O Esquadrão Dominó, antes de sua vitória na Lua Rishi, são treinados em Kamino. Com grandes dificuldades, eles tentam passar pelo teste final, na Cidadela. Julgados pelos caçadores de recompensas El-les e Bric, os conflitos entre os recrutas quase causa o fim do esquadrão.

O antigo Esquadrão Dominó retorna a Kamino. Um grande ataque a fabrica de clones liderado por Asaj Ventress e o General Grievous. Seu objetivo, o DNA clone. Sem Jango Fett, as fabricas produzem mais clones defeituosos, fazendo esse DNA necessário. O 501ª batalhão vai a Kamino, mas Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker não fazem ideia do que terão de enfrentar. Enquanto isso, os membros restantes do Esquadrão Dominó encontra o clone defeituoso CT-99 em um pedido de ajuda.

As tropas do Mestre Jedi Ima-Gu Di e as de Cham Syndulla ficam presas em Ryloth, cercados por tropas separatistas. O senador Bail Organa e Jar Jar Binks são enviados a Toydaria para negociar com o Rei Katuunko, na tentativa de conseguir ajuda para salvar todos em Ryloth.

A família do presidente Papanoida é sequestrada e é pedido um resgate. Ahsoka deve juntar-se com o senador de Pantora, Riyo Chuchi, para ajudar o novo presidente na recuperação de sua família antes que a Federação do Comércio possa influenciar indevidamente no futuro de seu planeta.

Padmé, em uma missão diplomática em Mandalore, garante ao planeta pacifista total proteção da República, mas ela e a Duquesa Satine em breve encontrarão algo sinistro escondido sob a fachada serena do planeta.

Para seu desgosto, Ahsoka tem que dar uma aula na academia de Mandalore.

Enquanto está em uma missão para proteger a Senadora Amidala, Ahsoka começa a ter visões recorrentes de uma certa caçadora de recompensas.

Enquanto está em uma importante viagem de compras em Coruscant, C-3PO é raptado pelo sinistro caçador de recompensas Cad Bane, em uma trama covarde para libertar Ziro The Hutt. Pode R2-D2 ajudar seu colega a escapar a tempo de avisar o Jedi?

O Conselho Hutt afasta Ziro. Mas os Hutts não são os únicos! Será que eles vão capturar o Hutt traiçoeiro? Ou poderá Obi-Wan Kenobi e Mestre Jedi Quinlan Vos levar ele a justiça?

Padme Amidala e Ahsoka Tano viajam para Raxus na tentativa de assinar um acordo de paz com os separatistas. Como Padme pede a ajuda a um ex-mentor, Mina Bonteri, Ahsoka aprenderá algumas lições valiosas sobre a realidade da guerra.

Os Senadores Padme Amidala, Bail Organa e Onacanda Farr estão sob fogo, por se oporem a um projeto de lei, que quer se apropriar de fundos para criação de milhões de novos clones.

Darth Sidious ordena que Conde Dooku elimine seu aprendiz, Asajj Ventress. Ventress sobrevive a tentativa de assassinato de Dooku, e foge para o planeta de Dathomir se juntar a seus parentes - as místicas Nightsisters - para ajudá-lo em uma campanha de vingança contra seu antigo mestre.

Quando o conde Dooku apela as Nightsisters buscando um substituto para Ventress, ela e seus parentes aproveitam a oportunidade para se vingar. Ventress visita o outro lado de Dathomir, planeta buscando o guerreiro mais brutal e poderoso entre eles. Através de sua feitiçaria, as Nightsisters transformam Savage Opress em um assassino monstruoso projetado para se tornar o seu novo mestre.

Anakin e Obi-Wan, são enviados para rastrear a figura misteriosa por trás das mortes de vários Jedi, em breve, se encontrarão na trilha do aprendiz monstruoso que Ventress criou: Savage Opress. No entanto, Dooku e Ventress também descobrirão que esse novo aprendiz tem uma vontade própria...

Uma força misteriosa chama Anakin, Obi-Wan e Ahsoka a um planeta distante, e seus habitantes - uma família com uma excepcional força poderosa - tentam determinar se Anakin é realmente o Escolhido

Antes do Jedi deixar Mortis, Filho captura Ahsoka em uma tentativa de seduzir Anakin a acompanhá-lo para usar sua força conjunta para dominar seu pai e sua irmã. Para este fim, o Filho lança Ahsoka sob o feitiço do lado negro.

Os Jedi continuam ilhados em Mortis, e do Filho que se aliou com o lado negro da Força e renovou seus esforços para converter Anakin, para se preparar para um confronto decisivo.

Obi-Wan Kenobi e Anakin levam uma equipe de resgate a uma profunda prisão separatista fortemente guardada, em um esforço para resgatar um Jedi em cativeiro, mas eles ficam presos por droides e são apresentados a um cruél diretor, dedicado a prevenir que ninguém fuja.

Com os presos libertados e o brutal guarda tentando desesperadamente frustrá-los, Obi-Wan e Anakin procuram uma saída para a Cidadela para voltar para Coruscant. A prisão, no entanto, tem mais armadilhas e perigos para eles, do que eles tinham imaginado, e devem deixar para trás suas diferenças, se quiserem escapar.

Depois que sua nave e única maneira de sair do planeta é destruída, Anakin e Obi-Wan deve levar os prisioneiros que escaparam através da paisagem perigosa de Lola Sayu, com o comandante Plo Koon e sua força-tarefa de quatro cruzadores, e seus combatentes em um ousado resgate, através das defesas separatistas.

Ahsoka encontra-se presa na lua Trandoshan, virando uma presa em uma caçada elaborada e cruel.