Samanaikaisesti, kun Doggettin tutkimuksille FBI:n päämajassa asetetaan esteitä, vesi koituu joidenkin pahaa-aavistamattomien miesten kohtaloksi. Uhka Scullyn vauvan yltä ei ole väistynyt.

Supersotilaana esiintyvä Shannon McMahon johdattaa FBI:n agentit laivaston alukseen rakennetun tutkimuslaboratorion jäljille.

Doggett ja Reyes tutkivat Länsi-Virginiassa iäkkään pariskunnan murhia, joiden taustalla näyttävät olevan saatananpalvojien rituaalit.

Jokin murhista epäillyn Irwin Lukeshin kiinniotossa menee pahasti vikaan, ja vakavasti haavoittuneen Doggettin ampuja näyttääkin olevan FBI:n agentti.

Doggett ja Reyes tutkivat tositv-ohjelman kuvauksissa sattunutta kuolemantapausta.

FBI:lle luvataan tietoja supersotilaista siinä tapauksessa, että Scully paljastaa piileskelevän Mulderin olinpaikan.

Meksikolaisessa kaupunkipahasessa heräävällä Doggettilla ei ole pienintäkään aavistusta omasta henkilöllisyydestään.

Entisten rikollisten vihanhallintaterapiaryhmän jäsen nyljetään elävältä. Murha ei jää viimeiseksi, eikä se ole ensimmäinen. Samanlaisia murhia tapahtui myös 60-luvulla. Mutta mikä on saanut agentti Reyesin kiinnostumaan juuri tästä, poikkeuksellisen karmivalla tavalla tehdystä murhasta?

Mies yrittää tulla salaa Kanadasta USA:han, mutta rajavartijat huomaavat hänet. Mieheltä löytyy papereita, jotka ovat täynnä merkkejä, joita Scully näki aiemmin Afrikassa avaruusaluksen rungossa. Asiaan sekaantuu avaruusolentojen herruuteen uskova lahko, joka yrittää saada käsiinsä Scullyn pienokaisen Williamin.

FBI:n johdon salailu pakottaa Scullyn ja Reyesin ja Lone Gunmen -ryhmän etsimään kidnapattua Williamia ilman viranomaisten apua. Agentti Comer kertoo Scullylle ennustuksesta, jota hän yrittää estää toteutumasta.

Monica joutuu kolarin jälkeen sairaalaan teho-osastolle ja lääkäri julistaa hänet aivokuolleeksi. John ei suostu uskomaan sitä ja saakin tukea yllättävältä taholta. Hänen pitää vain saada muut hyväksymään, että Monica voidaan yhä pelastaa.

Doggett käynnistää tutkimukset uudestaan, kun DNA-testi vapauttaa hänen 13 vuotta sitten vangitsemansa sarjamurhaajan.

Monica löytää yllättävän yhteyden, jolla FBI pääsee numeroihin nitkahtaneen sarjamurhaajan jäljille. Monien on kuitenkin vaikea hyväksyä, että numerologia voisi oikeasti auttaa murhaajan kiinniottamisessa.

Mulderin ja Scullyn suurella fanilla agentti Leyla Harrisonilla on Scullylle tapaus, joka kuuluu x-arkistoille. Isänsä kanssa syrjäseudulla asuva Tommy väittää, että sängyn alla asuvat hirviöt tekivät selvää hänen äidistään. Kun Scully ei usko Leylaa, tämä houkuttelee Reyesin ja Doggettin mukaansa. Pian he ovat jumissa syrjäisessä vuoristossa hirviöiden armoilla.

John Doggett ja Monica Reyes pyytävät Lone Gunmen -ryhmän apua, kun käy ilmi, että heidän ystävänsä Yves Adele Harlow saattaa kuulua ns. supersotilaiden iskuryhmään. Tapauksen selvittäminen vaatii ystävyksiltä suuren uhrauksen.

Danan pienokainen joutuu jälleen vaaratilanteeseen, kun hallituksen salaliittolaisten koekaniiniksi joutunut mies ilmestyy FBI:n päämajaan. Doggett epäilee miestä Fox Mulderiksi.

Lahjakas FBI-akatemian oppilas yhdistää hämmästyttävällä tavalla Doggettin pojan vuosia sitten tapahtuneen kuoleman juuri käynnissä olevaan murhatutkimukseen.

70-luvun huippusuositun The Brady Bunch -sarjan seurassa kasvaneella Oliver Martinilla on merkillinen kyky palata lapsuutensa mieliohjelman pariin milloin vain haluaa.

Uudessa-Meksikossa piileskellyt Fox Mulder viedään Knowle Rohrerin murhasta syytettynä sotilastuomioistuimen eteen.