銀河のお役所｢GTO｣本局喫茶室が、局長の命を狙うテロリストに占拠された!?喫茶室のウェイトレス、アスクールとク・フィーユは、特殊任務要員ESメンバーの｢見習い｣として、彼らに立ち向かってゆく。

アスクールが楽しみにしていた夜食の｢カボチャプリン｣を、うっかりク・フィーユが落としてしまった。責任を感じた彼女はアスクールと共に、恐るべき侵入者迎撃システムに護られたGTO本局へと潜入することに……。

失敗してもめげないアスクールに、几帳面なク・フィーユはイライラするばかり。そんなときク・フィーユの意外な趣味が発覚。しかもアスクールの何気ない一言が、彼女を激怒させてしまう。このままでは……ペア解消!?

局長からアスクールたちに与えられた特務は、ディアと名乗る少女の｢子守｣。不思議な内容の特務に戸惑う2人だったが、天真爛漫なディアとはすぐに仲良くなった。そこで彼女にGTO本局を案内するのだが……。

いまは閉鎖されているGOTT本局ビルに、なにかが｢出る｣という。アスクールたち3人は調査を命じられるが、廃墟の中で離ればなれになってしまう。そんな3人を見つめる妖しい瞳。はたして本当に｢出る｣のか!?

イヴェール局長と秘書のゾマが、クリスマスパーティに備えてアヤシ~イ手品の練習!?それはさておき、アリサ行きつけの執事声優カフェに案内されたアスクールたち。BL全開の展開はディアの教育上よろしくない!?

ESメンバーの中でもトップの実力を持つトリクシーとトロワジェインの特務に、アスクールたちが同行することになった。違法戦闘艦の密造が行われる要塞で、彼女たちはGソサエティのシャドウワーカー、トーチとシェイドに遭遇する。

GTOが創立25周年記念行事の準備に追われる、ちょうどその頃。Gソサエティの移動要塞エルデ・メテオールでは、総帥ガクトエルによる建国宣言が行われようとしていた。GTOを｢敵｣とする彼らの目的とは――!?

GTO創立25周年を祝う記念式典。その最中に突如、上空にGソサエティ総帥のガクトエルの姿が映し出された。敵特殊能力者シャドウワーカーも襲来する。立ち向かうESメンバー。しかし敵は彼らの能力を研究しつくしており……。

式典での事件を理由に、業務停止の処分を受けたGTO。戦いの傷痕は深く、ESメンバーも壊滅状態だった。初めて直面した仲間の死に、消沈するアスクールとク・フィーユ。2人を元気づけようと、ディアが奮闘する。

Gソサエティのリトゥーシャが、祖母の見舞いに病院を訪れた。シャドウワーカーに選ばれたことを喜ぶ祖母に対し、不満を打ち明けるリトゥーシャ。実はスパイを使って、ほかの2組の動向を探ってみたというのだが……。

25年前に起きた、銀河存亡にまつわる大事件。GOTTは全兵力を以て戦い、からくも勝利した。アスクールたち3人は、事件の場所｢時間の凍りついた空間｣を訪れる。そこで待つのは、意外な人物との出会いであった。

さらわれた元ノーブルズの令嬢たちを救出せよ!アスクール、ク・フィーユ、ディアが水着姿で潜入捜査!?アリサとベルまで現れて、ハイクラスなリゾート惑星をみんなでエンジョイしてしまう。特務の行方は……。

人知れずク・フィーユの身体に異変が――!!｢記憶力よし子ちゃん｣なはずの彼女に、記憶の欠損が生じていたのだ。過去の記憶を確かめようと彼女は、アスクールと初めて出逢った惑星ニエトスでの特務に想いをはせる。

今日で3日連続遅刻のアスクール。隣に住むク・フィーユは、呆れるばかりである。体育の授業はプール。学食での楽しい昼食。そして放課後は、演劇部の優しい先輩たちに見守られて、劇のお稽古。楽しい学園生活は続くが……。

Gソサエティを脱走したサフィルが、GTOに保護を求めてきた。その真偽を確かめるべく、アスクールたちは彼女の待つ惑星グラキエスへと向かった。はたして本当に、彼女はガクトエルを裏切ったのだろうか……。

Gソサエティに囚われたク・フィーユ。彼女の記憶は全て失われ、自分の名前すら思い出すことができない。唯一憶えているのは、｢アスクール｣という言葉だけ。そんな状態のク・フィーユにガクトエルは……。

ガクトエルの妹になったク・フィーユ。面白くないのはリトゥーシャである。そこでク・フィーユにあの手この手で悪戯を仕掛けるのだが……。一方アスクールは、アーカイブでク・フィーユの記録と対面していた。

祖母の病院にてリトゥーシャは、ク・フィーユとガクトエルを巡って口論になってしまった。ガクトエルを兄と慕いパートナーだと信じて疑わないク・フィーユ。リトゥーシャはいらだちのあまり、真実を暴露してしまう。

エルデ・メテオールがワープを開始した。アスクールとディアは居住区に閉じこめられてしまう。ガクトエルの本当の目的は妹・アスクールを手に入れることなのだ…。

｢時間の凍りついた空間｣に辿り着いたエルデ・メテオール。ガクトエルは自分とアスクールの能力で｢空間｣に封印されたエネルギーを解放しようともくろむ。

銀河爆弾と化した惑星アズランティア。爆発を阻止するために、アスクールは兄・ガクトエルに挑む。そこでは伝説のESメンバー2人も、ずっと戦い続けていた。

銀河を滅ぼそうとするガクトエル。GTO本局がある惑星アイネイアースに、銀河爆弾が迫る。力を使い果たしたアスクールとク・フィーユに、勝機はあるのか――!?