Klonkadett Tup leidet an einer schweren Nervenkrankheit, die letztlich den Tod eines Jedi-Meisters zur Folge hat. Um die Beweggründe für das Attentat herauszufinden, wird Tup zur Untersuchung zurück nach Kamino geschickt. Anakin ist Mitglied des Begleittrupps, doch dann werden sie von Separatisten angegriffen...

Klonkadett Tup wird in den sterilen Labors von Kamino untersucht, um die Gründe für sein schockierendes Attentat auf den Jedi-Meister herauszufinden. Dazu muss der Kadett Fives tief in sein Bewusstsein eindringen: Er stößt auf eine verborgene Code-Manipulation im Klonprogramm der Republik.

Der Körper des Klonkadetten Tup wird nach Coruscant gebracht, wo er von den Leibärzten des Kanzlers untersucht werden soll. Kadett Fives stellt selbstständig Nachforschungen an und findet heraus, das ein modifizierter Code in den Gehirnen aller Klone versteckt wurde...

Fives sucht weiterhin nach Antworten auf die mysteriöse Tat des Klonkadetten Tup. Er sucht das persönliche Gespräch mit Kanzler Palpatine, doch plötzlich wird er beschuldigt, ein Attentat auf den Kanzler verüben zu wollen. Daraufhin ergreift Fives die Flucht...

Während sie auf dem Planeten Scipio weilt, um eine Hilfsmission zu gründen, wird Padme Amidala von ihrem alten Rush Clovis zur Hilfe gerufen. Clovis fürchtet sich vor dem Kopfgeldjäger Embo, weil er gegen die Korruption auf seinem Planeten vorgehen will. Gemeinsam mit Padme versucht er, den Planeten zu verlassen und Hilfe zu holen...

Zurück auf Coruscant, wird Clovis aufgrund eines dubiosen Handels zum Chef seines von Korruption durchzogenen Clans ernannt. Anakins Misstrauen gegenüber Clovis sorgt für Spannung in der Beziehung zu Padme...

Nachdem er einen Pakt mit Count Dooku eingegangen ist, findet sich Clovis plötzlich im Krieg wieder. Da er den Krieg auf seinen Heimatplanenten Scipio gebracht hat, muss die Republik einschreiten.

Die friedvolle Welt Bardotta wird durch eine uralte Prophezeiung bedroht, doch ausgerechnet jetzt sind die spirituellen Führer des Volkes wie vom Erdboden verschwunden. Deshalb rufen die Bewohner des Planeten ihren Botschafter im Senat um Hilfe an. Und Jar Jar Binks gelingt es tatsächlich, Jedi-Meister Mace Windu von der Wichtigkeit der Aufgabe zu überzeugen...

Damit eine dunkle Prophezeiung erfüllt werden kann, hat ein mysteriöser Kult Julia, die Königin des Planeten Bardotta, entführt. Jetzt müssen Jedi-Meister Mace Windu und der Senatsbeauftragte Jar Jar Binks alles daran setzen, um den Kult aufzuhalten. Falls ihnen das nicht gelingen sollte, könnte der Kult eine unheilvolle Macht entfesseln...

Jedi-Meister Sifo-Dyas ist vor Jahren unter mysteriösen Umständen ums Leben gekommen. Als eine geheime Jedi-Mission durch Zufall auf sein Lichtschwert stößt, beginnen Meister Yoda, Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker, den Tod von Sifo-Dyas nochmals zu untersuchen. Damit sie der Sith-Verschwörung nicht auf die Spur kommen, befiehlt Darth Sidious seinem Untergebenen Darth Tyranus, die Spuren zu verwischen.

Yoda reist, von der Macht geleitet, ins Herz der Galaxis. Auf dem Planeten, auf dem er den Ursprung der Macht entdeckt, muss er sich schwierigen Prüfungen stellen. Nur wenn er diese besteht, werden die Weisen ihn als würdig erachten, ihn in die tiefsten Geheimnisse der Macht einzuweihen...

Es ist soweit: Yoda muss sich auf Moriband, dem Heimatplaneten der Sith, der letzten Prüfung unterziehen, um in das am besten gehütete Geheimnis seines Ordens eingeweiht zu werden. Doch dort erwartert ihn ein mächtiger Feind...