도쿄 이변으로부터 10년. 피난처의 중학교에 다니고 있던 이가사리 간타는, 친구들과 함께 평범한 나날을 보내고 있었다. 그러나 어느 날 수수께끼의 '붉은 남자' 의 의해 반 친구들이 몰살 당하면서 평화로운 나날은 종언을 선고한다. 사건의 범인으로써 누명을 뒤집어 쓰고 사형을 선고받은 간타는 완전 민영화 형무소「데드맨 원더랜드」에 수감되는데...
작업장에서의 대형사고, 그리고 타마키의 의미심장한 말에 간수장 마키나는 간타의 존재에 대해 의문을 품기 시작한다. 한편, 사고로 부상을 입은 간타는 치료받기 위해 들어간 의무실에서 타가미 요우와 재회하게 된다. 요우와의 대화로 '도그 레이스쇼' 에 대해 알게된 간타는 배고픈 배를 채우기 위해 시로와 함께 등록하게 되는데...
'데드맨 원더랜드' 를 지배하고 있는 광기와 부조리. 하지만 그것이 현실. 자신의 목숨이 끝나가는걸 알면서도 어찌할 도리가 없는 간타는 환한 시로의 미소에도 웃는 얼굴로 대답해 줄 수가 없었다. 그러한 간타앞에 친구들을 학살한 진범 '붉은 남자' 가 모습을 드러내게 되는데...!!
절체절명의 위기에 놓여있던 간타와 시로를 구한건 오른쪽 눈 위에 문신이 있는 장신의 남자였다. 피를 조종하는 그 남자를 보고 그를 '붉은 남자'라고 판단하게 되는 간타. 자신에게도 생겨나버린 피를 조종하는 능력 '죄의 가지' 를 발동, 그 남자에게 복수하려는 간타였지만...
켄카쿠를 필두로 하는 '언더테이커' 와의 싸움으로 점차 피폐해져가는 '자유의 쇠사슬' 멤버들. 그러나 전투 도중 갑자기 철수하는 '언더테이커' 들. 그 모습에 당황하는 간타일행 앞에 시로가 나타난다. 그리고 시로가 취한 행동은 '자유의 쇠사슬' 멤버들을 더욱 절망으로 떨어뜨렸는데... 실의와 분노에 찬 간타는 시로를...
동료를 구할 수 없는 것도, 시로를 상처입힌 것도 모두 자신이 약하기 때문... '자유의 쇠사슬'과 '언더 테이커' 의 싸움에서 아무것도 할 수 없었던 간타는 약한 자신에 대해 통감하며, 앞으로는 강해지리라 마음 속으로 결심하게 된다. 그리고 '싸우는 법'을 가르쳐 달라며 의지를 내보이는 간타에게, 센지는 다시 한번 강함을 요구하는 그 각오를 확인하려고 하는데...
'언더테이커' 에게 사로잡힌 카라코와 시로를 구하기 위해 달려온 간타가 본 것은, 수라화하여 닥치는대로 '죄의 가지'를 휘두르는 나기의 모습이었다. 그 압도적인 폭력앞에서 자신의 몸을 방패로 시로를 감싸는 간타. 상처입는 간타를 바라보는 시로의 비통한 절규, 카라코의 눈물, 광기에 휩싸인 겐카쿠. 절체절명의 상황에서 간타가 선택한 운명이란...!