ทหารโคลนทัปพ่ายแพ้ให้แก่อาการป่วยทางจิตปริศนา นำไปสู่การตายที่น่าตกใจของอาจารย์เจได

ณ ห้องทดลองปลอดเชื้อที่คามิโน่ ทหารโคลนทัปและไฟวส์ เพื่อนของเขาถูกกักตัวไว้เพื่อการตรวจสอบ หลังทัปฆ่าอาจารย์เจไดตาย

ร่างของทหารโคลนทัปจะถูกส่งไปยังคอรัสซอง ที่ซึ่งหมอส่วนตัวของซูพรีมแชนเซลเลอร์จะตรวจสอบมันอย่างละเอียด

ไฟวส์ยังคงตามหาคำตอบเกี่ยวกับโคลนที่ปนเปื้อน และได้เข้าพบสมุหนายกพัลพาทีน

ระหว่างที่แพดเม่ อมิดาล่าอยู่บนดาวสกิปิโอ รัช โคลวิส เพื่อนเก่าของเธอได้มาขอความช่วยเหลือในการเปิดโปงการทุจริตในแบงค์กิ้งแคลน

ที่คอรัสซอง โคลวิสผู้เป็นที่รู้จักในฐานะคนทรยศแห่งสาธารณรัฐได้ทำข้อตกลงน่าสงสัย ซึ่งทำให้เขาได้ขึ้นเป็นผู้นำแห่งแบงค์กิ้งแคลน

หลังทำข้อตกลงกับเคานท์ดูกูเพื่อฟิ้นฟูแบงค์กิ้งแคลนที่กำลังลำบาก โคลวิสค้นพบว่าเขากลายเป็นหมากตัวหนึ่งในแผนของดูกู

ความสงบสุขและความลึกลับบนบาร์ดอตต้าถูกคุกคามโดยคำทำนายโบราณ ผู้นำแห่งจิตวิญญาณสูงสุดได้หายตัวไป ราชินีจูเลียจึงได้ขอความช่วยเหลือจากเพื่อนที่ไว้ใจที่สุดในวุฒิสภาอย่างจาร์ จาร์ บิงคส์

ราชินีจูเลียแห่งดาวบาร์ดอตต้าผู้เป็นที่รักของจาร์ จาร์ บิงคส์ถูกแฟรงกอล คัลท์จอมชั่วร้ายลักพาตัวไปเพื่อทำตามคำทำนายแห่งความมืดโบราณ

ภารกิจของเจไดที่จะต้องตามหาไลท์เซเบอร์ของอาจารย์ไซโฟดีแอสที่ตายไปแล้ว ทำให้โยดา โอบีวันเคโนบี และอนาคิน สกายวอล์คเกอร์เริ่มการสืบสวนเกี่ยวกับการหายตัวไปนานนับสิบปีของเขา

โยดากังวลใจอย่างมากเมื่อเขาได้ยินเสียงของไควกอน จินน์มาจากสุสาน เพราะเขารู้ว่าเป็นไปไม่ได้ที่เจไดจะคงตัวตนไว้หลังความตาย ทางสภาเจไดจึงเกิดความกังวลว่าโยดาอาจถูกด้านมืดครอบงำ

ตามการนำทางของพลัง โยดาเดินทางไปยังใจกลางของกาแล็กซี ไปสู่โลกเก่าแก่ที่ซึ่งเป็นแหล่งของพลัง และแหล่งของมิดิคลอเรี่ยน

หลังการทดสอบสุดทรหดหลายครั้ง โยดาเดินทางต่อไปยังโมราแบนด์ บ้านเกิดเดิมของซิธ ที่ซึ่งเขาต้องเผชิญหน้ากับปีศาจในตำนานที่หวังจะยึดครองกาแล็กซี