža nakon što je imao vizije o pojavljivanju takvih ljudi. Reyes poziva Scully da joj pomogne pri rješavanju slučaja, što se pokaže dobrim potezom kada Scully ukaže na povezanost sa sličnim slučajem iz 1960. godine.

Kad se pojave ostaci svemirskog broda nasukanog na obali Afrike, netko iz FBI-a pokuša zataškati vijesti od odjela Dosjei-X, osobito od osobe kojoj ti ostaci imaju posebno značenje - Scully. Doggett i Reyes doznaju da se Scully i William nalaze u velikoj opasnosti, pa oni odlaze za njima kako bi ih spasili od zlih sila koje ih slijede. Scully je prisljena primijeniti drastične mjere kako bi zaštitila dijete.

Poslije saobraćajne nesreće Rej se osjeća veoma nelagodno, u međuvremenu agent Dogget odbija povjerovati u čudni nestanak koji je vidio drugi agent.

Scully, Doggett i Reyes istražuju stari slučaj na kojem je Doggett radio još kao policajac u Brooklynu, nazvan "The Screwdriver Killer". Pokušavaju utvrditi je li čovjek koji je bio osuđivan i koji je upravo pušten iz zatvora odgovoran za ubojstva. Doggett smatra da je bio uhvatio pravog ubojicu i uvjeren je da će tek pušteni zločinac ponovno napasti. Kad Reyes ustanovi da Doggettov krivac ima nadnaravne moći koje mu omogućavaju da ubija i ne ostavi nikakve tragove, agenti moraju požuriti kako bi ga zaustavili.

Dok Rej koristi numerologiju kako bi razotkrio serijskog ubicu zajedno sa Skali biva zarobljen od misterioznog šahiste koji bi mogao da da odgovore na njihova pitanja.

Agent Harrison nagovori Doggetta i Reyes da istraže dječakovu tvrdnju da su čudovišta ubila njegovu majku, za koju je službeno utvrđeno da se sama više puta nasmrt

Kad bivši Čovjek u crnom Morris Fletcher agentima da informaciju o super vojnicima, oni zatraže pomoć od Usamljenog Revolveraša.

Doggett uhvati provalnika u ured Dosjea X koji pokušava ukrasti dokumente vezane za Mulderovu sestru. Provalnik je ožiljcima prekriveni čovjek koji za svoju unakaženost krivi vladine uhode. Doggett saznaje da mu je u provali pomogao sam Mulder. Iako ne želi okriti gdje se nalazi nestali agent, tajnoviti čovjek dobro poznaje sadržaje dosjea X, što navede Doggetta da pomisli da se pred njim nalazi sam Mulder. Scully se zabrine za sigurnost sina nakon što mu ubrizgaju nepoznatu tvar. Williamova tajna postaje sve mračnija, pa ga Scully odluči skloniti za njegovo osobno dobro.

Kada mladi FBI-ev kadet izvrsnih sposobnosti i vještina priđe Doggettu, Reyes i Scully s tragom koji vodi do osumnjičenog za nedavna ubojstva, on tvrdi da se radi o istoj osobi koja je odgovorna i za smrt Doggettovog sina. Agenti se zapitaju proizlazi li njegovo poznavanje tih slučajeva iz opsjednutosti slučajevima koje je učio u Quanticu ili je i sam umiješan u njih.

Doggett i Reyes istražuju ubojstvo koje se dogodilo izvan kuće u kojoj se snimala serija "Brady Bunch". Vlasnik joj je Oliver koji je, opsjednut serijom, namjestio kuću da izgleda kao kuća Bradyjevih.

Mulder stiže helikopterom pred kompleks Mount Weather, vladinu zgradu u Bluemontu u Virginiji. Dok ostali ulaze u zgradu, Mulder bježi. Ulazi u zaštićeno područje i pronalazi nešto zapanjujuće u kompjuteru, ali ga, prije nego išta može napraviti, vidi Knowle Rohrer. Oni se potuku, a Rohrer krene u potjeru za Mulderom. Uto se pojavljuje Krycek koji pomaže Mulderu. U novoj tuči Mulder gurne Rohrera na elektricitetom nabijene žice čime ga naizgled usmrti. Stražari odvode Muldera u zatvor gdje ga posjećuju Scully i Skinner. Mulder im se čini pasivan, nerazgovorljiv i "ispranog mozga". Govori im da je kriv i da ga treba kazniti. Kad ostane sam, prilazi mu Kraycek. Kersh moli u Quanticu da ne budu preoštri s Mulderom i ondje saznaje da će Mulderu suditi pred vojnim sudom. Kad ga ponovo posjete, Mulder govori da je pri prethodnom posjetu morao glumiti. Skinner pristane braniti Muldera na sudu. Ulaze Doggett i Reyes s vijestima da vojska tvrdi da posjeduju tijelo Knowla Rohrera, za što agenti znaju da je nemoguće, jer supervojnici ne mogu umrijeti...

Kada Mulder bude spašen od osobe koju je najmanje očekivao i odbija da ide na sjever do granice sigurnosti.Umjesto toga on ide jugozapadno do ruševina Anasazi indijanaca u Novom Meksiku i traži misterioznog čovjeka kojeg svi zovu "The Keeper of the Truth".